Deteksi dan Identifikasi Chrysanthemum Stunt Viroid pada Tanaman Krisan Menggunakan Teknik Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (Detection and Identification of Chrysanthemum Stunt Viroid on Chrysanthemum Using Reverse Transcriptase Polymerase

Abstract

<p><strong></strong><em>Chrysanthemum stunt viroid </em>(CSVd) merupakan salah satu viroid yang menginfeksi tanaman krisan di Indonesia. Tujuan penelitian ialah untuk mengembangkan metode deteksi CSVd secara molekuler dan mengkarakterisasi CSVd isolat Indonesia. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Institut Pertanian Bogor, dan Rumah Kaca serta Laboratorium Virologi, Balai Penelitian Tanaman Hias, Segunung, Cianjur, Jawa Barat, dari Bulan Mei 2007 sampai dengan Juni 2008. RNA total diekstraksi dari daun tanaman krisan yang dihasilkan di rumah kaca menggunakan <em>rneasy plant mini kits</em>. Genom CSVd diamplifikasi dengan pasangan primer 5’-CAACTGAAGCTTCAACGCCTT-3’ dan 5’-AGGATTACTCCT- GTCTCGCA-3’. Suatu fragmen dengan ukuran 250 bp mengindikasikan bahwa c-DNA CSVd berhasil diamplifikasi dari tanaman krisan sakit menggunakan teknik RT-PCR. Urutan cDNA dari salah satu CSVd isolat Indonesia berhasil ditemukan dengan urutan sebagai berikut: cttaggattactcctgtctcgcaggagtggggtcctaagcctcattcga ttgcgcg aatctcgtcgtgcacttcctccagggatttccccgggggataccctgtaag- gaacttcttcgcctcatttcttttaagcagcagggttcaggagtgcaccacaggaaccacaagtaagtcccgagggaacaaaactaaggttccacgggcttactccctagcccaggtag- gctaaagaagattggaa. Urutan basa-basa tersebut memiliki tingkat kesamaan yang tinggi dengan sekuen nukleotida isolat CSVd dari Jepang, Korea, India, dan Amerika.</p><p> </p>

Application of Low Temperature and Antiviral for Elimination of Chrysanthemum stunt viroid and Its Effect on the Growth of Shoot Tip Culture of Chrysanthemum

“…Chrysanthemum stunt viroid (CSVd) merupakan salah satu viroid yang menginfeksi tanaman krisan dan dilaporkan menjadi faktor pembatas dalam usaha produksi bunga potong krisan di dunia maupun di Indonesia (Palukaitis 2017;Temaja et al 2010;Diningsih et al 2013;Supakitthanakorn 2022). CSVd merupakan salah satu patogen penting pada tanaman krisan karena penularannya yang cepat dan dapat menyebabkan kerugian secara ekonomi (Osaka et al 2021).…”

“…Penularan CSVd terutama terjadi melalui materi perbanyakan vegetatif (stek) dan biji (Chung dan Pak 2008), tepung sari, vektor biologi (serangga dan cendawan), dan kerusakan mekanik (Hadidi et al 2022). Di Cianjur Jawa Barat, krisan yang terinfeksi CSVd menunjukkan gejala tanaman kerdil dan helaian daun yang pucat (Diningsih et al 2013).…”

“…Konfirmasi status CSVd dalam jaringan tanaman bahan uji dilakukan dengan teknik RT-PCR mengikuti protokol Diningsih et al (2013). Sampel daun tanaman ditimbang masing-masing sebanyak 0.1 g dan disimpan pada ruang penyimpanan yang bersuhu -20 ℃ sampai akan digunakan.…”

“…Sebanyak 50 µL RNA total yang diperoleh disimpan di ruang penyimpanan pada suhu -20 ℃ sampai akan digunakan. Sintesis dan amplifikasi cDNA CSVd mengacu pada Diningsih et al (2013). Produk hasil amplifikasi dielektroforesis dalam gel agarosa 1% dalam ½× TBE yang mengandung pewarna DNA (SmoBio, Taiwan) dengan konsentrasi 1 µL per 10 mL larutan gel.…”