New insights into RNA secondary structure in the alternative splicing of pre-mRNAs

Jin, Yongfeng; Yang, Yun; Zhang, Peng

doi:10.4161/rna.8.3.15388

Cited by 76 publications

(54 citation statements)

References 65 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Ни один из известных механизмов делеции экзонов, включая супрессию сайта сплайсинга, сокрытие или экспонирование cis-элемента, ADAR-опосредованную селекцию сайта сплайсинга, сближение cis-элементов, перекручивание интронов, а также конкурентные явления во вторичной структуре РНК, в данном случае не подходит [29,30].…”

Section: Discussionunclassified

Apoptotic endonuclease EndoG regulates alternative splicing of human telomerase catalytic subunit hTERT

et al. 2016

BIOMED KHIM

View full text Add to dashboard Cite

2 Российский университет дружбы народов, экологический факультет, Москва 3 Институт теоретической и экспериментальной биофизики, Пущино Каталитическая субъединица теломеразы человека hTERT подвергается альтернативному сплайсингу, что приводит к потере её функций и снижению теломеразной активности. Известно, что в альтернативном сплайсинге мРНК hTERT принимает участие апоптотическая эндонуклеаза EndoG. Нами изучена роль EndoG в регуляции альтернативного сплайсинга мРНК hTERT. Показано, что сверхэкспрессия EndoG в клетках карциномы кишечника CaCo-2, а также обработка клеточных ядер и цитоплазмы рекомбинантной EndoG и инкубация ядер с РНК, расщепленной рекомбинантной EndoG, приводит к повышению уровня варианта с b-делецией. В изолированных клеточных ядрах и трансфицированных клетках альтернативный сплайсинг мРНК hTERT индуцировался 47-членным РНК-олигонуклеотидом. Идентифицирована длинная некодирующая РНК (1157 нуклеотидов), из которой образуется активный 47-членный РНК-олигонуклеотид. Предложен следующий механизм сплайсинга мРНК hTERT: c кодирующей цепи гена hTERT синтезируется пре-мРНК, а с матричной -длинная некодирующая РНК; EndoG вырезает из длинной некодирующей РНК 47-членный олигонуклеотид, комплементарный пре-мРНК hTERT, в месте соединения экзона 8 и интрона 8. Взаимодействие этого олигонуклеотида с пре-мРНК hTERT индуцирует альтернативный сплайсинг.Ключевые слова: EndoG, теломераза, hTERT, альтернативный сплайсинг, CaCo-2 DOI 10.18097/PBMC20166205544 * -адресат для переписки клеток плазмидой pEndoG-GFP или контрольной плазмидой pGFP (обе "InvivoGen", США) проводили с использованием Lipofectamine 2000 ("Invitrogen", США) по протоколу компании производителя. Эффективность трансфекции (обычно 90-100%) оценивали, подсчитывая число GFP-положительных клеток с использованием флуоресцентной микроскопии. Для трансфекции клеток 47-членным РНК-олигонуклеотидом EGPO (EndoG-produced oligonucleotide) или контрольной РНК (табл. 1, "Синтол", Россия) использовали Oligofectamine Reagent ("Invitrogen") по протоколу компании производителя. Для защиты от нуклеаз EGPO и контрольную РНК модифицировали основаниями с фосфоротиоатными связями. Выделение клеточных органелл и обработка рекомбинантной EndoG (recEndoG)Цитоплазму клеток получали согласно [13]. Клетки гомогенизировали на льду при помощи роторного гомогенизатора Ultra-Turrax T25 ("IKA", США) в 300 мкл буфера: 10 мМ HEPES ("Sigma", США), 10 мМ KCl ("Sigma"), 1,5 мM MgCl 2 ("Sigma"), 0,1 мM EGTA ("Sigma"), 0,3% NP-40, ингибитор протеаз (Protease Inhibitor Cocktail Tablets Complete, Mini, "Roche", Швейцария), pH 7,4, и центрифугировали в течение 3 мин при 2000 g и 4°С. Супернатант содержал фракцию цитоплазмы. Клеточные ядра выделяли согласно [14]. Клетки гомогенизировали на льду при помощи роторного гомогенизатора в 300 мкл раствора, содержащего 50 мМ Трис-HCl pH 7,9, 0,25 М сахарозу, 10 мМ CaCl 2 , и центрифугировали (ультрацентрифуга Optima XE, "Beckman Coulter", США) при 70000 g в течение 90 мин в среде, содержащей 2 М сахарозу, 50 мМ Трис-HCl, 10 мМ CaCl 2 , 5 мМ b-мерка...

show abstract

Section: Discussionunclassified

Apoptotic endonuclease EndoG regulates alternative splicing of human telomerase catalytic subunit hTERT

et al. 2016

BIOMED KHIM

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…36,40 RNA secondary structures such as Dscam (38,016 isoforms) and Mhc (480 isoforms) play a determining role in complex alterative splicing regulation. 19,20,22,41,42 More generally, alterative splicing may be regulated by a combination of RNA structure with multiple linear cis-elements and several trans-acting factors. In this model, RNA structures act as a physical barrier or a backbone for the splicing machinery, whereas multiple linear ciselements and several trans-acting factors provide fine-scale regulation.…”

Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

Conservation and regulation of alternative splicing by dynamic inter- and intra-intron base pairings in Lepidoptera 14-3-3z pre-mRNAs

et al. 2012

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…In general, this is a good assumption and, for example, allows fulllength ribosomal RNAs to be modeled at high accuracy (Deigan et al 2009). However, there are important RNA-RNA interactions that occur over distances of 1000 nt or more (Alvarez et al 2005;Jin et al 2011) that will not be detected with the current approach. Finally, SHAPE reactivities always reflect the structural ensemble present in solution at the time of probing.…”

Section: Limitations and Perspectivementioning

confidence: 99%

RNA secondary structure modeling at consistent high accuracy using differential SHAPE

Rice

Leonard

Weeks

2014

RNA

127

View full text Add to dashboard Cite

RNA secondary structure modeling is a challenging problem, and recent successes have raised the standards for accuracy, consistency, and tractability. Large increases in accuracy have been achieved by including data on reactivity toward chemical probes: Incorporation of 1M7 SHAPE reactivity data into an mfold-class algorithm results in median accuracies for base pair prediction that exceed 90%. However, a few RNA structures are modeled with significantly lower accuracy. Here, we show that incorporating differential reactivities from the NMIA and 1M6 reagents-which detect noncanonical and tertiary interactions-into prediction algorithms results in highly accurate secondary structure models for RNAs that were previously shown to be difficult to model. For these RNAs, 93% of accepted canonical base pairs were recovered in SHAPE-directed models. Discrepancies between accepted and modeled structures were small and appear to reflect genuine structural differences. Three-reagent SHAPE-directed modeling scales concisely to structurally complex RNAs to resolve the in-solution secondary structure analysis problem for many classes of RNA.

show abstract

New insights into RNA secondary structure in the alternative splicing of pre-mRNAs

Abstract: (2011) New insights into RNA secondary structure in the alternative splicing of pre-mRNAs, RNA Biology, 8:3,[450][451][452][453][454][455][456][457]

Cited by 76 publications

References 65 publications

Apoptotic endonuclease EndoG regulates alternative splicing of human telomerase catalytic subunit hTERT

Apoptotic endonuclease EndoG regulates alternative splicing of human telomerase catalytic subunit hTERT

Conservation and regulation of alternative splicing by dynamic inter- and intra-intron base pairings in Lepidoptera 14-3-3z pre-mRNAs

RNA secondary structure modeling at consistent high accuracy using differential SHAPE

Contact Info

Product

Resources

About