Diferenciação genética entre procedências de açaizeiro por marcadores RAPD e SSR

Abstract

RESUMO -Diferenciação genética refere-se à distribuição da variabilidade entre e dentro de populações, procedências ou outros tipos de agrupamentos. Seu conhecimento é importante para estabelecer estratégias de coleta, conservação e manejo de germoplasma de qualquer espécie. Neste trabalho, avaliou-se a diferenciação genética entre procedências de açaizeiro que compõem a coleção da Embrapa Amazônia Oriental, por meio de marcadores RAPD e SSR. Para tanto, foram utilizados DNAs de 107 acessos, representantes de 17 regiões geográficas diferentes e utilizados em PCR com 28 primers RAPD e sete primers SSR. Os dados foram submetidos à análise de variância molecular (AMOVA) com estrutura hierárquica desbalanceada. Altos níveis de diferenciação genética foram registrados entre procedências, com 0,301 para o marcador dominante e 0,242 para o co-dominante. Para os dois marcadores, a AMOVA apresentou grande variabilidade dentro das procedências (acima de 69%). O pequeno tamanho amostral das procedências do Maranhão pode ter contribuído para a diferenciação significativa entre procedências. Os dados obtidos por esses marcadores foram concordantes quanto à distribuição da variação genética entre e dentro de procedências dessa palmeira. Termos para indexação: Amazônia, germoplasma, Euterpe, palmeira,variação genética. GENETIC DIFFERENTIATION IN PROVENANCES OF AÇAÍ TREE BY RAPD AND SSR MARKERSABSTRACT -Genetic differentiation refers to the distribution of the variability among and within populations, provenances or other grouping types. This knowledge is important to establish collection strategies, conservation and germplasm management of any species. In this work, the genetic differentiation was evaluated among provenances of açaí tree from Embrapa Eastern Amazon germplasm collection using RAPD and SSR markers. DNAs of 107 accessions, representing 17 different geographic regions were used in PCR reactions with 28 RAPD primers and seven SSR primers. The obtained data was submitted to analyses of molecular variance (AMOVA) with unbalanced hierarchical structure. High levels of genetic differentiation were registered among provenances, with 0.301 for the dominant marker (RAPD) and 0.242 for the codominante (SSR). For the two markers, AMOVA showed a great variability within the provenances (above 69%). The small sampling size of Maranhão provenances might have contributed to the significant differentiation among these provenances. The data obtained by these markers were in agreement with in what concerns the distribution of the genetic variation among and within the provenances of this palm tree. Index terms: Amazon, Germplasm, Euterpe, Palm, Genetic variation. INTRODUÇÃOA diferenciação genética refere-se à distribuição da variabilidade entre e dentro de populações e subpopulações naturais, procedências ou outros tipos de agrupamentos, onde os alelos e os genótipos ocorrem de maneira heterogênea no espaço e no tempo, isto é, resultado da ação de forças evolutivas que atuam dentro do contexto de cada espécie (Hamrick, 1982). Ess...

Genetic diversity in natural populations of Buriti (Mauritia flexuosa L. f.)

“…In Euterpe edulis, there was 57.4 % of diversity within populations (Cardoso et al 2000); in M. urundeuva this value was 83.8 % (Freitas et al 2005); in Eremanthus erythropappus 79 % (Estopa et al 2006) and in one açai species of the genus Euterpe, Oliveira and Silva (2008) found a variability of 75.85 % for dominant markers, RAPD and 69.88 % for co-dominant SSR markers.…”

<b>Genetic dissimilarity among sweet potato genotypes using morphological and molecular descriptors

“…In addition, due to their high polymorphism rate, codominant inheritance and multiallelic nature, SSR markers are highly reproducibility and require small amounts of DNA (Oliveira, Pádua, Zucchi, Vencovsky, & Vieira, 2006;Oliveira & Silva, 2008). Several studies with sweet potato culture using SSR markers have observed high genetic diversity among accessions, including Veasey et al (2008) and Koussao et al (2014).…”

Genetic diversity in a germplasm bank of Oenocarpus mapora (Arecaceae)

“…Other Neotropical palm species with an allogamous habit show relatively low values for within genetic variation, such as 57.4% for E. edulis (Cardoso et al, 2000) and 75.85% for E. oleracea (Oliveira and Silva, 2008). The high differentiation between the sample places of O. mapora may be related to the limited distances covered by beetles, their natural pollinators (Kuchmeister et al, 1998;Couturier et al, 2002).…”

“…However, these markers can generate enough polymorphism to estimate the levels of genetic variation in the populations evaluated. Analysis of molecular variance (AMOVA) procedure allows us to determine the distribution of genetic variation within and between different types of groups, such as natural populations, and has been substantially applied in studies of plants with dominant markers (Rodrigues et al, 2004;Oliveira and Silva, 2008;Gomes et al, 2011). Although the use of RAPD has been criticized (Jones et al, 1997), information generated by theses markers has been confirmed by other more refined techniques.…”