KERAGAMAN GENETIK IKAN MAS (Cyprinus carpio) VARIETAS RAJADANU TAHAN KOI HERPESVIRUS GENERASI F0 DAN F1 MENGGUNAKAN TIGA LOKUS MIKROSATELIT

Abstract

<p>Informasi tentang keragaman genetik sangat dibutuhkan pada program pemuliaan melalui kegiatan seleksi untuk menghasilkan induk unggul, seperti pada pembentukan ikan mas Rajadanu tahan infeksi koi herpes virus (KHV). Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi variasi genetik ikan mas varietas Rajadanu tahan infeksi KHV generasi F0 dan F1 dengan menggunakan marka molekuler mikrosatelit. Populasi F0 dan F1 dihasilkan dari kegiatan seleksi bersamaan (independent culling) pada karakter pertumbuhan dan ketahanan terhadap KHV. Seleksi karakter pertumbuhan dilakukan dengan metode seleksi individu (mass selection), sedangkan seleksi karakter ketahanan terhadap KHV dilakukan dengan mengidentifikasi individu yang membawa marka MHC II spesifik pada alel Cyca-DAB1*05. Sebanyak sepuluh individu ikan mas dari setiap populasi digunakan untuk analisis variabilitas mikrosatelit menggunakan tiga lokus mikrosatelit (MFW6, MFW7, dan MFW9). Data alel mikrosatelit diolah menggunakan program Microsoft excel dan dianalisis menggunakan program Fstat dan Arlequin. Hasil penelitian menunjukkan bahwa jumlah alel dari tiap lokus pada masingmasing populasi bervariasi, yaitu berkisar antara 2-5 alel. Rata-rata jumlah alel dan rata-rata heterozigositas teramati pada populasi F0 tidak berbeda dengan populasi F1. Rata-rata jumlah alel pada kedua populasi sebesar 3,33 alel dengan rata-rata nilai heterozigositas teramati sebesar 0,47. Inbreeding teridentifikasi pada populasi F0 dan F1, kedua populasi mempunyai tingkat inbreeding yang relatif sama. Populasi ikan mas tahan KHV pada penelitian ini memiliki keragaman genetik yang relatif rendah sehingga diperlukan monitoring variasi genetik dan skema pemijahan yang baik pada kegiatan seleksi selanjutnya untuk menghasilkan ikan mas tahan KHV yang unggul.</p><p>Information on genetic diversity is needed in breeding program through selective breeding to produce superior broodstocks, such as on production of Rajadanu strain of common carp resistant to KHV infection. The aim of this study was to evaluate the genetic variation in F0 and F1 of Rajadanu strain of common carp resistant to KHV infection using microsatellite marker. The F0 and F1 populations have been produced by independent culling method on growth and resistant to KHV characters. Selection on growth character was conducted by mass selection method, while selection on resistant to KHV character was conducted by identification the individual of common carp that carrying MHC II marker specific on CycaDAB1*05 allele. Ten individuals representing each population were analyzed for microsatellite variability using three microsatellite loci (MFW6, MFW7, and MFW9). Microsatellite allele data were analyzed using Microsoft Excel, Fstat, and Arlequin software. The result showed that the number of alleles per loci in each population varied ranging from 2 to 5 alleles. The average number of alleles and the average observed heterozygosity in F0 was similar to that of F1. The average number of alleles in both populations was 3.33, while the average observed heterezygosity was 0.47. The F0 and F1 populations showed inbreeding level; inbreeding level in both populations was relatively similar. Common carp populations in this study had relatively low genetic variation, so that monitoring of genetic variation and good spawning scheme were needed on next selection program to produce a superior common carp resistant to KHV.</p>

Pembentukan Populasi Sintetis Untuk Peningkatan Kualitas Genetik Ikan Mas

“…Primer yang digunakan dalam analisis ini sebanyak lima jenis, yaitu MFW6, MFW7, MFW9, MFW13, dan MFW16, mengikuti Syahputra et al (2016). Hasil amplifikasi PCR diseparasi dengan metode elektroforesis pada gel agarose 2% yang telah diberi pewarna GelRedTM (Biotium).…”

“…Keseimbangan populasi tersebut dapat terganggu dengan adanya keadaan homozigot berlebihan (excess of homozygote) di dalam populasi. Munculnya homozigot berlebihan dapat disebabkan oleh fenomena null alleles, inbreeding, assortative mating, seleksi, dan kombinasi dari beberapa faktor tersebut (Syahputra et al, 2016).…”

Karakteristik Fenotipe Dan Genotipe Lima Strain Ikan Mas Di Jawa Barat Dan Banten

“…Gambar 3 menunjukkan adanya beberapa private allele pada masing-masing lokus dari setiap strain. Private allele merupakan alel yang hanya ditemukan pada satu strain dan tidak ditemukan pada strain lainnya (Syahputra et al, 2016) Jumlah rata-rata alel setiap strain ikan mas dalam penelitian ini berbeda-beda, berkisar antara 5,8 pada strain Majalaya hingga 8,8 pada strain Wildan (Tabel 2). Rata-rata jumlah alel ini relatif sama jika dibandingkan dengan rata-rata jumlah alel yang teridentifikasi pada populasi ikan mas di Asia dan Eropa (Kohlmann et al, 2005), Bangladesh (Mondol et al, 2006), dan Vietnam (Thai et al, 2007).…”

“…Hasil ini menunjukkan terjadinya defisit heterozigositas pada semua populasi ikan mas hasil koleksi. Dijelaskan oleh Syahputra et al (2016) bahwa defisit heterozigositas pada suatu populasi disebabkan oleh adanya keadaan homozigot berlebihan (excess of homozygote). Munculnya keadaan homozigot berlebihan dapat disebabkan oleh fenomena null alleles, inbreeding, assortative mating, aktivitas seleksi, dan kombinasi dari beberapa faktor tersebut (Garcia de Leon et al, 1997).…”

Effectiveness of Egg Stimulant® and Oodev® for Maturation of Tilapia (Oreochromis niloticus)

“…Penurunan kualitas genetik ikan secara umum dapat ditandai dengan adanya pertumbuhan lambat, tingkat kematian tinggi dan matang kelamin dini (Arifin et al, 2007). Menurut Syahputra et al (2016) inbreeding dalam jangka panjang tidak menguntungkan secara ekonomis bagi perkembangan populasi yang dihasilkan. Matang kelamin dini berdampak pada penurunan performa reproduksi, seperti penurunan fekunditas dan kualitas telur yang dihasilkan yang berujung pada menurunnya kualitas benih.…”