Backgroud The COI mitochondrial gene has been chosen as the “DNA barcode in animals” and the large quantity of genetic information in public databanks gives solid support for the use of DNA barcoding as a promising tool for the development of a specific molecular detection system.
Methods and results The present study aimed to develop a specific molecular detection system (SMDS) (primers and probe sets) for the following four target species: Prochilodus nigricans, Potamorhina altamazonica, Psectrogaster rutiloides and Triportheus angulatus, in qPCR assays. In silico and in vitro tests (using gDNA) were performed to test these sets. The database generated contained the COI nucleotide sequence for 187 specimens of Characiformes, distributed in 35 species representing eight families. In silico, primers designed for the target species amplified different species from the same genus, except for P. rutiloides, which amplified only the target species. In the in vitro test, using the SYBRGreentm and TaqMan® fluorescence systems, both sets detected the respective target species (P. nigricans, P. altamazonica, P. rutiloides and T. angulatus). In the qPCR assays using SYBRGreentm, species considered to be related were also detected, in addition to the target species, with the exception of P. amazonica and P. essequibensis (correlated to P. rutiloides). All target species were detected in the qPCR assays using the TaqMan® system; however, with the SMDS PALT, the target species P. altamazonica was detected with low CT values (22.21± 0.17) as well as the correlates of P. latior and P. pristigaster, though with high CT values (23.51 ± 0.19 and 30.21 ± 0.95). This assay uniquely identifies known adult tissue samples from all four species.
Conclusions The primers and probe sets developed can act as powerful tools for detecting the target Characiformes species.
First environmental DNA (eDNA) record of central Amazon in a floodplain lake: extraction method selection and validation Primeiro registro de DNA ambiental (eDNA) da Amazônia central em um lago de várzea: seleção e validação de método de extração
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Esse relato de experiência tem como objetivo apresentar as experiências da aplicação do sistema aquapônico como estratégia de ensino, pesquisa e extensão nos campi do Instituto Federal do Amazonas, localizados nas cidades São Gabriel da Cachoeira, Itacoatiara, Parintins e Manacapuru, desde 2010. A aquaponia consiste em um sistema de produção integrado que associa hidroponia com aquicultura. Neste relato, são abordadas características dos sistemas instalados, componentes principais, materiais que podem ser utilizados e formas de montagem, além da sua aplicação como ferramenta didática. As atividades relatadas resultaram em projetos de iniciação científica, projetos de conclusão de curso técnico, ações de extensão e divulgação da Ciência e Tecnologia.
Esse relato de experiência tem como objetivo apresentar o sistema aquapônico, um sistema de produção agroalimentar que integra a hidroponia com a aquicultura: suas características, componentes principais e formas de montagem, além da sua aplicação como ferramenta didática. Em seguida são apresentados os relatos de uso e aplicação do sistema em atividades de ensino, pesquisa e extensão nos campi do IFAM de São Gabriel da Cachoeira, Itacoatiara, Parintins e Manacapuru. Essas atividades vêm sendo desenvolvidas nos campi do IFAM desde o ano de 2010 e tem como resultados projetos de iniciação científica, Projetos de Conclusão de Curso Técnico, ações de extensão e divulgação da Ciência e Tecnologia.
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