Perairan gambut merupakan ekosistem unik yang memiliki kekayaan biodiversitas ikan, sebagian besar di antaranya memiliki potensi sebagai ikan hias. Penelitian ini dilakukan untuk melakukan identifikasi dan analisis keragaman genetik, karakter genetik, jarak genetik, dan pohon kekerabatan ikan-ikan yang mendiami perairan gambut Cagar Biosfere Bukit Batu Provinsi Riau. Tahap pertama penelitian ini adalah identifikasi secara morfologi terhadap 29 ikan hasil koleksi yang potensial sebagai ikan hias. Selanjutnya amplifikasi dan alignment 675 bp (base pair) dari 90 runutan parsial cytochrome c oxidase subunit 1 (COI). Hasil penelitian menunjukkan ikan yang diidentifikasi dapat dikelompokkan menjadi enam famili, yaitu Balontidae terdiri atas tiga spesies (12,5%); Cyprinidae 13 spesies (54,17%); Cobitidae satu spesies (4,17%); Siluridae dua spesies (8,3%); Datnoidae satu spesies (4,17%); dan Bagridae empat spesies (16,67%). Beberapa spesies memiliki perbedaan genetik intraspesies lebih dari 3%. Analisis kekerabatan dan clustering ikan hias lahan gambut berdasarkan gen COI memiliki nilai bootstrap 87-99 per ulangan.Peat is a unique ecosystem which a high fish biodiversity, and most of them are potential as ornamental fish. This research was conducted to identify and analyze genetic diversity, genetic code, genetic distances, and phylogenies of the fish that inhabit in the Bukit Batu Biosfere Reserves, Riau Province. The first stage of this study was identification of 29 fish species that potential as ornamental fish by using morphological character. The further stages were amplification and alignment of 675 base pairs of 90 partial sequences of cytochrome c oxidase subunit 1 (COI). Results showed that the identification based on COI could be classified into six families. These Families were Balontidae, Cyprinidae, Cobitidae, Siluridae, Datnoidae, and Bagridae which consist of three species (12.5%), 13 species (54.17%), one species (4.17%), two species (8.3%), one species (4.17%), and four species (16.67%), respectively. Some clustered have intra-species genetic divergence more than 3%. Phylogenetic and clustering analysis showed all of the OTU (0perational Taxonomic Unit) has a high bootstrap permutation of 87-99.
ABSTRAKIkan rainbow Ajamaru (Melanotaenia ajamarunensis) yang dinyatakan punah pada tahun 1996 merupakan ikan endemik dari Danau Ajamaru, Papua. Namun ikan ini berhasil ditemukan kembali pada tahun 2007 di Sungai Kaliwensi, Sorong, Papua. Domestikasi ex-situ ikan rainbow Ajamaru sedang dilakukan di Balai Riset Budidaya ikan Hias, Depok-Jawa Barat. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi perbedaan genotipe ikan rainbow Ajamaru di alam dan budidaya melalui analisis keragaman genetik untuk melihat adanya perubahan genetik, migrasi maupun mutasi gen. Metode yang digunakan adalah Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dengan 3 jenis primer (OPA 03, OPB 6, dan OPZ 5). Setiap populasi baik, dari alam (Papua) maupun budidaya (Depok dan Papua) masing-masing diambil secara acak sebanyak 10 sampel ikan uji. Hasil penelitian menunjukkan nilai keragaman genetik pada ikan di alam lebih rendah (62,5%) dibanding ikan budidaya di Papua (70,31%) dan tertinggi pada ikan budidaya di Depok (73,43%). Heterozigositas pada ikan di alam lebih rendah (0,172) dibanding ikan budidaya di Papua (0,241) dan di Depok (0,270). Jarak genetik terjauh ditunjukkan antara populasi ikan alam dan populasi ikan budidaya Papua, sedangkan jarak genetik terdekat antara populasi ikan budidaya di Papua dengan di Depok. Karakter genotipe yang dihasilkan pada tiga populasi ikan rainbow Ajamaru adalah memiliki corak DNA yang berbeda nyata (P<0,05). Perbedaan yang dihasilkan dari karakter genotipe karena respon genotip dari tiap individu dan daya adaptasi ikan berbedabeda pada habitat yang berbeda. KATA KUNCI: ikan rainbow; Melanotaenia; genetic; RAPD ABSTRACT: Genotype characterization of three populations of Ajamaru rainbow fish using RAPD. By: Erma Primanita Hayuningtyas, Shofihar Sinansari, Melta Rini Fahmi, Eni Kusrini, and Bastiar NurAjamaru rainbow, an endemic fish from Lake Ajamaru, Papua, once declared extinct in 1996. However, it was rediscovered in 2007, in Kaliwensi River, Sorong, Papua. Currently, the Ajamaru rainbow fish is being domesticated exsitu at the Research Center for Ornamental Fish Culture, Depok, West Java. The aim of the research was to determine the genotype characteristics of wild and cultured Ajamaru rainbow including genetic change, drift, migration, and mutation using genetic variance analysis. The genetic analysis applied was Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) using OPA-03, OPB-6, and OPZ-5 primers. Ten samples were used for each population. The results showed that the three populations of Ajamaru rainbow fish have significantly different (P<0.05) of DNA polymorphism. The lowest value of genetic variance was found in the wild fish (62.5%) followed by the cultured fish located in Papua (70.31%), and the highest was observed in the cultured fish located in Depok (73.43%). Heterozygosity of the wild fish was lower (0.172) than that of the cultured fish in Papua (0.241) and in Depok (0.270). The high genetic distance was found between the wild and cultured fish from Papua. The closest relationship was between the fish culture ...
<p>Informasi tentang keragaman genetik sangat dibutuhkan pada program pemuliaan melalui kegiatan seleksi untuk menghasilkan induk unggul, seperti pada pembentukan ikan mas Rajadanu tahan infeksi koi herpes virus (KHV). Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi variasi genetik ikan mas varietas Rajadanu tahan infeksi KHV generasi F0 dan F1 dengan menggunakan marka molekuler mikrosatelit. Populasi F0 dan F1 dihasilkan dari kegiatan seleksi bersamaan (independent culling) pada karakter pertumbuhan dan ketahanan terhadap KHV. Seleksi karakter pertumbuhan dilakukan dengan metode seleksi individu (mass selection), sedangkan seleksi karakter ketahanan terhadap KHV dilakukan dengan mengidentifikasi individu yang membawa marka MHC II spesifik pada alel Cyca-DAB1*05. Sebanyak sepuluh individu ikan mas dari setiap populasi digunakan untuk analisis variabilitas mikrosatelit menggunakan tiga lokus mikrosatelit (MFW6, MFW7, dan MFW9). Data alel mikrosatelit diolah menggunakan program Microsoft excel dan dianalisis menggunakan program Fstat dan Arlequin. Hasil penelitian menunjukkan bahwa jumlah alel dari tiap lokus pada masingmasing populasi bervariasi, yaitu berkisar antara 2-5 alel. Rata-rata jumlah alel dan rata-rata heterozigositas teramati pada populasi F0 tidak berbeda dengan populasi F1. Rata-rata jumlah alel pada kedua populasi sebesar 3,33 alel dengan rata-rata nilai heterozigositas teramati sebesar 0,47. Inbreeding teridentifikasi pada populasi F0 dan F1, kedua populasi mempunyai tingkat inbreeding yang relatif sama. Populasi ikan mas tahan KHV pada penelitian ini memiliki keragaman genetik yang relatif rendah sehingga diperlukan monitoring variasi genetik dan skema pemijahan yang baik pada kegiatan seleksi selanjutnya untuk menghasilkan ikan mas tahan KHV yang unggul.</p><p>Information on genetic diversity is needed in breeding program through selective breeding to produce superior broodstocks, such as on production of Rajadanu strain of common carp resistant to KHV infection. The aim of this study was to evaluate the genetic variation in F0 and F1 of Rajadanu strain of common carp resistant to KHV infection using microsatellite marker. The F0 and F1 populations have been produced by independent culling method on growth and resistant to KHV characters. Selection on growth character was conducted by mass selection method, while selection on resistant to KHV character was conducted by identification the individual of common carp that carrying MHC II marker specific on CycaDAB1*05 allele. Ten individuals representing each population were analyzed for microsatellite variability using three microsatellite loci (MFW6, MFW7, and MFW9). Microsatellite allele data were analyzed using Microsoft Excel, Fstat, and Arlequin software. The result showed that the number of alleles per loci in each population varied ranging from 2 to 5 alleles. The average number of alleles and the average observed heterozygosity in F0 was similar to that of F1. The average number of alleles in both populations was 3.33, while the average observed heterezygosity was 0.47. The F0 and F1 populations showed inbreeding level; inbreeding level in both populations was relatively similar. Common carp populations in this study had relatively low genetic variation, so that monitoring of genetic variation and good spawning scheme were needed on next selection program to produce a superior common carp resistant to KHV.</p>
ABSTRAKWabah penyakit koi herpes virus (KHV) di Indonesia yang terjadi sejak tahun 2002 merupakan salah satu faktor yang memicu kemerosotan produksi ikan mas budidaya. Pembentukan strain unggul ikan mas tahan KHV dapat menjadi solusi bagi permasalahan tersebut. Pemilihan genotip ikan mas tahan KHV dengan marka molekuler gen major histocompatibility complex class II (MHC-II), khususnya pada alel Cyca DAB 1*05 akan membantu dalam kegiatan seleksi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan gen MHC-II pada populasi dasar G0 ikan mas strain Rajadanu dan hubungannya dengan pertumbuhan (bobot). Metode deteksi keberadaan gen MHC-II pada dua kelompok ikan dengan ukuran berbeda dilakukan dengan teknik PCR. Hubungan antara pertumbuhan ikan mas dengan persentase kemunculan gen MHC-II dianalisis dengan menggunakan program SPSS (Statistical Package for the Social Sciences), sehingga diperoleh korelasi di antara keduanya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa hubungan antara pertumbuhan dengan persentase keberadaan gen MHC-II berkorelasi negatif dengan nilai R = -0,742. Hal ini mengindikasikan bahwa semakin cepat pertumbuhan populasi ikan mas maka semakin sedikit persentase individu yang mempunyai gen MHC-II pada setiap populasi ikan mas. Sehingga populasi ikan mas yang pertumbuhannya lambat memiliki tingkat persentase positif MHC-II lebih tinggi (85,71%-100%) dibandingkan populasi ikan mas yang pertumbuhannya cepat (42,86%-85,71%).
ABSTRAKStrain Rajadanu merupakan populasi ikan mas yang mempunyai daya tahan terhadap serangan koi herpes virus (KHV) relatif lebih baik dibandingkan strain lainnya. Namun demikian, populasi ikan dengan daya tahan yang tinggi diduga mempunyai laju pertumbuhan yang lebih lambat. Hal ini karena adanya fenomena sharing energy untuk berbagai karakter yang berbeda. Dalam kegiatan seleksi, salah satu strategi yang dapat ditempuh untuk mengantisipasi fenomena tersebut adalah dengan melakukan seleksi secara bersamaan (tandem selection) terhadap karakter-karakter tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan populasi ikan mas strain Rajadanu dengan laju pertumbuhan cepat, sebagai bagian dari program perakitan strain unggul ikan mas tahan KHV. Sebagai hewan uji adalah populasi dasar (F0) sintetik yang dibentuk tahun 2010, terdiri atas 2 cohort ikan mas strain Rajadanu dengan masing-masing populasi terdiri atas 10 famili yang bersifat full-sib. Seleksi dilakukan menggunakan metode seleksi individu (mass selection) pada saat bobot rata-rata populasi mencapai ukuran konsumsi, yaitu antara 200-300 g/ekor. Cut off seleksi ditentukan berdasarkan hasil sampling sebelum kegiatan seleksi dilakukan, yaitu bobot individu terendah pada 20% individu terbaik, sebesar 400 g. Hasil penelitian menunjukkan bahwa bobot rata-rata pada cohort 1 dan 2 masing-masing sebesar 271,91 g dan 247,49 g dengan bobot rata-rata populasi terseleksi masing-masing cohort sebesar 558,18 g dan 528,08 g, sehingga menghasilkan nilai diferensial seleksi sebesar 286,27 g dan 280,39 g. Hasil analisis terhadap nilai heritabilitas (dalam arti luas/broad sense) karakter bobot kedua cohort ikan mas tersebut sebesar 42% dan 30%. Berdasarkan hasil tersebut, prediksi respon seleksi yang akan diperoleh pada generasi selanjutnya (F1) pada masing-masing cohort sebesar 123,01 g dan 84,12 g setara dengan 45,27% dan 33,96%.
ABSTRAKIkan rainbow Kurumoi (Melanotaenia parva) adalah ikan endemik Danau Kurumoi, Papua Barat, Indonesia. Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Ikan Hias (BPPBIH), Depok telah berhasil melakukan domestikasi dan menghasilkan beberapa generasi ikan rainbow Kurumoi. Ikan rainbow Kurumoi memijah secara alami, sehingga kemungkinan terjadinya inbreeding tinggi. Oleh karena itu, sangatlah penting untuk mengevaluasi keragaman genetik ikan rainbow Kurumoi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kualitas genetik dengan mengevaluasi keragaman genotipe tiga generasi ikan rainbow Kurumoi menggunakan metode RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) dengan tiga jenis primer, yaitu: OPA-18, OPZ-5, dan OPZ-13. Setiap generasi diambil 10 ekor ikan secara acak. Hasil penelitian ditemukan bahwa keragaman genotipe ikan generasi pertama (69,25%) relatif lebih rendah (P>0,05) daripada generasi kedua (76,9%) dan ketiga (76,9%). Nilai heterozigositas cenderung meningkat dari generasi ke generasi. Heterozigositas ikan generasi pertama adalah 0,21; generasi kedua sebesar 0,24; dan generasi ketiga sebesar 0,25. Jarak genetik terjauh adalah antara generasi pertama dan generasi ketiga, yaitu sebesar 0,19. Dengan demikian, proses domestikasi yang telah dilakukan tidak menyebabkan penurunan keragaman genotipe ikan rainbow Kurumoi. KATA KUNCI: ikan rainbow Kurumoi; RAPD; keragaman genotipe; jarak genetik ABSTRACT: Genotype diversity in three generations of domesticated Kurumoi rainbow fish (Melanotaenia parva) based on RAPD method. By: Erma Primanita Hayuningtyas and Tutik KadariniKurumoi rainbow fish (Melanotaenia parva) is an endemic species from Kurumoi Lake, West Papua, Indonesia. Research and Development for Ornamental Fish Culture, Depok has successfully domesticated and produce Kurumoi rainbow fish for several generations. This fish is breed naturally, inbreeding probability is highly occure. It is important to evaluate genetic diversity of Kurumoi rainbow fish. Aim of the research was to evaluate genotype diversity at three generations of Kurumoi rainbow fish using RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) method with three primers, namely In the research, 10 fishes were randomly taken from each generation. The research found that genotype diversity of fish first generation (69.25%) was relatively lower (P>0.05) than second (76.9%) and third (76.9%) generations. Heterozygosity value tended to increase by generation to generation. Heterozygosity at first generation was 0.21, 0.24 at second generation and 0.25 at third generation. The highest genetic distance was between the first and third generation (0.19). Thus, the domestication process that has been done does not cause a decrease in genotype diversity of Kurumoi rainbow fish.
ABSTRAKIkan tiger fish (Datnioides sp.) merupakan ikan hias air tawar yang memiliki nilai ekonomis penting. Distribusi populasi ikan ini meliputi Papua, Kalimantan, dan Sumatera, dengan tingkat eksploitasi yang cukup tinggi di dua lokasi terakhir. Penelitian ini dilakukan untuk mendapatkan informasi keragaman genetik ikan tiger fish yang mendiami perairan Kalimantan dan Sumatera. Sebanyak 24 sampel ikan uji dikoleksi dari Sungai Kapuas, Kalimantan Barat dan Sungai Musi, Sumatera Selatan. Penelitian dilakukan dalam dua tahap, tahap pertama yaitu identifikasi molekuler dengan menggunakan DNA barcoding gen cytochrome oxidase 1 (COI), tahap kedua adalah analisis keragaman genetik dengan menggunakan marka DNA mitokondria gen cytochrome b (Cyt b), dan DNA inti gen recombination activating gene (RAG2). Hasil identifikasi secara molekuler menunjukkan bahwa ikan hasil koleksi memiliki kesamaan genetik sebesar 100% dengan spesies D. undecimradiatus. Keragaman genetik ikan tiger fish antar populasi berkisar pada nilai 0,023 (standar deviasi 0,001) sedangkan keragaman intra populasi adalah sebesar 0,002 dan 0,003 masing-masing untuk populasi Kalimantan dan Sumatera. Jarak genetik sampel baik yang berasal dari Sumatera maupun Kalimantan dengan spesies D. undeciumradiatus masing-masing 0,003 dan 0,006; sedangkan dengan spesies D. microlepis yaitu 0,142. Analisis menggunakan gen RAG2 menunjukkan sampel yang diuji memiliki struktur populasi yang terpisah ditandai dengan terjadinya mutasi pada enam nukleotida dan tiga asam amino.KATA KUNCI: Datnioides sp.; tiger fish; keragaman genetik; DNA barcoding ABSTRACT: Genetic diversity of indonesian tiger fish (Datnioides sp.) from Kalimantan and Sumatera. By: Melta Rini Fahmi, Erma Primanita Hayuningtyas, Mochammad Zamroni, Bastiar Nur, and Shofihar SinansariThe Tiger fish (Datnioides sp.) is a freshwater ornamental fish that has important economic value. The distribution of this fish included Papua, Kalimantan, and Sumatra, but intensive exploitation occurs in the last two population. This research was conducted to obtain the genetic diversity of tiger fish that inhabited in Kalimantan and Sumatra. A total of 24 fish were collected from Kapuas River, West Kalimantan and Musi River, at Sumatra. The study was conducted in two stages, the first stage is molecular identification of sample by using DNA barcoding cytochrome oxidase 1 (COI) gene, the second stage is analyses of genetic diversity of tiger fish within and between population by using the mitochondrial DNA cytochrome b (Cyt b) gene, and nucleus DNA recombination (RAG2) gene. The molecular identification has shown that the collected fish has a genetic similarity of 100% with D. undecimradiatus. The genetic diversity of tiger fish between populations is 0.023 (standard deviation of 0.001) whereas intra-population is 0.002 and 0.003 for Kalimantan and Sumatra, respectively. The genetic distance of samples with species D. undeciumradiatus were 0.003 and 0.006 for Kalimantan and Sumatera, respectively, whereas the genetic distance wit...
Penelitian transfer gen imunogenik tahan KHV (krt-GP11) pada ikan mas telah dilakukan dengan metode elektroporasi sperma menggunakan konsentrasi DNA yang berbeda. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui konsentrasi DNA optimal yang efektif digunakan dalam transfer gen pada ikan mas. Sperma dielektroporasi menggunakan tipe kejutan square wave dengan voltase 50 V dan jumlah kejutan tiga kali. Konsentrasi DNA yang digunakan adalah 10 μg/mL, 50 μg/mL, dan 100 μg/mL. Deteksi transgen pada sperma, embrio, dan larva dilakukan dengan metode PCR menggunakan primer spesifik untuk gen krt-GP11. Ekspresi transgen pada embrio dan larva dianalisis secara semi-kuantitatif dengan metode reverse transcriptase PCR (RT-PCR). Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen krt-GP11 terdeteksi pada sperma, embrio, dan larva. Pemberian konsentrasi DNA 10 μg/mL lebih efektif digunakan dalam transfer gen krt-GP11 pada ikan mas, sedangkan peningkatan konsentrasi DNA yang digunakan tidak memberikan hasil yang berbeda terhadap keberhasilan transfer gen pada ikan mas. Ekspresi gen krt-GP11 yang berhasil diintroduksikan pada ikan mas baru dapat teramati dengan baik pada fase embrio.
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.
hi@scite.ai
10624 S. Eastern Ave., Ste. A-614
Henderson, NV 89052, USA
Copyright © 2024 scite LLC. All rights reserved.
Made with 💙 for researchers
Part of the Research Solutions Family.