Esta pesquisa demonstra como uma gestão adequada do capital intelectual pode melhorar a administração dos custos ocultos nas entidades públicas, fornecendo o conceito de capital intelectual e custos ocultos e explorando modelos de mensuração do capital intelectual existentes, com destaque para o modelo de Queiroz (2003), que propõe a análise de cinco variáveis para o setor público (capital humano, organização interna, relações externas, qualidade e transparência). A presente pesquisa apresenta um estudo de caso na Universidade Federal Fluminense - Niterói (Brasil) com a aplicação de um questionário baseado no modelo de Queiroz, com objetivo de evidenciar a contribuição que a gestão do capital intelectual pode fornecer como ferramenta auxiliar na detecção, prevenção e administração dos custos ocultos. Os resultados permitem a identificação das disfunções existentes, provenientes da má gestão do capital intelectual, as quais contribuem para construção e perpetuação de uma cultura negativa, para existência de procedimentos ineficientes e para falta de regulamentação e controle. A replicação desse estudo em outras instituições permitirá verificar como está a gestão de seu capital intelectual e quais pontos precisam receber atenção para controlar as disfunções existentes e, assim, minimizar, ou ainda, não gerar os custos ocultos.