Sphingobacterium ginsenosidimutans sp. nov., a bacterium with ginsenoside-converting activity isolated from the soil of a ginseng field

Son, Heung-Min; Yang, Jung Eun; Kook, MooChang; Shin, Heon-Sub; Park, Sang‐Yong; Lee, Don-Gill; Yi, Tae–Hoo

doi:10.2323/jgam.59.345

Cited by 16 publications

(6 citation statements)

References 34 publications

(28 reference statements)

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…[1] based on the description of three species ( Sphingobacterium spiritivorum , Sphingobacterium multivorum and Sphingobacterium mizutae ) harbouring high amounts of cellular sphingophospholipids. As of May 2020, the genus comprises 55 species with validly published names (https://lpsn.dsmz.de), which have been isolated from a variety of habitats such as soil [2–4], plant [5–7], clinical specimens [1, 8], milk [9, 10], lake water [11], sludge [12], food-waste compost [13], insect [14] and lichen [15]. In particular habitats, such as a gut of fall armyworm [16] or an enrichment of apple pomace [17], the genus showed high abundance, accounting for 17–40 % of the total bacterial population.…”

Section: Full-textmentioning

confidence: 99%

“…The genus is characterized as containing Gram-stain-negative, aerobic and rod-shaped bacteria that contain menaquinone-7 (MK-7) as the major respiratory quinone and branched, hydroxylated or mono-unsaturated fatty acids as major fatty acids. Some members of the genus are known to show interesting physiological features such as biosurfactant-producing [3] and ginsenoside-converting activities [4]. According to the EzBiocloud database holding quality-controlled bacterial genomes [18], the whole genome sequences of Sphingobacterium species range from 3.8 to 6.9 Mbp in size with 36.3–46.8 mol% DNA G+C content.…”

Section: Full-textmentioning

confidence: 99%

“…dsmz. de), which have been isolated from a variety of habitats such as soil [2][3][4], plant [5][6][7], clinical specimens [1,8], milk [9,10], lake water [11], sludge [12], food-waste compost [13], insect [14] and lichen [15]. In particular habitats, such as a gut of fall armyworm [16] or an enrichment of apple pomace [17], the genus showed high abundance, accounting for 17-40 % of the total bacterial population.…”

mentioning

confidence: 99%

See 2 more Smart Citations

Sphingobacterium chungjuense sp. nov., isolated from a freshwater lake

Song

Joung

et al. 2020

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

View full text Add to dashboard Cite

A Gram-stain-negative, rod-shaped, aerobic, non-flagellated, chemoheterotrophic bacterium, designated strain IMCC25678T, was isolated from an artificial freshwater reservoir, Chungju Lake, in the Republic of Korea. The 16S rRNA gene sequence analysis indicated that strain IMCC25678T belongs to the genus Sphingobacterium with ≤98.7 % sequence similarities to Sphingobacterium species. Whole genome sequencing of strain IMCC25678T revealed a 3.9 Mbp genome size with a DNA G+C content of 42.2 mol%. The IMCC25678T genome shared ≤89.7 % average nucleotide identity and ≤21.4 % digital DNA–DNA hybridization values with closely related species of the genus Sphingobacterium , indicating that the strain represents a novel species. Summed feature 3 (C16 : 1 ω6c and/or C16 : 1 ω7c), iso-C15 : 0 and iso-C17 : 0 3-OH were found to be the predominant cellular fatty acid constituents in the strain. The major respiratory quinone was MK-7. The major polar lipids were phosphatidylethanolamine, one unidentified phosphoglycolipid, one unidentified sphingolipid and three unidentified polar lipids. Based on the phylogenetic and phenotypic characteristics, strain IMCC25678T was considered to represent a novel species within the genus Sphingobacterium , for which the name Sphingobacterium chungjuense sp. nov. is proposed. The type strain is IMCC25678T (=KACC 19485T=NBRC 113130T).

show abstract

Section: Full-textmentioning

confidence: 99%

Section: Full-textmentioning

confidence: 99%

mentioning

confidence: 99%

See 1 more Smart Citation

Sphingobacterium chungjuense sp. nov., isolated from a freshwater lake

Song

Joung

et al. 2020

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Bài báo này sẽ cung cấp những thông tin tổng hợp về quá trình phân lập, phân loại và định danh cũng như giới thiệu một số ứng dụng chính của các loài vi khuẩn mới đã được phân lập từ đất trồng sâm (Im et al, 2012;Son et al, 2013b;Kang et al, 2015), Archive of Microbiology (Hoang et al, 2013a;Jung et al, 2016), International Journal of Systematics and Evolutionary Microbiology (Cui et al, 2007;Kim et al, 2008a;Nguyen et al, 2015d), Journal of Microbiology (Choi et al, 2010;Kim et al, 2013a), Journal of Microbiology and Biotechnology (Lee et al, 2008a;Liu et al, 2010;Wang et al, 2012), Systematic and Applied Microbiology (Kim et al, 2012b), The Journal of General and Applied Microbiology (Kim et al, 2011b;Yang et al, 2012;Jin et al, 2014).…”

Section: Tóm Tắtunclassified

“…2 Bacteroidetes (49) Liu et al, 2006;Ten et al, 2006a;Weon et al, 2006;Yang et al, 2006;An et al, 2007a;An et al, 2007b;Lee et al, 2007a;Yoon & Im, 2007;Yoon et al, 2007b;Kim et al, 2008a;Liu et al, 2008;Wang et al, 2008;Ten et al, 2009c;Weon et al, 2009;Choi et al, 2010;Kim et al, 2011b;Yang et al, 2011;Hoang et al, 2012;Yang et al, 2012;An et al, 2013;Hoang et al, 2013a;Hoang et al, 2013b;Hoang et al, 2013c;Kim et al, 2013b;Kim et al, 2013c;Nguyen et al, 2013a;Son et al, 2013a;Son et al, 2013b;Son et al, 2013c;Yang et al, 2013;Jin et al, 2014;Son et al, 2014a;Son et al, 2014b;Ahn et al, 2015b;Hoang et al, 2015a;Singh et al, 2016a;Sukweenadhi et al, 2015;Zhang et al, 2015;Zhao et al, 2015;Siddiqi et al, 2015;Singh et al, 2016b;Jung et al, 2016. 3 Actinobacteria (34) An et al, 2007c;...…”

Section: Ttmentioning

confidence: 99%

Tình Hình Nghiên Cứu Phát Hiện Các Loài Vi Khuẩn Mới Trong Đất Trồng Nhân Sâm (Panax L.) Trên Thế Giới

Trâm¹,

Lan²,

Sen³

et al. 2017

Vietnam J. Biotechnol.

View full text Add to dashboard Cite

Với hàm lượng mùn cao (2-10%), độ ẩm tốt (40-60%), pH hơi chua (khoảng 5-6), đất trồng sâm được coi là một trong những môi trường thích hợp cho vi khuẩn phát triển. Quần xã vi khuẩn trong đất trồng sâm rất đa dạng với nhiều loài mới đã được phát hiện và phân loại. Cho đến nay đã có 152 loài vi khuẩn mới được phân lập từ đất trồng sâm được công bố, chủ yếu ở Hàn Quốc (141 loài), tiếp theo là Trung Quốc (09 loài) và Việt Nam (02 loài). Các loài mới phát hiện được phân loại và xếp nhóm vào 5 ngành lớn gồm: Proteobacteria (48 loài), Bacteroidetes (49 loài), Actinobacteria (34 loài), Firmicutes (20 loài) và Armatimonadetes (01 loài). Ngoài tính mới, những loài được phát hiện còn có tiềm năng ứng dụng trong việc hạn chế các bệnh cây do nấm gây ra, tăng hàm lượng hoạt chất trong củ sâm hay sản xuất chất kích thích sinh trưởng thực vật...Trong đó các nghiên cứu đặc biệt quan tâm đến những loài có đặc tính chuyển hóa các ginsenoside chính (Rb1, Rb2, Rc, Re, Rg1) - chiếm tới 80% tổng số ginsenoside trong củ sâm sang dạng các ginsenoside chiếm lượng nhỏ (Rd, Rg3, Rh2, CK, F2) nhưng lại có hoạt tính dược học cao hơn. Sâm Ngọc Linh hay còn được gọi là Sâm Việt Nam (Panax vietnamensis Ha et Grushv.) – loài đặc hữu của Việt Nam đang được quan tâm phát triển và mở rộng vùng trồng. Tuy nhiên, việc tập trung nghiên cứu sâu về đặc điểm thổ nhưỡng, đặc biệt là hệ vi sinh đất trồng sâm Ngọc Linh chưa có nhiều. Chính vì vậy, bài viết này tổng quan nghiên cứu loài mới trong đất trồng sâm trên thế giới là nguồn tư liệu cần thiết trong việc định hướng nghiên cứu về quần xã vi khuẩn cũng như phát hiện các loài vi khuẩn mới trong đất trồng sâm Ngọc Linh có khả năng ứng dụng và phát triển ở Việt Nam.

show abstract

A literature update elucidating production of Panax ginsenosides with a special focus on strategies enriching the anti-neoplastic minor ginsenosides in ginseng preparations

Biswas

Mathur

2017

Appl Microbiol Biotechnol

View full text Add to dashboard Cite

Ginseng, an oriental gift to the world of healthcare and preventive medicine, is among the top ten medicinal herbs globally. The constitutive triterpene saponins, ginsenosides, or panaxosides are attributed to ginseng's miraculous efficacy towards anti-aging, rejuvenating, and immune-potentiating benefits. The major ginsenosides such as Rb1, Rb2, Rc, Rd., Re, and Rg1, formed after extensive glycosylations of the aglycone "dammaranediol," dominate the chemical profile of this genus in vivo and in vitro. Elicitations have successfully led to appreciable enhancements in the production of these major ginsenosides. However, current research on ginseng biotechnology has been focusing on the enrichment or production of the minor ginsenosides (the less glycosylated precursors of the major ginsenosides) in ginseng preparations, which are either absent or are produced in very low amounts in nature or via cell cultures. The minor ginsenosides under current scientific scrutiny include diol ginsenosides such as Rg3, Rh2, compound K, and triol ginsenosides Rg2 and Rh1, which are being touted as the next "anti-neoplastic pharmacophores," with better bioavailability and potency as compared to the major ginsenosides. This review aims at describing the strategies for ginsenoside production with special attention towards production of the minor ginsenosides from the major ginsenosides via microbial biotransformation, elicitations, and from heterologous expression systems.

show abstract

Sphingobacterium ginsenosidimutans sp. nov., a bacterium with ginsenoside-converting activity isolated from the soil of a ginseng field

Cited by 16 publications

References 34 publications

Sphingobacterium chungjuense sp. nov., isolated from a freshwater lake

Sphingobacterium chungjuense sp. nov., isolated from a freshwater lake

Tình Hình Nghiên Cứu Phát Hiện Các Loài Vi Khuẩn Mới Trong Đất Trồng Nhân Sâm (Panax L.) Trên Thế Giới

A literature update elucidating production of Panax ginsenosides with a special focus on strategies enriching the anti-neoplastic minor ginsenosides in ginseng preparations

Contact Info

Product

Resources

About