Many studies have shown that molecular karyotyping is an effective diagnostic tool in individuals with developmental delay/intellectual disability. We report on a de novo interstitial 1q22q23.1 microdeletion, 1.6 Mb in size, detected in a patient with short stature, microcephaly, hypoplastic corpus callosum, cleft palate, minor facial anomalies, congenital heart defect, camptodactyly of the 4-5th fingers, and intellectual disability. Chromosomal microarray analysis revealed a 1.6-Mb deletion in the 1q22q23.1 region, arr[GRCh37] 1q22q23.1(155630752_157193893)×1. Real-time PCR analysis confirmed its de novo origin. The deleted region encompasses 50 protein-coding genes, including the morbid genes APOA1BP, ARHGEF2, LAMTOR2, LMNA, NTRK1, PRCC, RIT1, SEMA4A, and YY1AP1. Although the unique phenotype observed in our patient can arise from the haploinsufficiency of the dosage-sensitive LMNA gene, the dosage imbalance of other genes implicated in the rearrangement could also contribute to the phenotype. Further studies are required for the delineation of the phenotype associated with this rare chromosomal alteration and elucidation of the critical genes for manifestation of the specific clinical features.

Background: Interstitial 4q deletions are rare chromosomal alterations. Most of the previously reported deletions involving the 4q13.3 region are large chromosomal alterations with a common loss of band 4q21 resulting in marked growth restriction, severe intellectual disability, and absent or severely delayed speech. A microdeletion of 4q13.3 hasn't been previously reported. We discuss the involvement of genes and the observed phenotype, comparing it with that of previously reported patients.Case presentation: We report on a 4q13.3 microdeletion detected in three affected individuals of a Lithuanian family. The clinical features of two affected children and their affected mother are very similar and include short stature, congenital heart defect, skeletal anomalies, minor facial anomalies, delayed puberty, and intellectual disability. Whole genome SNP microarray analysis of one child revealed an interstitial 4q13.3 microdeletion, 1.56 Mb in size. FISH analysis confirmed the deletion in the proband and identified the same deletion in her affected sib and mother, while it was not detected in a healthy sib. Deletion includes ADAMTS3, ANKRD17, COX18, GC, and NPFFR2 protein-coding genes. Conclusions: Our findings suggest that 4q13.3 microdeletion is a cause of a recognizable phenotype of three affected individuals. The detected microdeletion is the smallest interstitial deletion in 4q13. We highlight ADAMTS3, ANKRD17 and RNU4ATAC9P as candidate genes for intellectual disability, growth retardation and congenital heart defect.

Microdeletions and microduplications are recurrent in the q11.2 region of chromosome 22. The 22q11.2 duplication syndrome is an extremely variable disorder with a phenotype ranging from severe intellectual disability, facial dysmorphism, heart defects, and urogenital abnormalities to very mild symptoms. Both benign and malignant hematological entities are rare. A male patient was diagnosed with mild facial dysmorphia, congenital heart anomalies shortly after birth and acute bowel obstruction due to malrotation of the intestine at the age of 3 years. A whole-genome single nucleotide polymorphism (SNP) array revealed a de novo 6.6 Mb duplication in the 22q11.1q11.22 chromosomal region. A year later, the patient was diagnosed with acute pre-B lymphoblastic leukemia (pre-B ALL). Five genes, CDC45, CLTCL1, DGCR2, GP1BB and SEPT5, in the 22q11.1q11.22 region are potentially responsible for cell cycle division. We hypothesized that dosage imbalance of genes implicated in the rearrangement could have disrupted the balance between cell growth and differentiation and played a role in the initiation of malignancy with a hyperdiploid leukemic clone, whereas over-expression of the TBX1 gene might have been responsible for congenital heart defects and mild facial dysmorphia.

Supplemental Digital Content is available in the text

No abstract

No abstract

Subtelomeric fluorescence in situ hybridization is one of the most useful methods in clinical cytogenetics. Usually, subtelomeric FISH is used for detection of subtelomeric rearrangements in patients with intellectual disability. In parallel with detection of subtelomeric deletions / duplications, we have applied subtelomeric FISH in detection or confirmation of different types of chromosome rearrangements: ring chromosomes, balanced translocations, recommbinat chromosomes, isochromosomes, mosaics.The analysis has been performed using the set of ToTelVysion TM subtelomeric FISH probes, Nikon Eclipse 80i epifluorescence microscope and LUCIAv1 software. Novel application of subtelomeric FISH indicates this method as a useful, precise and rapid way to diagnose the cytogenetic rearrangements.

Raktažodžiai: įgimtos širdies ydos (ĮŠY), chromosomų persitvarkymai, genų mutacijos, kopijų skaičiaus variantai, vieno nukleotido polimorfizmai. SantraukaĮgimtos širdies ydos yra dažniausios įgimtos anomalijos naujagimystėje. Jos yra viena pagrindinių mirties priežasčių pirmaisiais gyvenimo metais. Daugelio įgimtų širdies ydų etiologija yra neaiški. Pastarųjų metų mokslo tyrimai buvo nukreipti šir-dies vystymosi molekuliniams mechanizmams iš-aiškinti. Naujos žinios apie širdies morfologiniuose procesuose dalyvaujančius genus nulėmė įgimtų širdies ydų genetinių priežasčių nustatymą. Straipsnyje apžvelgiami ĮŠY lemiantys genetiniai veiksniai, nuo didelių genomo persitvarkymų iki vieno nukleotido polimorfizmų, ir aprašomi nauji genetiniai metodai, leidžiantys nustatyti genetines priežastis ir suteikiantys naują sampratą apie įgimtų šir-dies ydų molekulinę etiologiją. ĮvadasĮgimtos širdies ydos (ĮŠY) yra dažniausios įgimtos anomalijos naujagimystėje. Kasmet pasaulyje gimsta 1,35 milijono naujagimių su ĮŠY (1). Ši liga nustatoma 1 iš 100 naujagimių ir yra viena pagrindinių mirties priežasčių naujagimystėje (2). Nors per pastarąjį dešimtmetį medicinos mokslas ir kardiochirurgija padarė didžiulę pažangą, daugelio ĮŠY etiologija vis dar lieka neaiški.ĮŠY etiologijos nustatymas svarbus pacientui su ĮŠY ir jo šeimai ne tik psichosocialiniu aspektu, kai sužinojus ĮŠY diagnozę keliami dažniausi klausimai "kodėl" ir "kaip", bet ir šeimos planavimo prasme tiek paciento tėvams, tiek ir sergančiam vaikui, kuomet jis pasieks reproduktyvų amžių. Sėkmingo chirurginio gydymo ir pagerėjusio išgyvenamu-mo dėka, daugelis pacientų su ĮŠY pasiekia pilnametystę ir reproduktyvų amžių, todėl didėja suaugusių asmenų su ĮŠY populiacija, ir informacija apie ligos etiologiją ir pasikartojimo riziką tampa itin aktuali.Didžioji dalis ĮŠY yra daugiaveiksnės etiologijos kompleksinės ligos, kai ligos vystymąsi lemia tiek genetiniai, tiek nepalankūs aplinkos veiksniai. Žmogaus genomo sekoskaita ir molekulinių technologijų pažanga įrodė, kad genetiniai veiksniai ĮŠY patogenezėje yra reikšmingesni nei aplinkos veiksniai (3). Pastarieji du dešimtmečiai suteikė naują sampratą apie širdies vystymosi reguliavimo molekulinius kelius. Genų paieškos technologijų plėtojimas įgalino atsiradimą daugelio pelių modelių, atkartojančių širdies vystymosi defektus. Šių studijų metu buvo nustatyti transkripcijos reguliaciniai elementai, signalinės molekulės ir struktūriniai genai, kurie yra svarbūs normaliai širdies morfogenezei. Be to, buvo nustatyta daugybė genų, kurie yra kontroliuojami šių konservatyvių molekulinių kelių. Šie širdies vystymosi molekulinių mechanizmų tyrimai padėjo nustatyti ĮŠY genetinę etiologiją ir įrodė, kad daugelis genų gali turėti etiologinį vaidmenį žmogaus ĮŠY.Tyrimo tikslas -remiantis mokslinės literatūros duomenimis, atskleisti genetines ĮŠY priežastis ir supažindinti su naujausiais genetiniais tyrimais ĮŠY etiologijoje. Tyrimo objektas ir metodaiRuošiant straipsnį buvo analizuotos PubMed, ScienceDirect ir BioMedCentral mokslinių straips...