El avance de la tecnología digital ha permitido concebir Sistemas de Vigilancia Epidemiológicos (SVE) automatizados con un enfoque <em>holístico-sistémico</em> favoreciendo la planeación, operación, gestión y procesamiento de datos fitosanitarios de manera efectiva y oportuna para toma de decisiones en la prevención y manejo regional de plagas. Este tipo de sistemas se enfocan en la salud del cultivo superando la visión reduccionista de plaga en la vigilancia normativa convencional. Un SVE web implica la definición clara del marco regional, objetivos, plaga(s) en su amplia acepción, recursos humanos/financieros, contexto normativo, líneas de investigación de soporte, estructura operativa y modelos de innovación. Estos elementos determinan la precisión, frecuencia y tipo de muestreo y monitoreo, así como las variables de medición relativas a un novel<em> sistema epidemiológico</em>. A diferencia de la vigilancia normativa, un SVE web <em>holístico-sistémico</em> tiene capacidad descriptiva y de pronóstico de riesgos, incluyendo alertas tempranas a partir de análisis espaciales y temporales. La interfaz web SVE asegura la generación flexible y dinámica de reportes y/o análisis automatizados. Un SVE operado en plataformas web, con énfasis en lenguajes de programación y herramientas de uso libre puede ser alojado en servidores genéricos o dedicados para almacenamiento de metadatos configurados con tecnologías Linux/Apache y funcionalidad 24/7 (h día-1). Programas de uso libre incluyen MySQL/MariaDB y otros como gestores de bases de datos; PHP / Node.js, y JavaScript, Ajax, HTML5 y CSS, como tecnologías web de maquetado base ‘back-end’ y ‘front-end’, respectivamente. Esta revisión se enfoca en principios, atributos conceptuales, enfoques metodológicos generales y objetivos de SVE base web. Aplicaciones generales se ilustran con un SVE desarrollado en México para el cafeto (<em>Coffea</em> spp.), el cual permitió operar la vigilancia de 19 plagas, nueve con estatus cuarentenario, mediante la generación, gestión y análisis de 87.4 y 15.7 millones de registros climáticos y epidemiológicos, respectivamente, obtenidos entre 2013-2019.

<em>Cercospora agavicola</em>, agente causal de la mancha gris del agave azul (<em>Agave tequilana</em>), es un hongo reglamentado bajo control oficial en estados bajo Denominación de Origen del Tequila (DOT). Este trabajo se desarrolló en Jalisco, México, principal región DOT, para determinar la inductividad epidémica espacio-temporal del hongo y desarrollar modelos estocásticos de pronóstico de la mancha gris con el fin de sustentar acciones preventivas regionales. De octubre 2016 a diciembre 2017 se evaluó mensualmente la severidad, incidencia y número de plantas enfermas en 41 parcelas establecidas en plantaciones comerciales de agave de 3-4 años de edad seleccionadas con criterios ponderados de riesgo en Los Altos (20), Valles (11) y Sur (10). La inductividad epidémica regional de<em> C. agavicola</em> fue heterogénea con mayor riesgo para al menos nueve municipios de Los Altos. Sin embargo, bajas tasas epidémicas (0.0008-0.006 unidades semana-1), fuerte restricción de contagio (1-4 plantas), reducido incremento anual de incidencia (0-32 plantas/0.5 ha) y nula captura de esporas evidenciaron la baja aptitud parasítica y epidémica del hongo. Consecuentemente, se encontró limitada capacidad predictiva aun con los mejores modelos generados (R2adj 0.51-0.60). Las horas favorables (HFav) de enero-abril, respecto a la infección, fue consistente entre modelos por lo que puede integrarse como algoritmo preventivo en SIVEA (www.sivea.org.mx). Las pérdidas regionales, bajo los parámetros epidémicos establecidos, se estimaron entre 98.01 MDD y 237 mil dólares americanos. La cercosporina, toxina asociada al género <em>Cercospora,</em> puede estar implicada en el progreso temporal lineal atípico y debe integrarse en futuras investigaciones.

<p>La marchitez y pudrición seca del cogollo del agave (<em>Agave tequilana</em> var. azul) son enfermedades de alto impacto económico para este cultivo. En este trabajo se planteó determinar la implicación de <em>Fusarium</em> spp. en ambas enfermedades bajo un enfoque regional. Se colectaron muestras de raíz y suelo en 40 plantaciones comerciales ubicadas en 13 municipios de Los Altos Jalisco, importante región de cultivo de agave azul en México. De cada plantación de colecta se estimó carga de inóculo mediante un índice de <em>Fusarium</em> obtenido de unidades formadoras de colonias (<em>Fusarium</em> vs hongos totales) y se analizó su relación con pH y materia orgánica. Se obtuvieron 109 aislados caracterizados morfológicamente como <em>Fusarium</em> spp. de los cuales se seleccionaron 25 para identificación molecular con ITS y EF-1a. La selección consideró sintomatología, caracteres macro y microscópicos y prevalencia de tipologías de colonia observadas <em>in vitro</em> en medios Komada, Sabouraud, SNA y CLA. Los caracteres culturales y morfológicos evaluados fueron: coloración micelial, tamaño, forma y septación de macro y microconidios, y longitud y número de fiálides. Se asociaron cinco especies con marchitez y/o pudrición seca ubicadas en tres complejos filogenéticos: <em>F. oxysporum</em> del complejo de especies <em>Fusarium oxysporum</em> (FOSC) con 56% (46.2% suelo y 66.7% raíz) de representatividad regional; <em>F. solani, F. falciforme</em> y <em>Fusarium</em> sp. del complejo <em>Fusarium solani</em> (FSSC) (40%); y <em>Fusarium</em> sp. del complejo <em>Fusarium fujikuroi</em> (FFSC) (4%). MO y pH tuvieron correlación inversamente proporcional con Índice de <em>Fusarium</em> (<em>r2</em> = 0.68-0.70). Se postula que la marchitez y pudrición seca del cogollo de agave azul constituyen un síndrome en el cual se asocian y especializan parasíticamente diversas especies de <em>Fusarium</em>. Se encontró un aislado de los tres complejos de <em>Fusarium</em> asociados específicamente a cada tipo de síntoma y la combinación de ellos. La mayoría se asociaron a marchitez con predominancia de<em> F. oxysporum. </em>  </p><p> </p>

<p>Esta investigación tuvo como objetivos identificar la especie(s) de <em>Fusarium</em> asociada(s) a hijuelos comerciales de <em>Agave tequilana</em> y desarrollar una metodología para cuantificar la carga de inóculo en hijuelos provenientes de plantaciones madre de Jalisco con inductividad epidémica diferencial al síndrome marchitez y pudrición seca del cogollo (SMAP). La finalidad fue proporcionar criterios para la certificación de plantaciones madre. La fase de campo se realizó entre marzo-mayo 2018 y 2019 en 21 plantaciones comerciales en 14 municipios de Los Altos, Sur y Valles de Jalisco. Se estimó el número de plantas enfermas (PE) y severidad SMAP (S) en 63 y 200 plantas/plantación mediante App-SIVEA para 2018 y 2019 respectivamente. Se desarrolló y aplicó el método CIFUSAG en 7055 hijuelos y 46 656 colonias fungosas obtenidas de 2364 siembras de lavado basal de la ‘piña’, secciones de tejido interno y macerado total de hijuelo. Unidades formadoras de colonia de <em>Fusarium</em> spp. (Fsp) y hongos totales (HT), purificación, monospóricos, caracterización morfológica y cultural se realizó con los medios Komada, agua-agar, Sabouraud, SNA y Sabouraud, respectivamente, diferenciando 557 aislados. La mayor inductividad epidémica en Los Altos significó moderado Índice de <em>Fusarium</em> [(IF) = (?Fsp) / (?HT)] (0.30 y 0.40) y Fsp (20 y 72UFC) respecto al Sur que tuvo valores más altos (0.69, 0.50; 23, 84UFC, respectivamente) (Tukey p=0.05). Calibre de hijuelo no tuvo influencia en IF y Fsp (p=0.183). IF y Fsp de lavado basal no estuvieron correlacionadas con S de plantas madres (r2 = 0.036 y 0.13), mientras que PE únicamente se correlacionó con Fsp (r2 =0.94). La carga de inóculo obtenida por lavado fue superior al de tejido interno con un total de 17,828 UFC (93%) e IF=0.42. Análisis molecular con el gen EF-1a evidenció asociación de 23 cepas con cuatro complejos filogenéticos: <em>Fusarium</em> <em>oxysporum</em>,<em> F. fujikuro</em>i, <em>F. solani</em> y <em>F. incarnatum-equiseti</em> con identidad superior al 98%. El hijuelo comercial de <em>Agave tequilana</em> constituye un factor de dipersión de al menos cuatro especies de <em>Fusarium</em> spp. en el rango de 3.3±3 y 6.83±4.2 UFC/hijuelo.</p>

Research objective was to assess phytosanitary response and epidemiological behavior in 12 <em>Phaseolus vulgaris</em> genotypes and develop etiological-epidemiological methodologies applicable to plant breeding studies. In 2020 spring-summer season, assessments were conducted at flowering (June) and fructification stages (August). Severity was evaluated with a 6-class logarithmic-diagrammatic scale setup in App-Monitor^® v1.1. Genotype health was determined using an Integrated Damage Index (IDI), weighted and adjusted for disease severity and coverage-plant vigor (IV), which was estimated with images (RGB, 14mpx) captured with dron-Phantom-3 at 5 m height from genotype centroid. In SAS v9.4, t-test and ANOVAs, followed by Tukey (<em>p</em> = 0.05), were performed for different experimental settings. Disease spatial patterns were analyzed with kriging and omnidirectional variograms in SURFER v10. Forty-three total samples were used for isolation, pathogenicity testing, and molecular identification with universal primers ITS1/ITS4, NIb2F/NIb3R, PBL1v2040/PCR1c for eukaryotes, Potyvirus and Begomovirus, respectively. Final data matrix included 22 variables, 859 observations and 18,898 metadata. <em>Alternaria alternata</em> and <em>Bean common mosaic virus</em> (BCMV) were identified in 100% of samples analyzed with 99% homology. <em>Vaquita Negro</em>, <em>Garrapato</em> and <em>Canario</em> were statistically the most susceptible genotypes (37.3 - 58% severity) for BCMV, while <em>Canario</em> and <em>Tipo Flor de Mayo </em>(41.4-42.7%) were for <em>A. alternata</em> (<em>p</em> = 0.05). <em>Oti</em> and <em>Negro Perla</em> had higher climatic adaptability and tolerance to both pathogens with IV &gt; 0.7 and IDI &lt; 0.43. Spatially, BCMV presented random dispersion of foci and a block-edge effect with continuous contagion of up to 5.6 meters. <em>Vaquita Negro </em>and <em>Bayo Mecentral</em> showed uniform virus spread, presumptively due to high viral transmissibility by seed. In contrast, except for <em>Tipo Flor de Mayo</em> and <em>Canario</em>, which exhibited significant coalescence of foci, <em>A. alternata</em> had spatial dependence of less than 8 plants. Wind and hail damage significantly favored <em>A. alternata</em> infection (<em>p</em> = 0.05) suggesting its opportunistic condition.

This study provides a safe and low-cost in-house protocol for RT-qPCR-based detection of SARS-CoV-2 using mouthwash–saliva self-collected specimens to achieve clinical and epidemiological surveillance in a real-time web environment applied to ambulatory populations. The in-house protocol comprises a mouthwash–saliva self-collected specimen, heat virus inactivation, and primers to target virus N-gene region and the human RPP30-gene. Aligning with 209 SARS-CoV-2 sequences confirmed specificity including the Alpha variant from the UK. Development, validation, and statistical comparison with official nasopharyngeal swabbing RT-qPCR test were conducted with 115 specimens of ambulatory volunteers. A web–mobile application platform was developed to integrate a real-time epidemiological and clinical core baseline database with mouthwash–saliva RT-qPCR testing. Nine built-in algorithms were generated for decision-making on testing, confining, monitoring, and self-reports to family, social, and work environments. Epidemiological and clinical follow-up and SARS-CoV-2 testing generated a database of 37,351 entries allowing individual decision-making for prevention. Mouthwash–saliva had higher sensitivity than nasopharyngeal swabbing in detecting asymptomatic and mild symptomatic cases with 720 viral copy number (VCN)/mL as the detection limit (Ct = 37.6). Cycling threshold and viral loading were marginally different (p = 0.057) between asymptomatic (35 Ct ± 2.8; 21,767.7 VCN/mL, range 720–77,278) and symptomatic (31.3 Ct ± 4.5; 747,294.3 VCN/mL, range 1433.6–3.08 × 106). We provided proof-of-concept evidence of effective surveillance to target asymptomatic and moderate symptomatic ambulatory individuals based on integrating a bio-safety level II laboratory, self-collected, low-risk, low-cost detection protocol, and a real-time digital monitoring system. Mouthwash–saliva was effective for SARS-CoV-2 sampling for the first time at the community level.