OBJETIVO: Verificar o desempenho de crianças com e sem transtorno fonológico nas habilidades motoras orais medidas pela diadococinesia oral, de acordo com as variáveis idade e gênero, além de comparar os métodos de análise manual e por meio de software específico. MÉTODOS: Participaram do estudo 72 sujeitos, com idade entre 5 anos e 7 anos e 11 meses, que foram divididos em quatro subgrupos em função da presença do diagnóstico de transtorno fonológico (grupo controle e grupo estudo) e da idade (<6 anos e 5 meses e >6 anos e 5 meses). A diadococinesia oral foi avaliada na repetição das sequências 'pa', 'ta', 'ka' e 'pataka' utilizando o método de análise manual e pelo softwareMotor Speech Profile®. RESULTADOS: Houve diferença somente relacionada à variável gênero nos grupos, mas que não influenciou na produção do número de sequências por segundo. Houve correlação entre o número de sequências por segundo e a idade em todas as sequências, exceto para 'ka', somente no grupo controle. Os resultados da comparação entre grupos indicaram que não houve diferença entre as distribuições do número de sequências por segundo nas sequências estudadas nas duas faixas etárias analisadas. Observou-se concordância forte entre as medidas realizadas a partir dos dois métodos. CONCLUSÃO: O presente estudo mostrou a importância de se avaliar funcionalmente, por meio da aplicação de diferentes métodos de análise, aspectos do processamento motor da fala em crianças com transtorno fonológico, evidenciando as dificuldades motoras em crianças na faixa etária inferior a 8 anos de idade.