O artigo examina o uso de estratégias judiciais nas lutas contra os transgênicos no Brasil. O objetivo é entender os mecanismos que levam essas organizações a buscarem no judiciário uma forma de influenciar em decisões políticas. Argumentamos que a constituição deste tipo de estratégia deve entendida a partir da observação das razões que levam organizações a recorrerem à ação judicial. Nesse sentido analisamos que em certos aspectos o apelo ao judiciário revela uma limitação das possibilidades de entendimento via espaços de participação e deliberação. Além disso, evidenciamos que o litígio estratégico, nesse conflito, ocorre de formas distintas: por um lado, refere-se ao conteúdo da questão proposta judicialmente e, por outro, à preservação do espaço de participação e atuação das organizações.