Background Transmission within families and multiple spike protein mutations have been associated with the rapid transmission of SARS-CoV-2. We aimed to: (1) describe full genome characterization of SARS-CoV-2 and correlate the sequences with epidemiological data within family clusters, and (2) conduct phylogenetic analysis of all samples from Yogyakarta and Central Java, Indonesia and other countries. Methods The study involved 17 patients with COVID-19, including two family clusters. We determined the full-genome sequences of SARS-CoV-2 using the Illumina MiSeq next-generation sequencer. Phylogenetic analysis was performed using a dataset of 142 full-genomes of SARS-CoV-2 from different regions. Results Ninety-four SNPs were detected throughout the open reading frame (ORF) of SARS-CoV-2 samples with 58% (54/94) of the nucleic acid changes resulting in amino acid mutations. About 94% (16/17) of the virus samples showed D614G on spike protein and 56% of these (9/16) showed other various amino acid mutations on this protein, including L5F, V83L, V213A, W258R, Q677H, and N811I. The virus samples from family cluster-1 (n = 3) belong to the same clade GH, in which two were collected from deceased patients, and the other from the survived patient. All samples from this family cluster revealed a combination of spike protein mutations of D614G and V213A. Virus samples from family cluster-2 (n = 3) also belonged to the clade GH and showed other spike protein mutations of L5F alongside the D614G mutation. Conclusions Our study is the first comprehensive report associating the full-genome sequences of SARS-CoV-2 with the epidemiological data within family clusters. Phylogenetic analysis revealed that the three viruses from family cluster-1 formed a monophyletic group, whereas viruses from family cluster-2 formed a polyphyletic group indicating there is the possibility of different sources of infection. This study highlights how the same spike protein mutations among members of the same family might show different disease outcomes.

No abstract

Pendahuluan. Pneumonia nosokomial merupakan salah satu penyabab mortalitas dan morbiditas terbesar. Red cell distribution width (RDW) dihubungkan dengan kematian pada pasien syok sepsis dan community acquired pneumonia (CAP). Namun, sedikit diketahui mengenai efek peningkatan RDW dengan kematian pasien hospital-acquired pneumonia (HAP), terutama pada populasi lansia yang memiliki prognosis lebih buruk. Penelitian bertujuan untuk mengetahui perbandingan proporsi pasien HAP lansia dan dewasa yang memiliki peningkatan nilai RDW serta hubungan peningkatan nilai RDW dengan peningkatan risiko mortalitas selama perawatan di rumah sakit.Metode. Penelitian menggunakan metode potong lintang dan kohort retrospektif. Subjek penelitian adalah pasien rawat inap terdiagnosis HAP di RSUP Dr. Sardjito periode Maret 2014 hingga Maret 2015 yang dipilih dengan metode konsekutif. Data dikumpulkan menggunakan data rekam medis yang kemudian dianalisis dengan menggunakan uji chi-square dan regresi logistik.Hasil. Terdapat 106 pasien HAP yang memenuhi kriteria pemilihan sampel. Pasien yang hidup berjumlah 64 orang (64,15%) sedangkan pasien yang meninggal berjumlah 38 orang (35,84%). Median nilai RDW adalah 15,3% (rentang 11,4-29,8%). Tidak didapatkan perbedaan proporsi antara pasien HAP dewasa dan lansia dengan peningkatan nilai RDW (p=0,331). Faktor yang memengaruhi peningkatan RDW pada pasien HAP adalah hemoglobin (p<0,001; RR 5,617 (IK 95% 2,294-13,756)) dan trombosit (p=0,002; RR 4,471 (IK 95% 1,625). Terdapat perbedaan proporsi antara peningkatan nilai RDW dengan mortalitas pasien HAP (p=0,043). Namun, peningkatan nilai RDW tidak memengaruhi peningkatan mortalitas pasien HAP. Mortalitas pasien HAP dipengaruhi oleh komorbid sepsis (p<0,001; RR 7,121 (IK 95% 2,599-19,509)) dan angka leukosit yang tinggi (p=0,031; RR=3,077 (IK 95% 1,108-8,546)).Simpulan. Tidak terdapat perbedaan yang signifikan antara peningkatan nilai RDW pada kelompok lansia dan dewasa. Studi ini juga tidak mendapati hubungan yang signifikan antara peningkatan nilai RDW dengan risiko mortalitas pasien HAP selama perawatan di rumah sakit. Namun demikian, studi ini mendapati faktor-faktor lain yang memengaruhi peningkatan nilai RDW yaitu kadar hemoglobin dan trombosit pasien, sementara faktor yang memengaruhi mortalitas pasien HAP adalah komorbid sepsis dan kadar leukosit yang tinggi.

No abstract