Jenis penelitian ini merupakan penelitian pengembangan yang bertujuan untuk mengetahui karakteristik, kelayakan dan efektifitas E-modul sistem pernapasan berbasis inkuiri terbimbing untuk meningkatkan kemampuan berpikir kritis siswa. Model pengembangan yang digunakan adalah penelitian dan pengembangan (RND) yang mengacu pada model pengembagan Borg and Gall yang sudah dimodifikasi dan disesuaikan dengan kondisi di lapangan, yang terdiri dari sembilan tahap, yaitu: 1) Research and informating collecting, 2). Planning, 3) develop preliminary form of product, 4) preliminary feed testing, 5) main product revision, 6) main field testing, 7) operational product revision, 8) operational field testing, 9) e-modul final product. Teknik analisis data yang digunakan adalah analisis deskriptif yang digunakan untuk menggambarkan karakteristik e-modul yang akan dikembangkan, analisis kelayakan e-modul berdasarkan skor N-gain yang diperoleh. Hasil uji N-gain skor pada kelas kontrol yaitu 0,65 termasuk dalam kategori sedang, sedangkan untuk kelas eksperimen mendapatkan hasil rata – rata N-gain skor sebesar 0,78 termasuk dalam kategori tinggi. Berdasarkan hasil tersebut, E-modul berbasis inkuiri terbimbing sangat layak untuk digunakan dalam pembelajaran dan terbukti efektif dalam meningkatkan kemampuan berpikir kritis siswa.