Sweetpotato [Ipomoea batatas (L.) Lam] breeding is important for food security and health in East Africa (EA), and a breeding platform in Uganda provides national researchers and breeders in EA with true seed. Our objectives were to characterize genetic relationships among parental material used at the EA breeding platform. There were 135 parents and six check clones analyzed using 31 simple sequence repeat primers. An average of 7.13 alleles per primer was found, and Jaccard similarity coefficients were in the range of 0.298 to 1.00 with a mean of 0.542. Unweighted pair group cluster analysis placed most African parents in two main subclusters showing no association with morphology or geographical origin. The subclusters were also supported by principal coordinate analysis, derivative analysis of principal components, and population structure simulations. The analyzed breeding material from EA was highly genetically variable, grouped in two distinct genetic pools, and suitable to study heterosis exploiting breeding schemes.
Resumen El yacón (Smallanthus sonchifolius (Poepp. & Endl.) Robinson) es una tuberosa de la familia Asteraceae que en los últimos años ha generado interés por su importancia medicinal y económica ya que es utilizada como alimento funcional por su contenido de fructo-oligosacáridos. Sin embargo, la baja reproducción sexual es uno de los principales problemas que presenta esta especie en su mejoramiento genético. Por esta razón, para conocer el origen de dicha característica, en el presente trabajo se han realizado estudios de biología floral y reproductiva a cinco accesiones de yacón del Departamento de Huánuco. En la evaluación de la floración, el tiempo de inicio fue distinto entre las accesiones, y demoraron hasta ocho semanas en alcanzar el 100 % de floración. Este prolongado inicio de la floración y la asincrónica formación de los capítulos en la planta favorecerían una polinización cruzada. Además, entre las accesiones se encontró variaciones en los caracteres cuantitativos de las estructuras florales y diferencias en el porcentaje de aquenios con semillas, esto indicó que la capacidad reproductiva es diferente entre las accesiones. Entre tanto, por el estudio del comportamiento de los insectos, se podría decir que el transporte de polen es insecto-dependiente. Sin embargo, la elevada receptividad de los estigmas durante el desarrollo de la inflorescencia, contrasta con los bajos porcentajes de germinación in vitro de los granos de polen (0.16 %), de los aquenios que presentaron semillas (11.17 %) y de viabilidad de semillas. Estos aspectos podrían estar relacionados a la presencia de un fragmento de ADN de 202 pb aproximadamente, que fue amplificado con los cebadores de 20 pb que amplifican una zona del orfH522 asociado a la androesterilidad en Helianthus annuus.
Resumen En el Perú, Cucurbita moschata Duchesne tiene una variedad local llamada Loche, que se propaga por esquejes y de la que se conoce muy poco sobre su reproducción sexual. Por ello, el objetivo del presente trabajo fue evaluar la biología floral y reproductiva del Loche de Lambayeque. En esta especie las flores femeninas poseen mayor diámetro y longitud de corola que las masculinas, sin embargo, estas últimas presentan pedicelos y sépalos más largos. La floración masculina inició antes que la femenina con la aparición de los botones florales. En la antesis, las flores femeninas iniciaron este proceso antes que las masculinas. Asimismo, durante la producción de flores en promedio se observó 10 flores masculinas por cada flor femenina. En relación al grano de polen, éste tiene una viabilidad del 98% desde la antesis, la que decae hasta un 20% al día siguiente. El número promedio de granos de polen por flor osciló entre 25 125 y 31 833 y el diámetro presentó de 0.1 a 0.2 mm. El estigma es receptivo durante tres días desde la antesis. La producción de néctar fue mayor en las flores femeninas que en las masculinas. El Loche presenta varios sistemas reproductivos: a nivel sexual, la geitonogamia y alogamia; y a nivel asexual, por medio de esquejes y apomixis facultativa, los cuales fueron determinados a partir de pruebas de polinización. Entre los polinizadores de C. moschata, el orden Hymenoptera tiene el mayor número de familias con afinidad por sus flores. Las familias Vespidae y Apidae son las de mayor regularidad en las visitas, siendo Drosophila sp. la de mayor duración en estancia.
ResumenEl café es el principal producto agrícola de exportación del Perú, con gran importancia económica y social. Un importante centro de producción de este cultivo con un clima particular por su humedad y temperaturas medias máximas y mínimas (en relación a otras zonas productoras de café), altitud (entre 1000 y 1500 m.s.n.m.) y flora nativa, es el Distrito de Villa Rica (Pasco), donde existen diferentes variedades, destacando entre ellas la variedad "Typica". En este estudio se analizó la diversidad genética mediante marcadores RAPD de 42 muestras que corresponden a 18 variedades de café (Coffea arabica L.) y como contraste se utilizó la variedad de café "Robusta" (Coffea canephora Pierre ex Froehner). Se obtuvieron 34 fragmentos de ADN polimórficos; el número de bandas polimórficas por iniciador varió entre uno (utilizando el cebador OPA-17) y cinco (con los cebadores OPA-11 y OPB-05). En el análisis de agrupamiento se construyó un dendograma utilizando el coeficiente de Jaccard y la técnica de ligamento promedio (UPGMA). Este análisis determinó que los cafés arábicos de la zona de Villa Rica presentan un bajo grado de diversidad genética y que no se observa una separación discreta entre las variedades arábicas; sin embargo, la diferenciación genética fue alta con respecto a la variedad Robusta. Palabras clave: Diversidad genética, variedades de café, marcadores moleculares, RAPD, análisis de agrupamiento. AbstractCoffee is the main agricultural export product of Peru, with great economic and social importance. Villa Rica (Pasco) is a major production center due to special climatic conditions of humidity, maximum and minimum average temperatures (in relation to other coffee producing regions), elevation (between 1000 and 1500m) and native flora. Different varieties can be found but "Typica" can be highlighted. Using RAPD markers the genetic diversity of Coffee (Coffea arabica L.) was examined. 42 samples from a total of 18 varieties were used and in contrast a variety of "Robusta" coffee (Coffea canephora Pierre ex Froehner) was employed. Thirty four polymorphic DNA fragments were obtained. The number of polymorphic bands per primer ranged from one (with primer OPA-17) to five (with primers OPA and OPB-11-05). In the cluster analysis a dendrogram was constructed using the Jaccard coefficient and UPGMA technique. This analysis found that Arabica beans from Villa Rica have a low degree of genetic diversity and no discrete separation is observed between Arabica varieties, but genetic differentiation is high with the Robusta variety.
ResumenEl añu es un cultivo andino subutilizado con potencialidades para su uso en la alimentación y en la industria farmacéutica debido a su capacidad antioxidante y la presencia de glucosinolatos. Sin embargo, por su bajo consumo estaría afrontando posibles problemas de pérdida de variabilidad. Por esta razón, en el presente trabajo se caracterizó y determinó la variabilidad morfológica de 89 accesiones recolectadas en 9 distritos de la Región Cusco. Los caracteres utilizados en la caracterización morfológica fueron evaluados para su uso mediante el coeficiente de variabilidad, análisis de correlación y de componentes principales, determinándose que los caracteres de la flor y de tubérculo son los que mejor evalúan la variabilidad del germoplasma utilizado. En el análisis de agrupamiento utilizando 31 caracteres se determinaron 89 morfotipos distribuidos en 4 grupos con un coeficiente de distancia de 1.45. Los grupos I y II están conformados por añus de tubérculos de color amarillo y anaranjado, mientras que los grupos III y IV son de añus de color rojo grisáceo, púrpura grisáceo y negro. La ausencia de duplicados, sugiere que a pesar de ser un cultivo subutilizado y que se propaga vegetativamente, el añu aún mantiene una amplia variabilidad morfológica en la Región Cusco.
Population genetic studies of Hemileia vastatrix have been conducted in order to describe the evolutionary dynamics of the pathogen and the disease epidemiology as consequence of changes in disease management and host distribution occurred in Peru after the 2013 epidemic. These analyses were performed by sequencing the internal transcribed spacers of the nuclear ribosomal DNA (rDNA-ITS) of H. vastatrix collected from two coffee growing areas in 2014 and 2018. H. vastatrix population showed high haplotype diversity ( Hd = 0.9373 ± 0.0115) with a low nucleotide diversity (π = 0.00322 ± 0.00018). Likewise, AMOVA indicated that fungus population has behaved as a large population without structuring by geographical origin and sampling years ( F ST = 0.00180, P = 0.20053 and F ST = 0.00241, P = 0.19693, respectively). Additionally, the haplotype network based on intraspecific phylogenetic analysis of H. vastatrix using Peruvian and NCBI sequences revealed that Peruvian ancestral haplotypes, which were maintained in time and space, would correspond to the reported sequences of the races II and XXII. This result suggests that no substantial changes have occurred through time in Peruvian Hemileia vastatrix population.
ResumenSe estudió la diversidad genética mediante la técnica de RAPD en 37 accesiones de una colección del norte del Perú de "chago" o "mauka" Mirabilis expansa; Se obtuvieron 60 marcadores polimórficos con 9 de 19 iniciadores decaméricos. Se calcularon los índices de iniciador RAPD, obteniéndose los valores más altos con los iniciadores OPA04, OPA09 y OPA13, lo cual sugiere su uso valioso en futuras investigaciones con RAPD en colecciones más grandes o para especies de Mirabilis. Con el coeficiente de Simple Matching y el algoritmo UPGMA se obtuvo un dendograma del cual, a un coeficiente de 1, se observan 31 grupos. Esto indicaría unos 16.216 % de posibles duplicados en la colección de Germoplasma. Con un índice de similitud de 0.85 se encontró que se forman 8 clusters o grupos, sin coincidir en su mayoría con los 5 morfotipos reportados. Además se realizó un Análisis Molecular de Variancia con 2 componentes: interregional y entre accesiones/ región, cuyos valores fueron 21.69% y 78.3%, respectivamente; valores que sugieren una considerable contribución de variación genética gracias a las muestras de diversas partes del país. Palabras clave: RAPD, Mirabilis expansa, raíz tuberosa, diversidad genética, AMOVA Abstract A collection of 37 accessions of Mirabilis expansa, "chago" or "mauka" from northern Perú, was analyzed by RAPD assays and the molecular genetic diversity determined. In order to know which primer was more informative, the PIC values were summed up and a RAPD primer index calculated, resulting in the primers OPA04, OPA09 y OPA13 with the highest indexes, suggesting their potential utility in further research in Mirabilis species. From 9 of the 19 RAPD primers selected, we obtained 60 polymorphic markers, which yielded a Simple Matching Coefficient Dendogram, which shows 31 groups at a similarity index of 1. It also indicates a 16.216% of possible duplicates in the collection and with a similarity index of 0,85 we observed 8 clusters, with a significant difference compared to the morphological characterization data. An Analysis of Molecular Variance was performed, separating 2 variation components: among regions and among accessions/within region. The values obtained were 21,69% and 78,3% respectively, being both relatively high and showing considerable contribution of genetic variation from samples of diverse collection places. Key words: RAPD, Mirabilis expansa, Tuber roots, genetic diversity, AMOVA IntroducciónMirabilis expansa (Ruiz & Pavón) Standley conocida como "chago" en Cajamarca y como mauka en el sur del Perú o Bolivia. Es una Nyctaginaceae, planta promisoria distribuida desde el Ecuador, Perú hasta Bolivia; encontrándose parientes silvestres desde Venezuela hasta Chile (Seminario, 1993).Su importancia radica en que posee raíces reservantes con mayor contenido de proteínas, calcio y fósforo con respecto a otras tuberosas (Franco & Uceda, 1996), pudiendo complementar las deficiencias nutricionales del poblador andino. En otros estudios se ha encontrado que plantas del género Mirabilis pose...
<p>Se analizó la diversidad genética del patógeno del café <em>Hemileia vastatrix</em>, a través de secuenciación de los espaciadores internos transcribibles del ADN ribosomal (ITS). El análisis se realizó en muestras de roya de 12 predios de dos zonas cafetaleras del Perú, Quillabamba (Cusco) y Villa Rica (Pasco). Se hallaron los índices de diversidad haplotípica y nucleotídica. Además, se determinaron las semejanzas entre las poblaciones analizadas por medio de una red de haplotipos. Del análisis, se determinó que ambas regiones productoras presentan valores altos de diversidad genética; sin embargo, la zona de Quillabamba albergó la mayor diversidad haplotípica de <em>H. vastatrix</em> (Hd = 0.977 +/- 0.012). Asimismo, la red de haplotipos permitió evidenciar la estructura de las poblaciones de <em>H. vastatrix</em> para cada zona, las que juntas se comportan como una gran población indiferenciada con presencia de haplotipos ancestrales a partir de los cuales se fueron generando nuevas variantes del hongo. También, se analizaron las secuencias de la región ITS de <em>H. vastatrix</em> peruanas y las almacenadas en el GenBank, no encontrándose distribución de las poblaciones por región geográfica; además, se determinó que las poblaciones de <em>H. vastatrix</em> peruanas presentan haplotipos similares a los de Colombia y a las razas II y XXII.</p>
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