The aim of this work was to determine current cagA gene EPIYA motifs present in Colombian Helicobacter pylori isolates using a fast and reliable molecular test. DNA from eightyfive Helicobacter pylori-cagA positive strains were analyzed. Strains were obtained from patients diagnosed with functional dyspepsia at Clínica Fundadores in Bogotá. The 3' region of the cagA gene was amplified through conventional Polymerase Chain Reaction (PCR). Obtained amplicons were sequenced using the Sanger method and analyzed with bioinformatics tools. Additionally, a significant Spearman correlation coefficient was determined between the patients' age and the number of EPIYA-C repeats; with p values < 0.05 considered significant. Estimates were obtained using a 95% CI. The 3´variable region of the cagA gene was amplified and PCR products of the following sizes corresponded to the following EPIYA motifs: 400 bp: EPIYA AB, 500 bp: EPIYA ABC, 600 bp: EPIYA ABCC and 700 bp: ABCCC. A single PCR band was observed for 58 out of 85 Helicobacter pylori isolates, with an EPIYA distribution motif as follows: 7/85 AB (8.2%), 34/85 ABC (40%), 26/85 ABCC (30.6%) and 18/85 ABCCC (21.2%). However, in 27 out of 85 Helicobacter pylori isolates, two or more bands were observed, where the most predominant cagA genotype were ABC-ABCC (26%, 7/27) and ABCC-ABCCC (22.2%, 6/27). A direct proportionality between the number of EPIYA-C repeats and an increase in the patients' age was observed, finding a greater number of EPIYA ABCC and ABCCC repeats in the population over 50 years old. All isolates were of the Western cagA type and 51.8% of them were found to have multiple EPIYA-C repeats. These standardized molecular test allowed to identify the number of EPIYA C motifs based on band size.

No abstract

In this study , we aimed to determine the current circulation of cagA gene EPIYA motifs present in Colombian Helicobacter pylori isolates using a rapid molecular test. The cagA gene 3' region was amplified through conventional Polymerase Chain Reaction (PCR) and PCR products obtained were sequenced and analyzed with bioinformatics tools.Aditionally, to confirm the prediction of the number EPIYA C repeats based on the PCR product molecular weight, reamplification and secuencing analysis were performed.

Helicobacter pylori es una bacteria asociada con el desarrollo de enfermedades gastroduodenales como gastritis crónica, ulceras pépticas, linfoma tipo MALT y cáncer gástrico. El desarrollo de cáncer gástrico asociado con la bacteria, se ha relacionado fuertemente con el factor de virulencia CagA, una proteína que presenta sitios de fosforilación EPIYA que están relacionados con la capacidad oncogénica de la proteína. El objetivo de este estudio fue determinar los motivos EPIYA presentes en la proteína CagA en aislamientos de Helicobacter pylori. Se analizaron 85 aislamientos de H.pylori cagA positivos y mediante PCR se amplifico la región 3 del gen cagA. Los productos de PCR fueron secuenciados y finalmente analizados con herramientas bioinformáticas. Adicionalmente para confirmar la predicción sobre el número de repeticiones EPIYA basados en el tamaño del producto de PCR se realizó re- mplificación y posterior análisis de secuenciación. Se observó que el tamaño de los productos de PCR osciló entre 400pb - 700pb. 58 de los 85 aislamientos (68,2%) presentaron únicas bandas y 27 aislamientos (31,8%) dos o más bandas. La cepa de referencia NCTC11637 presento única banda de 500pb. Los aislamientos presentaron la siguiente distribución EPIYA: 7/85 AB (8,2%), 34/85 ABC (40%), 26/85 ABCC (30,6%) y 18/85 ABCCC (21,2%), sin embargo en 27 aislamientos existió coinfección con diferentes genotipos de cagA entre los más predominantes: 7 ABC-ABCC (26%) y 6 ABCC-ABCCC (22,2%). Se identificó que todos los aislamientos poseen cagA de origen occidental siendo el motivo EPIYA ABC el más predominante (40%), sin embargo 51,8% de los aislamientos presentaron múltiples repeticiones EPIYA-C: 26/85 ABCC (30,6%) y 18/85 EPIYA-ABCCC (21,2%), indicando que la mitad de población de Bogotá- Colombia infectada con Helicobacter pylori cagA positivo tiene un alto riesgo de desarrollar cáncer gástrico.

Helicobacter pylori es una bacteria asociada con el desarrollo de enfermedades gastroduodenales como gastritis crónica, ulceras pépticas, linfoma tipo MALT y cáncer gástrico. El desarrollo de cáncer gástrico asociado con la bacteria, se ha relacionado fuertemente con el factor de virulencia CagA, una proteína que presenta sitios de fosforilación EPIYA que están relacionados con la capacidad oncogénica de la proteína. El objetivo de este estudio fue determinar los motivos EPIYA presentes en la proteína CagA en aislamientos de Helicobacter pylori. Se analizaron 85 aislamientos de H.pylori cagA positivos y mediante PCR se amplifico la región 3 del gen cagA. Los productos de PCR fueron secuenciados y finalmente analizados con herramientas bioinformáticas. Adicionalmente para confirmar la predicción sobre el número de repeticiones EPIYA basados en el tamaño del producto de PCR se realizó re-amplificación y posterior análisis de secuenciación. Se observó que el tamaño de los productos de PCR osciló entre 400pb - 700pb. 58 de los 85 aislamientos (68,2%) presentaron únicas bandas y 27 aislamientos (31,8%) dos o más bandas. La cepa de referencia NCTC11637 presento única banda de 500pb. Los aislamientos presentaron la siguiente distribución EPIYA: 7/85 AB (8,2%), 34/85 ABC (40%), 26/85 ABCC (30,6%) y 18/85 ABCCC (21,2%), sin embargo en 27 aislamientos existió coinfección con diferentes genotipos de cagA entre los más predominantes: 7 ABC-ABCC (26%) y 6 ABCC-ABCCC (22,2%). Se identificó que todos los aislamientos poseen cagA de origen occidental siendo el motivo EPIYA ABC el más predominante (40%), sin embargo 51,8% de los aislamientos presentaron múltiples repeticiones EPIYA-C: 26/85 ABCC (30,6%) y 18/85 EPIYA-ABCCC (21,2%), indicando que la mitad de población de Bogotá- Colombia infectada con Helicobacter pylori cagA positivo tiene un alto riesgo de desarrollar cáncer gástrico.