The complete genome sequence of a bipartite begomovirus (genus Begomovirus, family Geminiviridae) infecting yellow passion fruit (Passiflora edulis) in the state of Valle del Cauca (Colombia) has been determined. The complete DNA-A and DNA-B components were determined to be 2600 and 2572 nt in length, respectively. The DNA-A showed the highest nucleotide sequence identity (87.2 %) to bean dwarf mosaic virus (M88179), a begomovirus found in common bean crops in Colombia, and only 77.4 % identity to passion fruit severe leaf distortion virus (FJ972767), a begomovirus identified infecting passion fruit in Brazil. Based on its sequence identity to all other begomoviruses known to date and in accordance with the ICTV species demarcation criterion for the genus Begomovirus (≥91 % sequence identity for the complete DNA-A), the name passion fruit leaf distortion virus is proposed for this new begomovirus. To our knowledge, this is the first report of a bipartite begomovirus affecting passion fruit in Colombia and the second report of a geminivirus affecting this crop worldwide.
A new begomovirus infecting Croton hirtus (Euphorbiaceae) from Colombia has been characterized. The complete DNA-A and DNA-B components were determined to be 2613 and 2551 nt in length, respectively, showing the typical genome organization of bipartite New World begomoviruses. DNA-A showed the highest nucleotide sequence identity (81.2%) to sida yellow mottle virus (JN411687), a begomovirus isolated from Sida rhombifolia in Cuba. Based on the current ICTV species demarcation criterion for the genus Begomovirus, we report a new member of this genus infecting C. hirtus. We propose that it be named Croton golden mosaic virus (CroGMV), based on the symptoms observed in the weed. Phylogenetic analysis revealed that CroGMV segregates into a single clade and has some relationship with viruses from Central America and the Caribbean. CroGMV is the first Croton-infecting bipartite begomovirus reported in the world.
Los begomovirus (virus de plantas de DNA de cadena sencilla) son la principal amenaza para los cultivos que crecen en áreas subtropicales y tropicales de todo el mundo. Hay muchos estudios que han demostrado que los begomovirus evolucionan por mecanismos de intercambio genético, que ocurren en hospedadores alternativos como las malezas. Las malezas están ampliamente distribuidas en todo el mundo y tienen una alta adaptabilidad ambiental. El objetivo de este trabajo fue identificar nuevos hospederos alternos de begomovirus en malezas asociadas con cultivos de aji que crecen en el Valle del Cauca. Malezas con y sin síntomas virales alrededor de cultivos de aji ubicados en los municipios de Zarzal, Vijes, Toro, Unión, Roldanillo y Guacarí fueron colectadas; Se realizó una identificación taxonómica en el Herbario de la Universidad Nacional de Colombia, Josep Cuatrecasas Arumí.La detección de begomovirus se realizó mediante PCR utilizando cebadores universales que amplifican 400 pb, correspondientes a un fragmento del gen AR1 (CP) del componente A. Se recolectaron 179 malezas y en 13 de ellas (Sida acuta, Malvastrum sp, Rivina humilis, Acalypha sp, Parthenium hysterophorus, Euphorbia hirta, Rhynchosia minima) se detectó la presencia de begomovirus. Para malezas como Sida acuta y Acalypha sp, este es el primer informe como hospedero alterno de begomovirus en Colombia, América Latina y el Caribe. Este resultado permite conocer nuevas familias como hospederas de begomovirus y también para confirmar la presencia de begomovirus en otras malezas donde se detectaron previamente en el Valle del Cauca. Existe una necesidad apremiante de obtener información adicional relacionada con la diversidad y la distribución de malezas como hospederos de begomovirus, con el fin de descubrir no solo el control del virus, sino también evitar la propagación del begomovirus de las malezas a los cultivos con interés económico.
The chili pepper (Capsicum spp. L.) is a vegetable of economic importance that has been affected worldwide by the cucumber mosaic virus (CMV), a pathogen that causes a devastating disease in this crop. The aim of this research was the detection and characterization of CMV in chili pepper crops in Valle del Cauca, Colombia. Leaves of three chili pepper varieties (tabasco, cayenne and habanero) with viral symptoms were collected in four municipalities of Valle del Cauca. Total RNA was purified and a fragment of capsid protein (CP) from CMV was amplified by RT‑PCR. Then, it was sequenced and bioinformatically analyzed, and from these sequences, specific primers were designed. From 71 chili pepper samples collected in Palmira, Yumbo, Vijes and Yotoco, 37 were positive for CMV (52.1%). The CMV chili pepper sequence analysis showed that they had their highest identity (98.5%) with a CMV isolated from bananas in Ecuador. Specific primers designed for CMV chili pepper showed greater sensitivity for detecting this virus (64.7% vs. 52.1%). The CMV chili pepper CP analysis indicated that it could be transmitted by the species Aphis gossypii. This r the first time, the molecular characterization of CMV in three chili pepper varieties.
Las arvenses son hospederos alternos de begomovirus (Geminiviridae), los cuales facilitan su persistencia y propagación a cultivos de interés agronómico, como el tomate. El objetivo de esta investigación fue obtener el genoma completo de un begomovirus bipartita encontrado en Amaranthus dubius, Rivina humilis, Rhynchosia minima, Desmodium sp. y Caesalpinia sp., las cuales fueron colectadas en cultivos de tomate en Ginebra y Cerrito, Valle del Cauca. El genoma del begomovirus fue obtenido utilizando amplificación por círculo rodante y digestión con las enzimas EcoRI y EcoRV, las cuáles cortan el componente genómico A y B, respectivamente. Estos fragmentos fueron clonados, secuenciados y analizados. Finalmente, se verificó la presencia de este begomovirus en todas las arvenses mediante PCR específico. Se obtuvieron tres clonas EcoRI y cinco clonas EcoRV. Los fragmentos que portan los componentes A y B presentan un tamaño de 2 584 y 2 543 nt, respectivamente. El análisis de secuencia de nucleótidos del genoma begomoviral A con otros begomovirus previamente reportados, mostró la mayor identidad (90,9 %) con el virus del mosaico dorado de Rhynchosia de Yucatán. Tomando como base el criterio de demarcación actual para las especies de Begomovirus establecido por el Comité Internacional de Taxonomía de Virus, el geminivirus aislado de las arvenses A. dubius, R. humilis, R. minima, Desmodium sp. y Caesalpinia sp., constituye una nueva especie begomoviral. Con base en la sintomatología observada en campo, se propone el nombre de Virus del mosaico dorado de Rhynchosia de Colombia para designar a esta nueva especie.
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