Background
Anthrax is a zoonotic disease caused by the gram-positive bacterium
Bacillus anthracis
. The most anthrax-endemic regions of Russia are Siberia and North Caucasus. Previously, genotyping of Russian
B.anthracis
isolates was carried out using canSNP and MLVA data; these methods yield lower resolution results compared to whole genome SNP analysis (wgSNP). In this research, we have used wgSNP method for genotyping of 10
B.anthracis
isolates, obtained during 1961–2016 in Russia on territory of Western Siberia.
Results
We have analyzed 185
B.anthracis
genomes available in GenBank database and genomes of 10 isolates obtained in this study to determine the place of Russian isolates in the global phylogeny of
B.anthracis
. For the studied genomes we have detected 7203 SNPs, which were used for building a phylogenetic reconstruction with Maximum Likelihood Method. Results of the phylogenetic analysis indicate that Russian strains belong to three different genetic groups. Three strains belong to genetic group “Ames”, two strains – to “STI” group. Five strains belong to the main genetic line B, and four of them form a subcluster, described for the first time, which we have named “Siberia”.
Conclusions
In this study, the data on genetic diversity of
B.anthracis
strains on the territory of Western Siberia is presented for the first time. As a result of complex phylogenetic analysis, the place of these isolates was determined in the global phylogenetic structure of the
B.anthracis
population. We describe a new cluster in the main genetic line B for the first time.
Electronic supplementary material
The online version of this article (10.1186/s12864-019-6060-z) contains supplementary material, which is available to authorized users.
З.ф. дугаржапова, м.В. Чеснокова, Т.а. иванова, с.а. косилко, с.В. балахонов СовершенСтвование методичеСКих Подходов К оБСледованиЮ СиБиреяЗвеннЫх Захоронений и СКотомогильниКов ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока», Иркутск, Российская Федерация цель работы-разработка единого межведомственного подхода к проведению комплексного эпидемиологического и эпизоотологического обследования сибиреязвенных захоронений (скотомогильников) с соблюдением нормативных требований административного, ветеринарного и санитарно-эпидемиологического законодательств для решения вопросов экспертной оценки биологической опасности объектов, санитарно-защитного зонирования и рационального землепользования. материалы и методы. проведен анализ нормативно-методической документации и источников литературы: использованы справочники, учетные и отчетные документы, информационные материалы и сведения учреждений ветеринарии, роспотребнадзора, россельхознадзора, муниципальных образований и других учреждений. обобщены данные по комплексному эпизоотологическому и эпидемиологическому обследованию 27 сибиреязвенных захоронений (скотомогильников) в пяти субъектах сибири и дальнего востока за 2013-2017 гг. результаты и обсуждение. впервые унифицирован алгоритм и разработана методика комплексного эпидемиологического и эпизоотологического обследования сибиреязвенных захоронений (скотомогильников) с известным местоположением, согласно требованиям ветеринарных и санитарноэпидемиологических правил в помощь специалистам учреждений роспотребнадзора и ветеринарии. внедрение комплексного эпизоотолого-эпидемиологического обследования таких объектов с учетом ретроспективного и оперативного эпизоотолого-эпидемиологического анализа ситуации по сибирской язве на административной территории, изучения санитарно-ветеринарного состояния объекта в совокупности с результатами лабораторных исследований проб на сибирскую язву позволит провести оценку биологической опасности сибиреязвенных захоронений (скотомогильников), решить вопросы их консервации и/или утилизации с последующим сокращением размеров санитарно-защитной зоны объекта и рациональным землепользованием. разработаны и одобрены ученым советом института методические рекомендации. Ключевые слова: сибирская язва, комплексное эпидемиологическое и эпизоотологическое обследование, сибиреязвенное захоронение, скотомогильник.
Approbation of the experimental series of latex agglutination and immune chromatography test-systems was carried out for identification of Bacillus anthracis spores and vegetative cells respectively. These test-systems are suitable for rapid diagnostics of anthrax and have a number of advantages over already-existing commercial tests.
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.