A Derivative-Free Approach for Estimating Variance Components in Animal Models by Restricted Maximum Likelihood1

Graser, H. U.; Smith, Stephen P.; Tier, Bruce

doi:10.2527/jas1987.6451362x

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“…Os componentes de (co)variâncias e os parâmetros genéticos foram estimados pelo programa MTDFREML, desenvolvido por Boldman et al (1995), que utilizaram a metodologia da máxima verossimilhança restrita (REML), por meio de um algoritmo não-derivativo (Graser et al, 1987) O efeito de ambiente permanente materno não foi considerado neste estudo. Em análises preliminares, verificou-se que, ao incluir esse efeito, a convergência no processo iterativo foi dificultada, e valores confusos foram estimados, possivelmente em razão do volume de dados disponível.…”

Section: Introductionunclassified

Estimação de parâmetros genéticos para características de crescimento de ovinos Santa Inês utilizando modelos uni e multicaracterísticas

Sarmento¹,

Torres²,

Sousa³

et al. 2006

Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.

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RESUMOUtilizaram-se registros de pesos do nascimento aos 196 dias de idade de 927 cordeiros, filhos de 45 reprodutores e 323 matrizes de ovinos da raça Santa Inês, controlados de 1983 a 2000, com o objetivo de avaliar três modelos que consideraram ou não o efeito genético materno e a (co)variância entre os efeitos genéticos direto e materno, para estimar componentes de variância e parâmetros genéticos por meio de modelos uni e bicaracterísticas. Os componentes de (co)variâncias e os parâmetros genéticos direto e materno para os pesos foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal. De acordo com o teste de razão de verossimilhança, o modelo que incluiu o efeito aditivo direto mais o efeito materno foi o indicado para todas as características estudadas. A não-inclusão do efeito materno no modelo de análise superestimou as variâncias e as herdabilidades para o efeito direto (0,56 a 0,23). A importância do efeito materno diminuiu ao longo da trajetória de crescimento, à medida que a idade dos cordeiros aumentava. As variâncias e as herdabilidades estimadas por meio dos modelos bicaracterísticas para os efeitos genéticos diretos foram superiores às obtidas pelos modelos unicaracterísticas. As correlações genéticas entre as características foram altas e positivas. O efeito materno foi importante para todas as características estudadas, devendo, portanto, ser considerado nos estudos de crescimento. Os modelos bicaracterísticas possibilitaram resgatar parte da variância aditiva direta, levando a estimativas maiores de herdabilidade.

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Section: Introductionunclassified

Estimação de parâmetros genéticos para características de crescimento de ovinos Santa Inês utilizando modelos uni e multicaracterísticas

Sarmento¹,

Torres²,

Sousa³

et al. 2006

Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.

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“…O objetivo deste estudo foi comparar critérios de seleção baseados em ganho de peso com aqueles esperados com dias para o animal atingir determinado peso. (Smith e Graser, 1986;Graser et al, 1987), usando-se o conjunto de programas computacionais MTDFREML, desenvolvido por Boldman et al (1993 Os critérios de seleção, ganho ou dias, foram comparados por meio das herdabilidades e correlações entre as características, bem como pela classificação das predições dos valores genéticos dos indivíduos. Para os machos foram comparados os 2, 5, 7 e 10% melhores animais e para as fêmeas as 5, 10, 15 e 20% melhores para todos os critérios de seleção e observados quantos animais existiam em comum, ou seja, qual mudança na posição, quando se utilizaram os critérios de seleção baseados em ganhos ou em dias para atingir determinado peso.…”

Section: Introductionunclassified

Critérios de seleção para características de crescimento em bovinos da raça Nelore

Simonelli¹,

Silva²,

Silva

et al. 2004

Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.

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RESUMOForam utilizados 28.050 registros de bovinos Nelore para estabelecer critérios de seleção para bovinos de corte, considerando as características ganho médio diário do nascimento à desmama (GND), dias para o animal ganhar 160kg do nascimento à desmama (D160), ganho médio diário da desmama ao sobreano (D240) e dias para o animal ganhar 240kg da desmama ao sobreano (D240). As estimativas de herdabilidade foram: GND, 0,20; D160, 0,19; GDS, 0,07; e D240, 0,03. Considerando os efeitos maternos, a herdabilidade da característica D160 foi 0,16 e a da GND, 0,06. Verificou-se correlação genética alta e negativa entre GND e D160 (-0,95) e negativas entre efeito genético direto do GND e efeito genético materno da mesma característica (-0,24) e entre efeitos genéticos diretos do GND e do D160 (-0,15). Houve associação positiva entre o efeito genético materno de GND e direto de GDS (0,33), e correlação nula entre o efeito genético direto das características D160 e D240. Conclui-se que a velocidade de crescimento pode ser modificada adotando-se como critério de seleção qualquer uma das duas características do período pré-desmama, apesar deles não selecionarem os mesmos animais, principalmente se na adoção do critério forem considerados os efeitos maternos no período pré-desmama e os efeitos genéticos diretos no período pós-desmama. As magnitudes das correlações estimadas entre as características nos períodos pré e pós-desmama foram baixas, indicando que os animais poderiam ser selecionados no período pré-desmama, independente do critério de seleção adotado na pós-desmama. Palavras-chave: gado de corte, Nelore, critério de seleção, desempenho (.20) and D160 (.19) ABSTRACT Data records of 28,050 animals from Nellore breed were used to compare selection criteria for beef cattle based on weight gain from birth to weaning (GBW), number of days to gain 160kg during the preweaning períod (D160), daily weight gain from weaning to 18 months (GW18) and number of days to gain 240kg during the pos-weaning period (D240). Direct heritability estimates of GBW

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“…Log jAj arises as a by-product when setting up A K1 from a list of pedigree information. The last two terms, y 0 Py and logjCj, can be computed simultaneously through a Cholesky factorization of C augmented by the vector of righthand sides in equation (4.1) and its transpose, and the residual sum of squares (Graser et al 1987).…”

Section: Estimation Of Covariance Functions: II 'Directly'mentioning

confidence: 99%

Up hill, down dale: quantitative genetics of curvaceous traits

Meyer

Kirkpatrick

2005

Phil. Trans. R. Soc. B

100

107

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'Repeated' measurements for a trait and individual, taken along some continuous scale such as time, can be thought of as representing points on a curve, where both means and covariances along the trajectory can change, gradually and continually. Such traits are commonly referred to as 'functionvalued' (FV) traits. This review shows that standard quantitative genetic concepts extend readily to FV traits, with individual statistics, such as estimated breeding values and selection response, replaced by corresponding curves, modelled by respective functions. Covariance functions are introduced as the FV equivalent to matrices of covariances.Considering the class of functions represented by a regression on the continuous covariable, FV traits can be analysed within the linear mixed model framework commonly employed in quantitative genetics, giving rise to the so-called random regression model. Estimation of covariance functions, either indirectly from estimated covariances or directly from the data using restricted maximum likelihood or Bayesian analysis, is considered. It is shown that direct estimation of the leading principal components of covariance functions is feasible and advantageous. Extensions to multidimensional analyses are discussed.

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A Derivative-Free Approach for Estimating Variance Components in Animal Models by Restricted Maximum Likelihood1

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Estimação de parâmetros genéticos para características de crescimento de ovinos Santa Inês utilizando modelos uni e multicaracterísticas

Estimação de parâmetros genéticos para características de crescimento de ovinos Santa Inês utilizando modelos uni e multicaracterísticas

Critérios de seleção para características de crescimento em bovinos da raça Nelore

Up hill, down dale: quantitative genetics of curvaceous traits

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