The monitoring of population structure, inbreeding and other related parameters has great potential to prevent major losses of genetic diversity in populations of Zebu cattle in Brazil. Therefore, the objective of the present study was to investigate the structure and genetic diversity of Brazilian Zebu cattle breeds by pedigree analysis. The national pedigree file of the seven Brazilian Zebu breeds was used, which included all registered animals (12,290,243) born between 1938 and 2012: Brahman, Gir, Guzerá, Indubrasil, Nelore, Sindi, and Tabapuã. Almost all breeds studied undergo expansion in their census which, however, is not accompanied by the maintenance of genetic diversity. Problems were encountered in all breeds, but most of them can currently be considered less important. Using the calculation method considered as the most accurate for pedigree analysis when some population substructure exists, all breeds, except Sindi, had effective population size greater than 100. The most common problems were the presence of tight bottlenecks in the pedigree, which were mainly due to the intensive use of few animals as parents and the high degree of population subdivision. The use of a wider range of sires is therefore recommended. However, most Zebu breeds can deal with breeding programs using high selection intensities. Greater care should be taken in the case of the Indubrasil breed since its census was reduced drastically over the last few years, a fact favoring the occurrence of serious problems related to inbreeding. Although Sindi presents problems due to subdivision and possesses a relatively small census compared to other Zebu breeds, this population would have a promising future if its breeding policy were revised.

The productivity of herds may be negatively affected by inbreeding depression, and it is important to know how intense is this effect on the livestock performance. We performed a comprehensive analysis involving five Zebu breeds reared in Brazil to estimate inbreeding depression in productive and reproductive traits. Inbreeding depression was estimated for 13 traits by including the individual inbreeding rate as a linear covariate in the standard genetic evaluation models. For all breeds and for almost all traits (no effect was observed on gestation length), the performance of the animals was compromised by an increase in inbreeding. The average inbreeding depression was -0.222% and -0.859% per 1% of inbreeding for linear regression coefficients scaled on the percentage of mean (β ) and standard deviation (β ), respectively. The means for β (and β ) were -0.269% (-1.202%) for weight/growth traits and -0.174% (-0.546%) for reproductive traits. Hence, inbreeding depression is more pronounced in weight/growth traits than in reproductive traits. These findings highlight the need for the management of inbreeding in the respective breeding programmes of the breeds studied here.

The ASAP1 gene is located in a QTL region for meat production traits and to access the role of the ASAP1 gene, the association between a SNP in this gene and production traits in beef cattle was studied. For this, about 270 steers of reference families of Nelore breed were used. The investigation of marker effects on the traits was performed using a mixed model under the restricted maximum likelihood method. Novel association of a SNP in the ASAP1 gene and shear force measured at 24 h post mortem (P≤0.0083) was described in this population of Nelore cattle. This polymorphism accounted for 1.13% of the total additive variance and 17.51% of total phenotypic variance of the trait, suggesting that this marker could be used in marker assisted selection.

51,1; 17,9; 190,5; 280,4 e -12,0 para P120; 128,6; 47,2; 695,7; 932,4 e -25,9 para P205; 435,9; 32,2; 2934,0; 3604,9 e -27,4 para P365; 607,9; 177,7; 5637,7; 6602,5 e -117,6 para P550. Os valores de herdabilidades direta encontram-se na faixa de 0,09 a 0,18; herdabilidade materna variaram de 0,01 a 0,06, correlação direta materna entre -0,23 a -0,36 e o efeito de ambiente permanente igual a 0,05 a 0,12. As estimativas das tendências genéticas, direta materna, e ambientais no período de 1975 a 2001 foram 10,4; -1,6 e 18,4 kg para P120; 16,6; -2,8 e 23,0 kg P205; 21,7; -1,3 e 23,6 kg para P365; 25,5; -3,6 e -8,1 kg para P550, respectivamente. As tendências genéticas diretas foram positivas e as maternas pequenas e negativas. O desempenho materno tem influencia importante sobre os pesos aos 120 e 205 dias de idade e esse baixo valor obtido sugere que se deve considerar para este efeito nos programas de melhoramento, mesmo se tendo correlação direta materna adversa. SUMMARY

Verificou-se a influência da heterogeneidade de variâncias na avaliação genética de bovinos de corte da raça Tabapuã. Dados de pesos corrigidos aos 120, 240 e 420 dias de idade foram estratificados com base no desvio-padrão fenotípico do peso aos 120 dias dos grupos de contemporâneos em três classes: baixo (<14,9kg), médio (14,9 a 18,9kg) e alto (>18,9kg) desvio-padrão. Nas análises de múltiplas características, em que o peso foi considerado característica distinta em cada classe de desvio-padrão, constatou-se que as variâncias genéticas e residuais foram maiores com o aumento do desvio-padrão da classe. As herdabilidades foram 0,26, 0,32 e 0,37 (peso aos 120 dias), 0,28, 0,35 e 0,35 (peso aos 240 dias) e 0,14, 0,18 e 0,18 (peso aos 420 dias) nas classes de baixo, médio e alto desvio-padrão, respectivamente. As correlações genéticas entre o mesmo peso, nas classes de baixo e alto desvio-padrão foram inferiores a 0,80. As correlações entre os valores genéticos, obtidos de análises múltiplas e de análise geral (sem as classes), foram superiores a 0,93. Observou-se que os reprodutores seriam classificados de forma similar se for considerada ou não a presença de variâncias heterogêneas nas análises.

RESUMOForam utilizados 28.050 registros de bovinos Nelore para estabelecer critérios de seleção para bovinos de corte, considerando as características ganho médio diário do nascimento à desmama (GND), dias para o animal ganhar 160kg do nascimento à desmama (D160), ganho médio diário da desmama ao sobreano (D240) e dias para o animal ganhar 240kg da desmama ao sobreano (D240). As estimativas de herdabilidade foram: GND, 0,20; D160, 0,19; GDS, 0,07; e D240, 0,03. Considerando os efeitos maternos, a herdabilidade da característica D160 foi 0,16 e a da GND, 0,06. Verificou-se correlação genética alta e negativa entre GND e D160 (-0,95) e negativas entre efeito genético direto do GND e efeito genético materno da mesma característica (-0,24) e entre efeitos genéticos diretos do GND e do D160 (-0,15). Houve associação positiva entre o efeito genético materno de GND e direto de GDS (0,33), e correlação nula entre o efeito genético direto das características D160 e D240. Conclui-se que a velocidade de crescimento pode ser modificada adotando-se como critério de seleção qualquer uma das duas características do período pré-desmama, apesar deles não selecionarem os mesmos animais, principalmente se na adoção do critério forem considerados os efeitos maternos no período pré-desmama e os efeitos genéticos diretos no período pós-desmama. As magnitudes das correlações estimadas entre as características nos períodos pré e pós-desmama foram baixas, indicando que os animais poderiam ser selecionados no período pré-desmama, independente do critério de seleção adotado na pós-desmama. Palavras-chave: gado de corte, Nelore, critério de seleção, desempenho (.20) and D160 (.19) ABSTRACT Data records of 28,050 animals from Nellore breed were used to compare selection criteria for beef cattle based on weight gain from birth to weaning (GBW), number of days to gain 160kg during the preweaning períod (D160), daily weight gain from weaning to 18 months (GW18) and number of days to gain 240kg during the pos-weaning period (D240). Direct heritability estimates of GBW

ABSTRACT. Meat quality is an important trait for the beef industry. Backfat thickness, ribeye area, and shear force are traits measured late in life, and the investigation of molecular markers associated with these traits can help breeding programs. In cattle, some polymorphisms have been related to production traits. Thus, the purpose of this study was to assess the presence of polymorphisms in the candidate genes insulinlike growth factor 1 (IGF1), fatty acid-binding protein 4 (FABP4), and peroxisome proliferative active receptor gamma coactivator 1 A (PPARGC1A) and associate them with production traits in reference families of Nelore cattle. We used 270 steers descendent from 20 sires that were chosen to represent variability in this breed. The investigation of marker effects on the traits was performed using a mixed model under the restricted maximum likelihood method. A significant allele substitution effect was found for IGF1 and yearling weight (P ≤ 0.017). 4139©FUNPEC-RP www.funpecrp.com.br Genetics and Molecular Research 11 (4): 4138-4144 (2012) Candidate genes in NeloreThe mean allele substitution effect was 6.9 kg, with the 229 allele associated with reduced yearling weight in this Nelore population.

RESUMODados de pesos aos 205 (P205) e 365 (P365) dias de idade, de 46.408 animais Nelore, nascidos entre 1976 e 2000, provenientes de 530 rebanhos dos diversos estados brasileiros, foram utilizados para avaliar as interações genótipo x ambiente (IGA) e estimar herdabilidades direta e materna dos pesos pelo método da máxima verossimilhança restrita. O modelo estatístico utilizado incluiu efeitos fixos de grupo contemporâneo, idade da vaca ao parto (covariável) e efeitos aleatórios genéticos aditivo direto e materno. As correlações genéticas, estimadas para as características P205 e P365, cada uma considerada como característica distinta em cada uma das regiões Sul (S), Sudeste (SE), Centro-Oeste (CO), Norte (N) e Nordeste (NE), foram, respectivamente, 0,86 e 0,84, 0,64 e 0,35, 0,75 e 0,42, 0,79 e 0,86, 0,92 e 0,81, 0,95 e 0,83, 0,83 e 1,00, 0,88 e 0,81, 0,33 e 0,85, 0,63 e 0,99 para S e SE, S e CO, S e N, S e NE, SE e CO, SE e N, SE e NE, CO e N, CO e NE e N e NE. As baixas correlações genéticas indicaram que há efeito da interação genótipo x ambiente nas combinações que envolvem as regiões S/CO, S/N, S/NE, CO/NE e N/NE para P205 dias de idade e S/CO e S/N para P365 dias de idade, havendo, portanto, necessidade de avaliação genética regional quando se consideram regiões bastante distintas. 0.86 and 0.84, 0.64 and 0.35, 0.75 and 0.42, 0.79 and 0.86, 0.92 and 0.81, 0.95 and 0.83, 0.83 and 1.00, 0.88 and 0.81, 0.33 and 0.85, 0.63 and 0