Comparative multilocus VNTR and SNP analysis of Bacillus anthracis vaccine strains

Afanas’ev, M. V.; Кравец, Е. В.; Дугаржапова, З. Ф.; Takaishvili, V. E.; Половинкина, В С; Балахонов, С. В.

doi:10.3103/s0891416814020025

Cited by 6 publications

(8 citation statements)

References 7 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…In silico canonical single-nucleotide polymorphism (canSNP) analysis placed 55-VNIIVViM within the trans-Eurasia group in the A.Br.008/009 lineage (10, 11). The B.Br.003 canSNP allele state in the strain 55-VNIIVViM genome reported here (B.Br.003=G) differs from that reported by Afanas’ev et al (B.Br.003=A) (12). In addition, preliminary whole-genome comparisons suggest strain 55-VNIIViM falls within the newly identified STI group (13).…”

Section: Genome Announcementcontrasting

confidence: 88%

Genome Sequence of the Soviet/Russian Bacillus anthracis Vaccine Strain 55-VNIIVViM

Farlow

Kotorashvili

2016

Genome Announc

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

Section: Genome Announcementcontrasting

confidence: 88%

Genome Sequence of the Soviet/Russian Bacillus anthracis Vaccine Strain 55-VNIIVViM

Farlow

Kotorashvili

2016

Genome Announc

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…In recent years, Russian and foreign authors have published a substantial number of papers on the design of viable approaches to genotyping anthrax agent strains (Le Flèche et al, 2001;Keim et al, 2004;Van Ert et al, 2007;Gierczynski et al, 2009;Eremenko et al, 2012;Afanas'ev et al, 2014). Most of the available B. anthracis genotyping methods are based on polymorphism of tandem repeats or point mutations in their genome.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

“…The results of SNP analysis presented in 'ev et al, 2014;Eremenko et al, 2018). It should be noted that canSNPs are rather conservative and known for low mutation rate (Timofeev et al, 2018).…”

Section: Design and Validationmentioning

confidence: 99%

<i>Bacillus anthracis</i> strain differentiation based on SNP and VNTR loci

Anisimova¹,

Fakhrutdinov²,

Mirgazov³

et al. 2022

Vestn. VOGiS

View full text Add to dashboard Cite

Bacillus anthracis is the anthrax causative agent. For its epidemiology, it is important not only to identify the etiological agent but also to determine the patterns of its evolution and spread. Modern methods of molecular biology make it possible to detect a number of genetic markers suitable for indicating and differentiating the strains of B. anthracis, including the loci arranged as variable number tandem repeats (VNTRs) and SNPs, one nucleotide-sized differences in the DNA sequence of the loci being compared. The objective of the present study was to examine the effectiveness of SNP analysis and PCR amplif ication of VNTR loci combined with the high-resolution amplicon melting analysis for identif ication and differentiation of the anthrax agent strains. In the study, seven strains of B. anthracis obtained from soil samples and animal carcasses were investigated using vaccine strain STI-1 as a reference. For molecular genetic characterization of these bacteria, analysis of 12 SNPs and variability analysis of eight VNTR loci were carried out. To detect the differences between the strains, their PCR product melting points were measured in the presence of the EvaGreen (Sintol, Russia) intercalating dye. For SNP detection, a PCR assay with double TaqMan probes was applied. It was found that the studied virulent strains, except for B. anthracis No. 1 and 3, could not be attributed to any phylogenetic subgroup of the anthrax agents. The proposed method made it possible to differentiate four out of the seven investigated strains. Strains No. 5–7 had identical SNP and HRM prof iles and, as a result, formed a single cluster. Our investigation has conf irmed that the proposed method can be successfully used for preliminary analysis of an epizootic situation in the case of anthrax.

show abstract

“…плотность снп алтайского края составляет 7,46 на 1 тыс. км 2 , что в 7,5 раза больше, чем в среднем по сибири (0,99) и в 3,9 раза больше, чем в западносибирском регионе [5]. удельный вес снп алтайского края в общей структуре западной сибири составил 26,0 %.…”

Section: результаты и обсуждениеunclassified

“…полный набор связанных с виру-лентностью плазмид -pXO1 и pXO2 -выявлен у всех штаммов. при этом данные о выделенных в 2012 г. на территории алтайского края штаммах не могут быть объяснены недавним заносом, поскольку еще в 1961 г. на территории алтая по ходу скотопрогонной трассы был изолирован штамм этого генотипа [2].…”

Section: результаты и обсуждениеunclassified

Characteristics of Stationary Hazardous as Regards Anthrax Areas in Altai Territory in the Modern Period

Базарова¹,

Лукьяненко²,

Рождественский³

et al. 2017

Problemy Osobo Opasnykh Infektsii

View full text Add to dashboard Cite

цель работы -комплексная оценка ситуации и прогнозирование развития эпидемического процесса при си-бирской язве в алтайском крае. материалы и методы. материалы по стационарно неблагополучным по сибир-ской язве пунктам (снп) получены при анализе кадастров снп алтайского края, а также справочника «кадастр стационарно-неблагополучных пунктов по сибирской язве российской Федерации». для ретроспективного ана-лиза заболеваемости сибирской язвой в алтайском крае за 1953-2015 гг. использованы статистические и отчет-ные формы учреждений роспотребнадзора, россельхознадзора в алтайском крае, Фкуз «алтайская противочум-ная станция». лабораторные исследования на сибирскую язву полевого и клинического материалов проведены в соответствии с му 4.2.2413-08. результаты и выводы. проблема сибирской язвы остается актуальной для алтайского края в связи с наличием 1262 снп, заболеваемости животных и людей. плотность снп алтайского края превышает в 7,5 раза плотность снп по сибири. условия формирования снп и их сохранения определя-лись почвенно-климатическими аспектами. наибольшее количество снп приходилось на степную и лесостеп-ную зоны, преимущественно по ходу скотопрогонных трасс. в алтайском крае в период 1953-2015 гг. из 1262 учтенных снп 314 проявили активность, из них 246 -новые. заболеваемость среди людей зарегистрирована в 36 районах (59,1 %), а в 21 (34,4 %) показатель заболеваемости превышал средний по краю. общая динамика заболе-ваемости сельскохозяйственных животных сибирской язвой алтайского края в 1953-2015 гг. имеет тенденцию к снижению. комплексная оценка ситуации и прогнозирование развития эпидемического процесса при сибирской язве посредством обобщенного показателя -индекса эпизоотичности (иэт) -и выделение зон потенциального риска эпидемических осложнений позволяет усовершенствовать управленческие решения в целях проведения адекватных противоэпидемических мероприятий.Ключевые слова: сибирская язва, стационарно неблагополучные по сибирской язве пункты, заболеваемость, скотопрогонные трассы, активность снп.

show abstract

Comparative multilocus VNTR and SNP analysis of Bacillus anthracis vaccine strains

Cited by 6 publications

References 7 publications

Genome Sequence of the Soviet/Russian Bacillus anthracis Vaccine Strain 55-VNIIVViM

Genome Sequence of the Soviet/Russian Bacillus anthracis Vaccine Strain 55-VNIIVViM

<i>Bacillus anthracis</i> strain differentiation based on SNP and VNTR loci

Characteristics of Stationary Hazardous as Regards Anthrax Areas in Altai Territory in the Modern Period

Contact Info

Product

Resources

About