ABSTRAK.Carnation mottle virus (CarMV) merupakan virus penting pada tanaman anyelir di dunia, termasuk di Indonesia. Deteksi virus yang mudah dan cepat, diperlukan untuk memantau tanaman induk anyelir bebas virus. Tujuan penelitian adalah mengevaluasi tiga metode preparasi RNA total yang mudah dan cepat dari tanaman anyelir sebagai template one step RT-PCR. Sumber RNA total berasal dari daun dan batang anyelir yang terinfeksi CarMV. Metode yang dievaluasi, yaitu simple direct method (SDT), simple extraction method (SEM), dan kit komersial sebagai pembanding. Optimasi dilakukan terhadap konsentrasi akhir primer (0,4 -1,0 µM) dan MgCl 2 (1,5 dan 2,0 mM). Metode SDT dan SEM berhasil mendapat RNA total dari sampel daun maupun batang. Hasil yang didapat dengan metode SDT dan SEM sebanding dengan kit komersial. One step RT-PCR RNA total yang digabungkan dengan metode SDT dan SEM menghasilkan intensitas DNA yang sebanding dengan kit komersial. RNA total dari daun sebagai sumber templat one step RT-PCR lebih baik dibandingkan batang. Preparasi RNA total dengan metode SDT dan SEM merupakan metode cepat, mudah, dan murah dalam menyediakan templat one step RT-PCR. Konsentrasi primer 0,4 µM dan MgCl 2 2 mM merupakan konsentrasi optimum dan mendapatkan hasil amplifikasi terbaik. Kata kunci: Carmovirus; Simple extraction method (SEM); Simple direct tube (SDT); One step RT-PCR ABSTRACT. Carnation mottle virus (CarMV) is an important virus on carnation plants in the world, including in Indonesia.A rapid and easy virus detection is necessary to monitor the source of virus free carnation mother plant. The aim of the research was to evaluate three methods of rapid and easy total RNA preparation from carnation plants as template of one step RT-PCR. The total RNA source is from the CarMV infected leaf and stem of carnations. The evaluated method namely simple direct method (SDT), simple extraction method (SEM), and commercial kit as comparison. Optimization was performed to a final concentration of premiere (0.4 -1.0 µM) and MgCl 2 (1.5 and 2.0 mM). SDT and SEM method successfully obtained a total RNA from both leaves and stems samples. The obtained success by the SDT and SEM methods were comparable with these of commercial kit. One step RT-PCR of total RNA combined with SDT and SEM methods produced DNA intensity comparable with commercial kits. Total RNA from leaves known to be the best source of one step RT-PCR template compared to these from stem. Total RNA preparation by SDT and SEM method is a method of quick, easy, and inexpensive to provide a template one step RT-PCR. Premiere and MgCl 2 concentration of 0.4 μM and 2 mM, respectively were optimum concentration and produced best amplification result.
<p><strong></strong><em>Chrysanthemum stunt viroid </em>(CSVd) merupakan salah satu viroid yang menginfeksi tanaman krisan di Indonesia. Tujuan penelitian ialah untuk mengembangkan metode deteksi CSVd secara molekuler dan mengkarakterisasi CSVd isolat Indonesia. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Institut Pertanian Bogor, dan Rumah Kaca serta Laboratorium Virologi, Balai Penelitian Tanaman Hias, Segunung, Cianjur, Jawa Barat, dari Bulan Mei 2007 sampai dengan Juni 2008. RNA total diekstraksi dari daun tanaman krisan yang dihasilkan di rumah kaca menggunakan <em>rneasy plant mini kits</em>. Genom CSVd diamplifikasi dengan pasangan primer 5’-CAACTGAAGCTTCAACGCCTT-3’ dan 5’-AGGATTACTCCT- GTCTCGCA-3’. Suatu fragmen dengan ukuran 250 bp mengindikasikan bahwa c-DNA CSVd berhasil diamplifikasi dari tanaman krisan sakit menggunakan teknik RT-PCR. Urutan cDNA dari salah satu CSVd isolat Indonesia berhasil ditemukan dengan urutan sebagai berikut: cttaggattactcctgtctcgcaggagtggggtcctaagcctcattcga ttgcgcg aatctcgtcgtgcacttcctccagggatttccccgggggataccctgtaag- gaacttcttcgcctcatttcttttaagcagcagggttcaggagtgcaccacaggaaccacaagtaagtcccgagggaacaaaactaaggttccacgggcttactccctagcccaggtag- gctaaagaagattggaa. Urutan basa-basa tersebut memiliki tingkat kesamaan yang tinggi dengan sekuen nukleotida isolat CSVd dari Jepang, Korea, India, dan Amerika.</p><p> </p>
Carnation has a highly economic demand of cut flower in Indonesia. Field observations in West Java Indonesia was conducted in order to find the typical mottle symptoms that was a suspect caused by a virus disease. Identification of the virus was respectively conducted by performing ELISA test with four anti sera and characterizations held by bioassay, observing of virion particles, detecting of nucleic acid by RT-PCR and nucleotide sequencing. Total of 403 samples were collected from plants with or no virus-like symptoms. Among those all tested, 83% were found to be infected by Carnation mottle virus (CarMV), but negatively against Carnation ringspot virus (CRSV), Carnation laten virus (CLV), and Carnation vein mottle virus (CVMV) antisera. By mechanical inoculation, the virus was able to infect systemically Cenopodium quinoa and locally infect on others. However on Phalaenopsis sp and Gomprena globosa, there was symptompless found. The isometric CarMV particles size was approximately 30 nm. RT-PCR using specific primers of CP gene of CarMV successfully amplified a DNA sized 1000 bp. CarMV West Java Indonesian (Idn-WJ) isolates possessed the highest nucleotide and amino acid homology with CarMV from Spain and was in the same cluster with CarMV from China, Taiwan and Israel.
Carnation mottle virus (CarMV) merupakan salah satu virus penting pada tanaman anyelir dan semua kultivar anyelir yang ditanam di Jawa Barat terinfeksi oleh virus ini. Penelitian bertujuan mendapatkan metode eliminasi CarMV yang efektif untuk membebaskan planlet anyelir dari virus. Inisiasi eksplant terinfeksi dilakukan pada media MSO dan perbanyakan planlet dilakukan pada media perbanyakan MS yang mengandung 1,0 ppm BA dan 0,5 ppm kinetin (MSZ). Metode eliminasi CarMV yang diuji terdiri atas perlakuan 2-thiourasil dan amantadin dengan konsentrasi masing-masing 0, 5, 10, 15, 20, 25, dan 30 ppm, dan ribavirin 5 ppm sebagai pembanding. Tunas apikal planlet ditanam pada media perlakuan (MSZA). Setelah tunas tumbuh, meristem terminal diambil 0,5 mm untuk ditanam pada media MSZ. Kultur meristem terminal dari planlet pada perlakuan 2- thiourasil menghasilkan planlet bebas virus sebesar 0 – 57%. Konsentrasi 2-thiourasil 25 ppm menghasilkan persentase planlet bebas virus tertinggi, namun perlakuan tersebut toksik pada tanaman. Perlakuan amantadin menghasilkan 25,0 – 54,55% planlet bebas virus. Di antara perlakuan yang diuji, perlakuan antiviral amantadin dengan konsentrasi 5 – 30 ppm lebih optimal menghasilkan planlet anyelir bebas CarMV dan tidak toksik terhadap tanaman. Perlakuan amantadin 5 – 20 ppm mampu menghambat virus lebih tinggi dibandingkan perlakuan 2-thiourasil pada konsentrasi yang sama. Amantadin 5 – 30 ppm menghasilkan tingkat penghambatan virus sebesar 42,94 – 59,57%, sedangkan 2-thiourasil sebesar -8,18 – 63,03%. Senyawa 2-thiourasil dan amantadin berpotensi sebagai agen antiviral untuk mendapatkan tanaman anyelir bebas CarMV.
Cymbidium mosaic virus (CymMV) dan tobacco mosaic virus strain orchid (TMV-O) merupakan dua virus yang paling penting pada tanaman anggrek di Indonesia dan di negara lain pengekspor anggrek. Infeksi kedua virus tersebut pada tanaman anggrek dapat menghambat pertumbuhan dan menurunkan hasil dan kualitas bunga. Sampai saat ini belum diketahui status penyebaran kedua virus utama tersebut di Indonesia. Penelitian bertujuan (a) mendapatkan data dan informasi status penyebaran CymMV dan TMV-O pada anggrek komersial di sentra-sentra produksi di Provinsi Banten, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, DI Yogyakarta, serta Bali dan (b) mendapatkan konsentrasi optimal senyawa antiviral ribavirin dalam eliminasi CymMV pada bahan perbanyakan tanaman anggrek Dendrobium. Sampel dikumpulkan dari perbenihan dan petani penganggrek di enam provinsi. Metode double antibody sandwich enzyme linked immuno sorbent assay (DAS ELISA) digunakan untuk deteksi virus dalam tiap sampel. Percobaan eliminasi virus dilaksanakan di Laboratorium Virologi, Balai Penelitian Tanaman Hias Segunung, Pacet, Cianjur dari Bulan Desember 2010 hingga April 2011. Tahap percobaan meliputi (a) perbanyakan protocorm like bodies (plbs) Dendrobium varietas Jayakarta yang terinfeksi CymMV pada media Vacin & Went cair dan (b) uji eliminasi CymMV dengan perlakuan antiviral ribavirin. Rancangan acak lengkap digunakan dalam uji eliminasi CymMV dengan perlakuan lima taraf konsentrasi ribavirin, yaitu 0, 10, 20, 30, 40, dan 50 ppm, dengan tiga ulangan. Hasil deteksi infeksi CymMV dan TMV-O dari sampel yang dikumpulkan dari 22 kabupaten/kota menunjukkan adanya keragaman persentase tanaman anggrek terinfeksi CymMV dan TMV-O. Infeksi CymMVdan TMV-O pada sampel masing-masing sebesar 0,00 –79,00% dan 4,00 – 97,92%. Sampel yang terinfeksi bersama oleh kedua virus tersebut ialah sebesar 0,00 – 62,00%. Insiden infeksi virus anggrek tersebut tampaknya bergantung pada jenis dan umur tanaman serta daerah pembudidayaan. Antiviral ribavirin cukup efektif untuk membebaskan infeksi CymMV pada plbs Dendrobium varietas Jayakarta. Konsentrasi optimum antiviral ribavirin yang dapat membebaskan 100% CymMV pada plbs ialah 30 ppm pada subkultur ketiga tanpa mengganggu pertumbuhannya. Pemanfaatan antiviral ribavirin untuk eliminasi CymMV pada plbs sangat penting dalam rangka pengadaan benih anggrek bebas virus, sehingga tanaman anggrek menghasilkan mutu bunga yang optimal sesuai dengan preferensi konsumen.
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.
hi@scite.ai
10624 S. Eastern Ave., Ste. A-614
Henderson, NV 89052, USA
Copyright © 2024 scite LLC. All rights reserved.
Made with 💙 for researchers
Part of the Research Solutions Family.