A Amazônia é uma região rica em biodiversidade de fauna e flora onde existem diversas espécies vegetais que possuem potencial de produção de fármacos, cosméticos, combustíveis e alimentos de forma geral. Dessa forma, a castanha-do-Brasil (Bertholletia excelsa H.B.K) é estabelecida como fonte alimentícia de povos oriundos desta região. Além disso, o óleo vegetal de castanha-do-Brasil, extraído por várias técnicas, é estudado com base em seu potencial lipídico e antioxidante. O presente trabalho objetivou comparar os métodos de extração empregados no óleo de castanha-do-Brasil com base em dados publicados na literatura considerando análises físico-químicas comumente realizadas para avaliar esse produto, além de uma revisão de fatores característicos de matérias-primas de grande utilidade em âmbito industrial na área alimentícia, de cosméticos e de biocombustíveis, de modo a agregar no desenvolvimento de possíveis aplicações para o óleo de castanha-do-Brasil. Sendo assim, os métodos tradicionais de extração (por prensagem a frio e por solvente) ainda são os mais utilizados na indústria em virtude de apresentarem melhor rendimento e características físico-químicas estáveis, enquanto metodologias alternativas, tais como, o uso de solvente verdes, solventes em condições supercríticas e ultrassom possuem limitações que impedem a viabilização de seus usos em ampla escala.
RESUMO-Simulações computacionais são a alternativa menos custosa para realizar análises em ramos da ciência dos materiais. Nesse trabalho, o objetivo foi simular a estrutura de amilose solvatada em água para analisar parâmetros com base na mudança de temperatura e conformação no sistema. A dinâmica molecular foi feita no software GROMACS com uma estrutura construída anteriormente no software Glycam carbohydrate builder e otimizada no Spartan Wavefunction V.8. Como resultados, percebeu-se que a temperatura possui influência direta na energia cinética do sistema, enquanto a torção alterou a energia potencial e consequentemente a energia total do sistema.
Este trabalho visa a aplicação de simulação computacional para o estudo da estrutura da amilopectina torcionada e solvatada em água, com intuito de analisar a influência da variação da temperatura na energia do sistema. Para a construção da estrutura da amilopectina utilizou-se o software Glycam carbohydrate builder, bem como o auxílio do software Spartan Wavefunction V.8 e do servidor Automated Topology Builder (ATB) para o cálculo de minimização de energia e análise conformacional. Após a otimização foi utilizado o software GROMACS para a realização da dinâmica molecular. Conforme os resultados obtidos, observou-se que há uma relação de influência direta da temperatura com a variação de energia do sistema.
IMPLEMENTATION OF THE CLAYFF FORCE FIELD IN GROMACS: AN APPLICATION IN KAOLINITE STRUCTURE. Molecular dynamics techniques are increasingly being used for material science studies, being a theoretical approach based on molecular mechanics studies. GROMACS is a free software that allows the development of simulations of various types of molecules, from biological molecules to inorganic structures associated with the area of materials, requiring the system parameterization according to the force fields used in the simulation. ClayFF is a force field used for crystalline clay structures and has been applied in several articles published in scientific journals. The objective of this work was to present a didactic approach to the implementation of ClayFF in GROMACS and the force field was used to simulate a kaolinite structure as an example, demonstrating the implementation for students and researchers in the field.
RESUMO-A constante procura por produtos que auxiliam no combate à patologias e/ou possuem propriedades terapêuticas movimenta a indústria farmacêutica. No presente trabalho, analisou-se o potencial de aplicação dos alcaloides Dicentrina, Isoboldina, Isocoridina e Ococriptina, pertencentes ao grupo Ocotea (Lauraceae), no desenvolvimento de fármacos através de um estudo in silico. Durante a pesquisa, utilizou-se de ferramentas online como os servidores PreADMET e PASS, além de softwares como MarvinSketch, Gaussian e Spartan para procedimentos como cálculos de otimização (utilizando-se o método DFT e o conjunto de bases B3LYP/6-31G*) e frequências. Para a análise dos resultados, comparou-se os mesmos com dados estatísticos presentes na literatura, além de ter sido aplicada também a regra dos cinco de Lipinski. Os resultados obtidos demonstraram que a Isoboldina é o composto mais estável e eletronegativo, enquanto a Dicentrina é o alcaloide mais eletropositivo. Além disso, as propriedades físico-químicas verificadas para cada molécula revelaram que todas podem ser candidatas a fármacos, com base na regra de Lipinski. O teste de AMES mostrou que a Ococriptina possui caráter não mutagênico, enquanto a Dicentrina apresentou resultados negativos durante os testes de carcinogenicidade em ratos. Ademais, todos os alcaloides devem apresentar uma excelente absorção intestinal, uma média permeabilidade nas células Caco-2 e elevadas chances de suas atividades biológicas serem ativas.
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