Molecular identification of a new begomovirus infecting yellow passion fruit (Passiflora edulis) in Colombia

Vaca-Vaca, Juan Carlos; Carrasco-Lozano, Emerson Clovis; López‐López, Karina

doi:10.1007/s00705-016-3098-y

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“…Meanwhile, a DNA fragment (FR-29-Lan) isolated from L. camara and one (FR-40.10-Des) isolated from Desmodium sp. showed the highest value of identity (99%) for PDLV (KT899302), a begomovirus that affects passion fruit crops in Valle del Cauca (Vaca-Vaca et al, 2017). FR-32.1-Am, a DNA fragment isolated from A. dubius, showed the highest value of identity (99%) for PYMV (JN604019), a begomovirus isolated from tomato crops in Valle del Cauca (Martínez et al, 2008;Vaca-Vaca et al, 2012).…”

Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

“…Research on bipartite begomoviruses in Colombia is still very limited. Right now in Colombia, there are five reported virus species: bean dwarf mosaic virus (BDMV) (Gilbertson et al, 1991), bean leaf crumple virus (BLCrV) (Carvajal-Yepes et al, 2017), potato yellow mosaic virus (PYMV) (Martínez et al, 2008;Vaca-Vaca et al, 2012), and passionfruit leaf distortion virus (PDLV) (Vaca-Vaca et al, 2017), which have been isolated from beans, tomato and passion fruit…”

mentioning

confidence: 99%

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Partial molecular characterization of begomoviruses isolated from weeds collected in tomato crops in the southeast of Valle del Cauca, Colombia

Vaca-Vaca¹,

Jara-Tejada²,

López‐López³

2020

Rev. Colomb. Cienc. Hortic.

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Weeds are usually considered as a source of new viruses but are often neglected during diversity studies. Previously eleven samples of weeds were collected along the edges of a tomato crop field located in four municipalities (Florida, Ginebra, Cerrito and Candelaria) in the Southeast of Valle del Cauca. These samples were positive for begomoviruses but their molecular characterization had not been done until now. For each sample, DNA fragments were cloned, sequenced and analyzed. Nucleotide sequence analysis of viral fragments showed the presence of six different begomoviruses: two virus isolated from Lantana camara, Desmodium sp. and Amaranthus dubius were previously described as potato yellow mosaic virus (PYMV) and passionfruit leaf distortion virus (PLDV), respectively; other four virus which were isolated from L. camara, A. dubius, Rivina humilis, Desmodium sp., Rhynchosia minima, Hybanthus attenuatus, Verbena sp., Croton hirtus and Caesalpinia sp., showed its highest nucleotide sequence identity (89%) with bean chlorotic mosaic virus (BChMV), datura leaf distortion virus (DaLDV) and rhynchosia golden mosaic Yucatan virus (RhGMYV). Cloned viruses fragments from these weeds could be new begomoviruses not previously reported before, this in accordance with the ICTV species demarcation criterion for the genus Begomovirus (≥91 % sequence identity). Mixed infections of begomoviruses in Desmodium sp. and A. dubius weeds also was found in this analysis. Finally, this paper reports by the first time to three alternative begomoviruses weeds hosts that infect tomato and passion fruit crops: A. dubius for PYMV, and L. camara and Desmodium sp. for PLDV, respectively.

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Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

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confidence: 99%

Partial molecular characterization of begomoviruses isolated from weeds collected in tomato crops in the southeast of Valle del Cauca, Colombia

Vaca-Vaca¹,

Jara-Tejada²,

López‐López³

2020

Rev. Colomb. Cienc. Hortic.

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“…zonas productoras de esta solanácea en Colombia (Valle, Región cafetera, Cundinamarca, Santander y Antioquia). Y recientemente, Vaca-Vaca et al, (2017) reportaron el virus de la distorsión de la hoja de maracuyá (Passionfruit leaf distortion virus, PLDV), un nuevo begomovirus infectando maracuyá en el Valle del Cauca.…”

Section: Resultados Y Discusiónunclassified

“…Estas secuencias fueron depositadas en la base de datos de GenBank con los siguientes números de accesión: MG888725, para el begomovirus de Piles, Palmira y MG888726, para el begomovirus de Vijes. El análisis de secuencia de nucleótidos en el software SDT (Tabla 2), mostró que los begomovirus aislados en Vijes y Palmira comparten la identidad más alta (87 % y 86 %) con el virus de la distorsión de la hoja de maracuyá (PLDV, número de accesión NC_031764), un begomovirus aislado de maracuyá (Passiflora edulis) en Valle del Cauca (Vaca-Vaca et al, 2017); así como un bajo porcentaje de identidad (76,9 % y 76,7 %) con el virus de la hoja enrollada del chile (PepLRV, KC769819), un begomovirus detectado afectando el cultivo de ají (Capsicum baccatum var. Pendulumen) en Perú (Martínez et al, 2013).…”

Section: Caracterización Molecular De Begomovirus Detectados En Ají Eunclassified

“…Estas dos barreras ecológicas generaron para los begomovirus de Colombia un escenario único para evolucionar y especiarse bajo condiciones de selección diferentes a las que pudieron estar sometidos los geminivirus que afectan ají en Perú y México. Sustentan esta afirmación los resultados previamente reportados por Vaca-Vaca et al, (2017), quienes caracterizaron un begomovirus nuevo aislado de maracuyá (PLDV) en Valle del Cauca, el cual se agrupó en un clado independiente del begomovirus que infecta este cultivo en Brasil.…”

Section: Caracterización Molecular De Begomovirus Detectados En Ají Eunclassified

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Primer reporte de begomovirus infectando cultivos de ají (<i>Capsicum</i> spp.) en Colombia

Vaca-Vaca¹,

Morales-Euse²,

Rivera-Toro³

et al. 2019

Acta biol. Colomb.

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Virus del género Begomovirus infectan cultivos de importancia económica en todo el mundo, incluyendo ají. A la fecha, en Colombia no hay reportes de la presencia de begomovirus infectando este cultivo, por lo que el objetivo de esta investigación fue identificar la presencia de virus de este género en ají empleando estrategias moleculares. Se colectaron 197 muestras de ají en diez municipios del Valle del Cauca. Se extrajo el DNA genómico total vegetal y mediante PCR se detectó la presencia de begomovirus. Para establecer la identidad molecular del virus se amplificaron fragmentos de 1,4 kb de muestras colectadas en Palmira y Vijes. Los fragmentos fueron clonados, secuenciados y analizados. Se encontró que el 85,7 % de las muestras de ají evaluadas fueron positivas para begomovirus. Los análisis de secuencia de los fragmentos virales de 1,4 kb arrojaron una identidad de 91,8 % entre ellos y los de secuencia de nucleótidos de los virus aislados en Vijes y Palmira mostró que éstos presentan los valores de identidad más altos (87,2 % y 86,6 %) con el virus de la distorsión de la hoja de maracuyá, un begomovirus aislado de maracuyá en Colombia. Estos análisis estarían indicando que este begomovirus aislado de ají podría ser una nueva especie. De acuerdo con la literatura, este es el primer reporte de un begomovirus infectando cultivos de ají en Colombia.Virus del género Begomovirus infectan cultivos de importancia económica en todo el mundo, incluyendo ají. A la fecha, en Colombia no hay reportes de la presencia de begomovirus infectando este cultivo, por lo que el objetivo de esta investigación fue identificar la presencia de virus de este género en ají empleando estrategias moleculares. Se colectaron 197 muestras de ají en diez municipios del Valle del Cauca. Se extrajo el DNA genómico total vegetal y mediante PCR se detectó la presencia de begomovirus. Para establecer la identidad molecular del virus se amplificaron fragmentos de 1,4 kb de muestras colectadas en Palmira y Vijes. Los fragmentos fueron clonados, secuenciados y analizados. Se encontró que el 85,7 % de las muestras de ají evaluadas fueron positivas para begomovirus. Los análisis de secuencia de los fragmentos virales de 1,4 kb arrojaron una identidad de 91,8 % entre ellos y los de secuencia de nucleótidos de los virus aislados en Vijes y Palmira mostró que éstos presentan los valores de identidad más altos (87,2 % y 86,6 %) con el virus de la distorsión de la hoja de maracuyá, un begomovirus aislado de maracuyá en Colombia. Estos análisis estarían indicando que este begomovirus aislado de ají podría ser una nueva especie. De acuerdo con la literatura, este es el primer reporte de un begomovirus infectando cultivos de ají en Colombia.

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Passiflora edulis (Maracuja, Passion fruit)

Sastry

Mandal

Scott

et al. 2019

Encyclopedia of Plant Viruses and Viroids

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Molecular identification of a new begomovirus infecting yellow passion fruit (Passiflora edulis) in Colombia

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Partial molecular characterization of begomoviruses isolated from weeds collected in tomato crops in the southeast of Valle del Cauca, Colombia

Partial molecular characterization of begomoviruses isolated from weeds collected in tomato crops in the southeast of Valle del Cauca, Colombia

Primer reporte de begomovirus infectando cultivos de ají (<i>Capsicum</i> spp.) en Colombia

Passiflora edulis (Maracuja, Passion fruit)

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