Genetic structure and gene flow of Eugenia dysenterica natural populations

Zucchi, Maria Imaculada; Pinheiro, José Baldin; Chaves, Lázaro José; Coelho, Alexandre Siqueira Guedes; Couto, Mansuêmia Alves; Morais, Lizz Kezzy de; Vencovsky, Roland

doi:10.1590/s0100-204x2005001000005

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“…Levels of genetic variation of allogamous species are theoretically high within populations and relatively low among populations (HAMRICK et al, 1992). These results corroborate some studies conducted with Cerrado tree species (SOARES et al, 2008;ZUCCHI et al, 2005). Darrault and Schlindwein (2005), studying the reproductive biology of mangabeira, identified a self-incompatibility mechanism that favors cross-pollination.…”

Section: Resultssupporting

confidence: 86%

“…Molecular markers are widely used to evaluate the genetic variability in natural populations of plants (REDDY et al, 2002;SOARES et al, 2008;ZUCCHI et al, 2005). They are more advantageous than morphological markers because molecular markers are not affected by the environment and they present a high number of polymorphisms, allowing studies at any developmental stage of the plant (FALEIRO, 2007).…”

mentioning

confidence: 99%

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Diversity and genetic structure of mangabeira (Hancornia speciosa Gomes), a fruit species from Cerrado

Soares

Rossi

Silva

et al. 2017

SCA

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Hancornia speciosa Gomes, popularly known as mangabeira, is a fruit tree belonging to the Apocynaceae family, native to the Brazilian Cerrado. The fruit is widely used by the local population as an alternative source of income. Limited information is available about this species, which increases the difficulty of conserving its genetic resources and exploiting mangabeira as an economic resource. The objective of this research was to evaluate the genetic diversity and genetic structure of H. speciosa from Chapada dos Guimarães. Twenty-four trees and ten inter simple sequence repeats (ISSR) primers were evaluated. Of the 57 bands obtained, 33 (57.89%) presented polymorphism. The analysis using Structure defined two different clusters (K = 2), which were consistent with the unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) clustering analysis. The number of observed alleles (Na = 1.58), number of effective alleles (Ne = 1.29), Nei's genetic distance (He = 0.18) and Shannon index (I = 0.27) were considered low among the population. The analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that the variability within the cluster (83.39%) was higher than among clusters (16.61%). ISSR primers proved effective for detection of genetic polymorphism in H. speciosa, and could be utilized for strategies that aim at conservation, plant breeding programs, and commercial use. Key words: Mangaba. Molecular analysis. ISSR. ResumoHancornia speciosa Gomes, conhecida popularmente como mangabeira, é uma fruteira pertencente à família Apocynaceae que ocorre espontaneamente no Cerrado brasileiro. O fruto da mangabeira é bastante utilizado pela população local como fonte alternativa de renda e sua exploração é feita de forma extrativista. As informações sobre esta espécie são escassas, o que dificulta a conservação dos recursos genéticos e sua exploração econômica. Neste trabalho foi estudada a diversidade e estrutura genética de uma população de mangabeira, tendo sido avaliada um total de 24 árvores matrizes localizadas em Chapada dos Guimarães-MT por meio de 10 primers ISSR (inter repetições de sequências simples) que revelaram 57 bandas. Destas, 33 (57,89%) de agrupamento UPGMA. O número de alelos observados (Na = 1,58), número de alelos efetivos (Ne = 1,29), índice de diversidade de Nei (He = 0,18) e o índice de Shannon (I = 0,27) foram relativamente baixos dentro da população. A AMOVA revelou que a variabilidade dentro dos grupos (83,39%) foi mais alta do que entre os grupos (16,61%). A utilização de iniciadores ISSR mostrou-se eficaz para detecção de polimorfismo genético em mangabeira, servindo de aporte para estratégias que visem à conservação, melhoramento genético e exploração econômica da espécie. Palavras-chave: Análise molecular. Mangaba. ISSR.

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Section: Resultssupporting

confidence: 86%

mentioning

confidence: 99%

Diversity and genetic structure of mangabeira (Hancornia speciosa Gomes), a fruit species from Cerrado

Soares

Rossi

Silva

et al. 2017

SCA

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“…2008 distintos, representaram o Alto e o Baixo Acre, com valor de = 0,2061. Zucchi et al (2005) verifi caram, com marcadores RAPD, em uma arbórea frutífera do Cerrado, Eugenia dysenterica, que a estimativa = 0,2703 foi alta, e que tem fl uxo restrito entre as populações, em razão da antropização.…”

Section: E-aag/m-ctg (8) E-acg/m-cac (3) E-att/m-cac (08) E-acc/m-unclassified

Variabilidade genética do umbuzeiro no Semi-Árido brasileiro, por meio de marcadores AFLP

Santos

Rodrigues

Zucchi

2008

Pesq. agropec. bras.

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Resumo -O objetivo deste trabalho foi avaliar a distribuição da variabilidade genética do umbuzeiro (Spondias tuberosa), no Semi-Árido brasileiro, por meio de marcadores AFLP, para subsidiar estratégias de prospecção e conservação da espécie. Foram analisados 68 indivíduos de umbuzeiro de 15 ecorregiões, pelo dendrograma UPGMA e pela dispersão em escala multidimensional (MDS), com o coefi ciente de Jaccard de 141 bandas polimórfi cas de AFLP. A análise da variância molecular foi realizada pela decomposição total entre e dentro das regiões ecogeográfi cas. O dendrograma apresentou valor cofenético de 0,96, e o gráfi co MDS apresentou 0,25 para a falta de ajustamento. A variabilidade genética do umbuzeiro foi estimada em 0,3138, o que indica grande variação entre os grupos de indivíduos. Agrupamentos específi cos foram observados em seis regiões ecogeográfi cas, enquanto nas demais regiões observaram-se pares entre alguns indivíduos, sem formação de agrupamentos específi cos por local de amostragem, o que indica que a variabilidade genética do umbuzeiro não está uniformemente distribuída no Semi-Árido. Sugerem-se estratégias para o estabelecimento de maior número de áreas para conservação in situ ou amostragens de menor número de indivíduos, em várias unidades de paisagens, para conservação ex situ da variabilidade genética do umbuzeiro.Termos para indexação: Spondias tuberosa, análise multivariada, análise de variância molecular, dendrograma, escala multidimensional. Genetic variability of umbu trees in Brazilian Semi-Arid region, based on AFLP markersAbstract -The objective of this work was to evaluate the genetic variability distribution of umbu tree (Spondias tuberosa), within Brazilian Semi-Arid region, based on AFLP markers, in order to suggest prospecting and preservation strategies for this species. Sixty-eight umbu trees of 15 ecogeographic regions were analyzed for 141 polymorphic AFLP bands, through the UPGMA dendrogram and the multidimensional scaling (MDS), based on Jaccard's coeffi cient . Analysis of molecular variance was accomplished by total decomposition among and within ecogeographic regions. The dendrogram presented co-phenetic value of 0.96, while the MDS presented 0.25 for the badness-of-fi t. Umbu genetic variability was estimated in 0.3138, indicating a large variance among individual groups. Specifi c clusters were observed in six ecogeographic regions, and some individual pairs were observed in the other regions, with no specifi c clustering by sampling place, which indicates that the genetic variability of umbu tree is not uniformly distributed within Brazilian Semi-Arid. Strategies are suggested to set a larger number of protection areas for in situ conservation, or a smaller number of umbu individuals sampled, in various ecoregion units, for ex situ genetic variability conservation of this species.

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“…Previous studies on the species tried to understand the pattern of organization of genetic variation in natural subpopulations based on morphometric traits (Silva et al, 2001), isoenzymatic markers and soil conditions (Telles et al, 2001), RAPD markers (Trindade and Chaves, 2005;Zucchi et al, 2005) and microsatellites (Zucchi et al, 2003). Silva et al (2001) evaluated phenotypic data of cagaiteira trees and fruits from 10 areas of southeastern Goiás State.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

“…It was also observed that the plant phenotype is influenced by soil type. Studies using RAPD markers (Zucchi et al, 2005) and microsatellites (Zucchi et al, 2003) indicated that natural subpopulations of Eugenia dysenterica DC. are strongly structured.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Caracterização genética de uma coleção de germoplasma de cagaiteira, uma espécie nativa do cerrado

2014

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Cagaiteira is a common fruit species in the Cerrado. The plant produces a berry fruit that is consumed fresh or processed in several ways. Concerning the yield potential of the species, there is interest in its domestication for large-scale production. To this aim, the evaluation of genetic variability is essential to support breeding and domestication programs for the species. In this context, this study aimed to estimate genetic parameters of quantitative traits of the germplasm collection of Eugenia dysenterica DC. to provide information that may be useful in breeding programs. The experiment was set up in 1998 in a randomized block design, with 110 treatments and four replications. We evaluated the following variables of plants, which include height (AP), height of the first bifurcation (AB), the stem circumference (CC), average crown projection (DC) and variables of leaves, which include leaf length (CL), leaf width (LL), leaf format (FF) and petiole length (CP). The heritability coefficients ranged from 87.66 % to 25.16% and the coefficients of genetic variation ranged from 45% and 7%, similar to other wild species of the Cerrado. Parameter estimates suggest modest responses to selection for plant variables and expressive responses for leaf variables.Key words: Eugenia dysenterica DC., genetic variability, conservation, domestication of wild species, fruit species.Caracterização genética de uma coleção de germoplasma de cagaiteira, uma espécie nativa do cerrado Resumo A cagaiteira é uma espécie frutífera comum no bioma Cerrado. A planta produz um fruto do tipo baga que é consumido in natura ou processado de várias formas. Em função do potencial produtivo da espécie, existe interesse na sua domesticação, para produção em larga escala. Para atender esse objetivo, a avaliação da variabilidade genética é fundamental para subsidiar programas de melhoramento e domesticação da espécie. Nesse sentido, o objetivo do trabalho foi estimar parâmetros genéticos quantitativos da coleção de germoplasma de Eugenia dysenterica DC., para disponibilizar informações que possam ser úteis em programas de melhoramento da espécie. O experimento foi montado no ano de 1998 em delineamento experimental de blocos completos ao acaso com 110 tratamentos e quatro repetições. Foram avaliadas as variáveis das plantas, que incluem a altura (AP), altura da primeira bifurcação (AB), circunferência do caule a 10 cm do solo (CC), projeção média da copa (DC) e variáveis das folhas, que incluem o comprimento do limbo (CL), largura do limbo (LL), formato das folhas (FF) e comprimento do pecíolo (CP). Os coeficientes de herdabilidade ao nível das médias variaram entre 87,66% e 25,16% e os coeficientes de variação genética entre 45% e 7%, valores próximos aos obtidos para outras espécies silvestres do Cerrado. As estimativas dos parâmetros sugerem respostas modestas à seleção para as variáveis das plantas e respostas expressivas, para as variáveis das folhas.Palavras-chave: Eugenia dysenterica DC., variabilidade genética, conservação, domes...

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Genetic structure and gene flow of Eugenia dysenterica natural populations

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Diversity and genetic structure of mangabeira (Hancornia speciosa Gomes), a fruit species from Cerrado

Diversity and genetic structure of mangabeira (Hancornia speciosa Gomes), a fruit species from Cerrado

Variabilidade genética do umbuzeiro no Semi-Árido brasileiro, por meio de marcadores AFLP

Caracterização genética de uma coleção de germoplasma de cagaiteira, uma espécie nativa do cerrado

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