A digitalização da agricultura, apoiada pela pesquisa agropecuária pública, gera um grande volume de dados agrícolas e pessoais. Há uma interseção relevante entre dados agrícolas (agrodados) e dados pessoais, pois, por meio do uso de tecnologias digitais, torna-se possível identificar os agricultores, gerando questionamentos sobre a efetividade dos direitos dos titulares. Para Instituições de Ciência e Tecnologia (ICT), é imprescindível conciliar o avanço científico com a proteção de dados pessoais, uma vez que agrodados são insumos relevantes para o processo de produção do conhecimento. O artigo explora a temática da governança de agrodados na pesquisa agrícola e relata as ações em curso numa ICT, a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), para adequação à Lei Geral de Proteção de Dados Pessoais (LGPD), por meio da análise do estudo de caso de um projeto de pesquisa. É evidenciada a postura conservadora da Embrapa em adotar, prioritariamente, a obtenção do termo de consentimento do titular para tratamento de seus dados pessoais, ocorrendo, em alguns casos, o enquadramento de outras hipóteses legais. Conclui-se que a segurança jurídica, pelo estabelecimento de diretrizes claras e bem fundamentadas para a governança de dados, é um caminho efetivo para essa conciliação.