Ekspresi mRNA BRLF1 Virus Epstein-Barr dari Biopsi Jaringan Tumor Formalin-Fixed Paraffin Embedeed sebagai Petanda Biologi Molekul Diagnosis Karsinoma Nasofaring

Abstract

Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is a malignant tumor that grows in the nasopharynx with a predilection in the fossa Rosenmuller. Epithelial malignancies are often found in populations of China and Southeast Asia, including Indonesia. The NPC incidence in year 2008 as many as 84,400 cases and 51,600 of these cases resulted in death. A total of 120 new cases per year NPC found in hospitals Prof. dr. Margono Soekarjo (RSMS), Purwokerto. The NPC is difficult to be diagnose caused its primary tumor lies closed to the skull base as well as various structures of vital organs. Therefore, methods that can detect early NPC required for inspection.The etiology of NPC is multifactorial consisting of genetic factors, factors of infection Epstein-Barr Virus (EBV) and environmental factors.EBV has two phases in the cycle of infection that is the phase of lytic and latent phase. BRLF1 has an important function as mediator transition from latent e NPC. The research aimed to analysis mRNA BRLF1 expression as a biomarker of NPC diagnosis by RT-PCR and to determine the positivity of RT-PCR method to detect the expression of mRNA BRLF1. The research design was cross sectional study. Samples were FFPE tumor biopsy of NPC WHO III and the total samples were 22 individu from Department of Pathology Anatomy, Prof. Dr. Margono SoekarjoHospital, Purwokerto with informed consent. The positivity of mRNA BRLF1 from FFPE tumor biopsy of NPC WHO III was in 63.6%indicating a high expression.. Keywords: mRNA BRLF1, Epstein-Barr Virus, FFPE, Nasopharyngeal Carcinoma AbstrakKarsinoma Nasofaring (KNF) adalah tumor ganas yang tumbuh di nasofaring dengan predileksi pada fosa Rosenmuller. Keganasan epitel sering ditemukan pada populasi Cina dan Asia Tenggara, termasuk Indonesia. Kejadian KNF di tahun 2008 sebanyak 84.400 kasus dan 51.600 kasus ini mengakibatkan kematian. Sebanyak 120 kasus baru per tahun KNF ditemukan di RSUD dr. Dr. Margono Soekarjo (RSMS), Purwokerto. KNF sulit untuk didiagnosis karena tumor utamanya terletak dekat dengan dasar tengkorak serta berbagai struktur organ vital. Oleh karena itu, metode yang dapat mendeteksi KNF awal diperlukan untuk pemeriksaan. Etiologi KNF bersifat multifaktorial yang terdiri dari faktor genetik, faktor infeksi Virus Epstein-Barr (EBV) dan faktor lingkungan. EBV memiliki dua fase dalam siklus infeksi yaitu fase fase litik dan laten. BRLF1 memiliki fungsi penting sebagai mediator transisi dari laten ke fase litik. Ekspresi mRNA BRLF1 yang dilakukan dengan metode RT-PCR dapat digunakan untuk mendukung diagnosis KNF, sehingga metode ini dapat meningkatkan efisiensi pemeriksaan KNF. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis ekspresi mRNA BRLF1 sebagai biomarka diagnosis KNF dengan teknik RT-PCR dan untuk mengetahui sensitivitas metode RT-PCR untuk mendeteksi ekspresi mRNA BRLF1. Desain penelitiannya adalah penelitian cross sectional. Sampel adalah biopsi tumor FFPE dari pasien KNF WHO III dan total sampel adalah 22 individu pada Departmen Patologi Anatomi, Rumah Sakit Prof. Dr. Margono Soekarjo, Pu...

Deteksi Molekuler Virus Chikungunya pada Nyamuk Aedes aegypti Menggunakan Metode Two Step RT PCR

“…Deteksi ini dapat dilakukan dengan berbagai metode, salah satunya Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) (Macedo, et al, 2013). Hal ini diperkuat pada penelitian sebelumnya oleh Herkilini, et al (2017) Selanjutnya ditambahkan 5000 µl Wash Buffer dan disentrifuse selama 1 menit pada 6800x g, lalu filtrat dan collection tube dibuang, kemudian dipasangkan viral spin column pada wash tube baru. Selanjutnya ditambahkan lagi 500 µl Wash Buffer dan disentrifuse selama 1 menit pada 6800x g, filtrat dan collection tube dibuang, kemudian dipasangkan viral spin column pada wash tube baru, filtrat dibuang dan disentrifuse kembali selama 1 menit pada kecepatan maksimum (13000x g).…”

“…cDNA adalah DNA yang dibuat berdasarkan sekuen mRNA. Pembuatan cDNA melalui pemanfaatan enzim reverse transcriptase yang melakukan sintesis DNA dari template RNA (Herkilini et al, 2017).…”