INovas características para diferenciação de cultivares de soja pela análise discriminante New traits for differentiation of soybeans using discriminant analysis

INovas características para diferenciação de cultivares de soja pela análise discriminante New traits for differentiation of soybeans using discriminant analysis

ABSTRACT:The domestic dog (Canis familiaris) is the species of greatest morphological diversity among mammals. Seventy-four Labrador Retriever dogs-27 males and 47 females -were used in this experiment. Thirty quantitative biometric characteristics, related to morphology were measured. The objective of this study was to evaluate the morphometric traits of the Labrador Retriever breed to establish descriptive biometric attributes that may show sexual dimorphism through principal component analysis (PCA) and discriminant analysis (DA). The PCA was processed using all the variables and performing a pre-selection of the most correlated variables. The DA was performed for the 30 variables and also for the five most correlated variables with the first component (CP1), in order to classify new individuals. The PCA was able to identify sexual dimorphism in size, with both the 30 original variables as with the preselected variables, the latter optimized the reduction to two principal components. The DA was able to discriminate the two populations, both for 30 variables as for the five variables most correlated with the CP1. The functions with five variables can be used to classify other purebred dogs for sex, with an error of about 6.75%.

RESUMO -Foram simulados diferentes tamanhos populacionais para estimar os valores fenotípicos na seleção assistida por marcadores para características quantitativas com valores de herdabilidade de 0,10; 0,40 e 0,70. Procedeu-se à análise de agrupamento com os desempenhos fenotípicos, cuja finalidade foi obter estruturas de classificação entre as amostras visando à otimização na detecção de QTL. O sistema de simulação genética (Genesys) foi utilizado para a simulação de três genomas (cada qual com uma única característica cuja distinção estava no valor da herdabilidade) e das populações base e inicial. Cada população inicial foi submetida à seleção assistida por marcadores por 20 gerações consecutivas, em que os genitores selecionados acasalavam-se seletivamente, entre os melhores e os piores. Essa estratégia seletiva de acasalamento mostrou-se eficiente na redução do número de indivíduos requeridos em uma população para mapeamento de QTL. À medida que aumenta a magnitude da herdabilidade, menores tamanhos populacionais são exigidos para manter similaridades nos incrementos

RESUMO -Utilizaram-se diferentes níveis de significância genômica na seleção assistida por marcadores para estimar o valor fenotípico, o número de marcadores usados na seleção e a porcentagem de alelos favoráveis e desfavoráveis fixados em uma característica quantitativa. Uma comparação entre os níveis de 0,5; 1; 2; 4; 6; 8; 10; 12; 14; 16; 18 e 20% foi realizada por meio do sistema computacional de simulação genética (GENESYS), utilizado na simulação de um genoma constituído de um caráter quantitativo de herdabilidade igual a 0,20. A partir da população inicial, procederam-se à avaliação dos doze níveis de significância, via seleção assistida por marcadores, por meio dos valores fenotípicos obtidos durante dez gerações. Aplicou-se o método de agrupamento por ligação composta adotando a distância Euclideana média como medida de dissimilaridade entre as significâncias genômicas. Há similaridade nos valores fenotípicos obtidos com os níveis de significância de 4 e 16%, que são superiores aos altamente significativos (0,5 a 2%) e aos extremamente sugestivos (18 e 20%), em razão dos ganhos fenotípicos obtidos ao longo das gerações sob seleção.Palavras-chave: análise multivariada, seleção assistida por marcadores, significância genômica, simulação Levels of significance on the identification of molecular markers in genomic mappingABSTRACT -Different levels of genomic significance were used in assisted selection by markers to estimate the phenotypic value, the number of markers used in the selection and the percentage of favorable and unfavorable alleles fixed in a quantitative characteristic. A comparison among the levels 0.5; 1; 2; 4; 6; 8; 10; 12; 14; 16; 18 and 20 was done by using the computer system of gene simulation (GENESYS), used for simulation of a genome consisted of a quantitative character with heritability equal to 0.20. From the initial population, the evaluation of the twelve levels of significance by selection assisted by markers was carried out using the phenotypic values obtained for 10 generations. The cluster method by composite link was applied by using the average Euclidean distance as dissimilarity measure among the genomic significances. There are similarities among the phenotypic values obtained with significance levels from 4 to 16%, which are superior to the highly significant (from 0.5 to 2%) and to the extremely suggestive levels (18 and 20%), because of the phenotypic gains obtained over generations under selections.Key Words: genomic significance, multivariate analysis, selection assisted by markers, simulation Revista Brasileira de Zootecnia IntroduçãoO melhoramento genético molecular visa integrar as metodologias e técnicas empregadas no melhoramento genético tradicional com as tecnologias e estratégias da biologia molecular (Dekkers & Hospital, 2002). Recentemente, passou a considerar e a utilizar diferentes ferramentas, também disponibilizadas pela ciência genômica (Borém et al., 2003).Os marcadores moleculares são sequências de DNA que podem ser identificadas e mapeadas e são uti...

ABSTRACT. This study aimed to verify the effect of age of dam on the performance of male and female Nellore calves, using the following variables: average daily gain (ADG), adjusted weight for 205 days of age (W205), and number of days to reach 160 kg (D160). Information were collected from a commercial herd consisting of 1,122 calves and 1,009 heifers and their mothers. To classify animals with similar performance based on the cows' calving orders (age of dam), the multivariate cluster analysis was adopted through the complete linkage hierarchical method. The best performance was observed in the calves of cows in their sixth calving at most; for heifers, the best performance was seen in those born to cows in their eighth calving at most. Cows in their eighth calving should be discarded.Keywords: average daily gain, cluster analysis, cow age, number of days to reach 160 kg, weaning weight.Ordem de parto da matriz sobre o desempenho de bezerros da raça Nelore RESUMO. Objetivou-se com este estudo verificar o efeito da idade da vaca sobre o desempenho de bezerros e bezerras da raça Nelore, utilizando-se as variáveis ganho médio diário (GMD), peso ajustado para os 205 dias de idade (P205) e o número de dias para atingir 160 kg (D160). Foram coletadas informações de um rebanho comercial composto por 1.122 bezerros e 1.009 bezerras e suas respectivas mães. Para classificar os animais com desempenhos similares em função das ordens de parto (idade) das vacas, utilizou-se a análise multivariada de agrupamento, por meio do método hierárquico de ligação completa. O melhor desempenho é observado em bezerros filhos das vacas de até sexto parto. Para as bezerras o maior desempenho é verificado em filhas das matrizes de até oito partos. Vacas de no máximo oito partos devem ser descartadas.Palavras-chave: análise de agrupamento, ganho médio diário, idade da vaca, número de dias para atingir 160 kg, peso ao desmame.

RESUMOForam utilizados diferentes níveis de significância genômica na seleção assistida por marcadores para estimar a endogamia média e o limite de seleção, assim como os valores fenotípicos, em características quantitativas de baixa, média e alta herdabilidade. Uma comparação entre os níveis de 1%, 5%, 10% e 20% foi realizada por meio do sistema computacional de simulação genética (GENESYS), utilizado para a simulação de três genomas (cada qual constituído de um único caráter de baixa, média ou alta herdabilidade), e das populações base e inicial. Os resultados indicaram superioridade dos níveis de significância de maior magnitude (10% e 20%) com relação aos valores fenotípicos, resultante de menor média endogâmica, além de menor limite de seleção ao longo das gerações sob seleção para estes níveis. Estes resultados foram observados para todas as três características, embora de forma mais expressiva para o caráter de baixa herdabilidade. Assim, apesar de os níveis de 1% e 5% apresentarem maior precisão na detecção de marcadores ligados a quantitative trait loci (QTL), eles conduzem a maiores médias endogâmicas e limite de seleção, propiciando ganhos fenotípicos menores.

Cluster analysis of different marker densities in genetic mapping using genome scanSimulation has contributed to the advancement of genomics in the different areas of genetic improvement. Genetic mappings were simulated using different densities of genetic markers to estimate phenotypic values of quantitative traits with heritabilities of 0.10; 0.40 and 0.70 in marker assisted selection (MAS). Cluster analysis with phenotypic performances was carried out to generate classification structures among the densities aiming to optimize QTL detection . The genetic simulation system (Genesys) was used to simulate three genomes (each consisting of a single characteristic differing in the heritability value) and the base and original populations. Each initial population was subjected to selection assisted by markers for 20 consecutive generations, in which selected parents mated selectively, between best and worst. The mapping using medium to high marker density showed efficiency in the phenotypic progress