INTRODUÇÃO: A doença causada pelo Novo Coronavírus (SARS-CoV-2), gerou um fluxo crescente de pacientes infectados que necessitaram de atenção especializada em terapia intensiva, impactando sobremaneira o Sistema de Saúde, repercutindo de forma direta na experiência de Fisioterapeutas Intensivistas, profissionais fundamentais nessa assistência. OBJETIVO: Verificar modificações na prática clínica do fisioterapeuta intensivista durante a Pandemia de COVID-19 e identificar desafios enfrentados durante assistência aos pacientes infectados. MATERIAIS E MÉTODOS: Trata-se de um estudo de campo, exploratório, transversal e quantitativo, realizado de fevereiro a abril de 2021, com fisioterapeutas intensivistas de dois hospitais públicos (um municipal e outro estadual) da cidade de Fortaleza. Foi realizado um cálculo do fluxo de fisioterapeutas atuantes nessas unidades, estimando-se uma amostra de 71 profissionais para compor o estudo. Participaram da pesquisa os Fisioterapeutas Intensivistas que realizaram assistência a pacientes com COVID-19 e que possuíam vínculo com os referidos hospitais. Foram excluídos os fisioterapeutas na função de residentes, estagiários e preceptores presentes. Para coleta de dados utilizou-se formulário on-line viabilizado pela plataforma Google Forms, composto por perguntas objetivas relacionadas aos dados do profissional, infecção destes por COVID-19, presença de fatores de risco, modificações na prática clínica durante assistência, desafios enfrentados, situações vivenciadas e segurança durante atendimento ao paciente crítico com COVID-19. Os dados foram tabulados através do Software Statistical Package for the Social Sciences (SPSS), versão 20.0. Utilizou-se estatística descritiva com frequências absolutas e relativas. RESULTADOS: Participaram do estudo 59 fisioterapeutas intensivistas atuantes na linha de frente contra a COVID-19; destes, 40,6% foram infectados pelo vírus SARS-CoV-2. As principais modificações relatadas foram melhora no manejo da ventilação mecânica (86,4%) e melhor integração com equipe multidisciplinar (62,7%). Dentre os desafios enfrentados durante a assistência, o contexto completamente novo (89,9%) e o testemunho de experiências dolorosas de pacientes (76,3%) foram os mais marcantes. CONCLUSÃO: A pandemia proporcionou aos fisioterapeutas intensivistas novos desafios e modificações na prática clínica, requerendo atualização, implantação de novas práticas e maior interação em equipe multidisciplinar