Pondok pesantren merupakan ranah pembelajaran, pengembangan karakter dan pendidikan agama islam dengan meninjau berbagai aspek termasuk aspek kesehatan. Pesantren menjadi tempat berkumpulnya siswa dari berbagai kelompok usia dan latar belakang sosial ekonomi yang berbeda beda sehingga berada pada kondisi rawan terhadap berbagai permasalahan kesehatan terutama Diare. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui prevalensi diare pada santri pondok pesantren di Kota Medan. Penelitian ini menggunakan desain cross-sectional dengan simple random sampling secara acak sederhana. Populasi penelitian ini adalah seluruh santri yang tersebar di Kota Medan, Provinsi Sumatera Utara dengan sampel sebanyak 436 santri yang berasal dari 7 pesantren di Kota Medan. Instrumen pengumpulan data berupa selfreport questionnaire dengan uji Uji chi square. Penelitian ini menemukan bahwa prevalensi diare pada santri di Kota Medan sebesar 48,6% dan bervariasi antar pesantren (20-80%). Berdasarkan hasil uji statistic diketahui bahwa Jenis kelamin memiliki perbedaan yang signifikan (p-value 0,000 < 0,005) dengan Prevalens Risk (PR) pada 95% CI 1,995 (1,362 – 2,922) yang menunjukkan bahwa laki-laki berisiko 2 kali lebih besar terinfeksi diare dibandingkan perempuan, Proporsi santri yang diare dan tidak rutin cuci tangan pakai sabun lebih besar dibandingkan yang diare dan rutin cuci tangan pakai sabun. Edukasi secara menyeluruh terutama pada kelompok laki-laki menjadi rekomendasi dalam memutuskan rantai penularan diare di pesantren.