Variasi Pola Pita dHubungan Kekerabatan Nanas Berdasarkan Analisis Isozim

Hadiati, S.; Murdaningsih, H K; Baihaki, Achmad; Yuwariah, Yuyun

doi:10.24198/zuriat.v13i2.6728

Cited by 3 publications

(3 citation statements)

References 0 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Jarak genetik individu dari daerah yang sama memiliki nilai yang lebih rendah jika dibandingkan dengan nilai jarak genetik antar individu dari daerah yang berbeda (Hadiati, 2003). Fenomena ini dapat dijumpai pada hampir seluruh sampel C.…”

Section: Nilai Jarak Genetik Dan Similaritasunclassified

ANALISIS FILOGENI KURA-KURA BATOK (Cuora Amboinensis) WILAYAH INDONESIA TIMUR (AMBON, LUWU, DAN GORONTALO) BERBASIS SEKUEN GEN CYTOCHROME B

Hermawan¹

2023

BIOSENSE

View full text Add to dashboard Cite

Penelitian ini dilaksanakan dengan tujuan untuk mengeksplorasi hubungan kekerabatan Kura-Kura Batok (Cuora amboinensis) wilayah Ambon, Luwu, dan Gorontalo dilihat dari analisis konstruksi pohon filogeni, jarak genetik, dan similaritas berdasarkan variasi sekuens gen Cytochrome b. Penelitian ini masuk ke dalam penelitian deskriptif eksploratif yang dilakukan di dalam laboratorium. Tahapan dalam penelitian ini meliputi isolasi DNA jaringan, purifikasi DNA, Poly Chain Reaction (PCR), elektroforesis horizontal, sekuensing gen, dan analisis filogeni menggunakan software MEGA 6. Sampel dalam penelitian ini merupakan 8 spesies yang berasal dari Ambon, Gorontalo, dan Luwu. Hasil analisis filogeni menunjukkan nilai jarak genetik sebesar 0,003-0,349 dan nilai similaritas genetik sebesar 65,13%-99,70%. Cuora amboinensis dari daerah yang sama memiliki hubungan kekerabatan lebih tinggi dibanding dari daerah yang berbeda. Terdapat anomali pada sampel Gorontalo 10 yang berkerabat dekat dengan wilayah Ambon padahal kedua sampel tersebut terletak pada pulau yang berbeda. Kondisi ini dapat karena terjadi perdagangan lintas wilayah pada C. amboinensis sehingga menyebabkan variasi genetik rendah serta tingkat simialiaritas genetik tinggi pada spesies yang terletak pada pulau berbeda.

show abstract

Section: Nilai Jarak Genetik Dan Similaritasunclassified

ANALISIS FILOGENI KURA-KURA BATOK (Cuora Amboinensis) WILAYAH INDONESIA TIMUR (AMBON, LUWU, DAN GORONTALO) BERBASIS SEKUEN GEN CYTOCHROME B

Hermawan¹

2023

BIOSENSE

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Analisis filogenetik dilakukan untuk mengidentifikasi jarak genetik antarvarietas (Utami et al 2011 Berdasarkan hasil analisis keragaman genetik (Tabel 4), terlihat bahwa varietas lokal LV-8031 asal Jawa Barat dan varietas lokal LV-8038 asal Jawa Tengah memiliki tingkat kesamaan genetik sebesar 87%. Tingginya nilai kesamaan genetik tersebut mengindikasikan adanya kemiripan antarvarietas sehingga terdapat hubungan kekerabatan yang dekat (Hadiati 2003;Mustofa et al 2013 (Monteiro et al 2011;Kurniawan et al 2015;Wei et al 2019). Persilangan antarcalon tetua dengan jarak genetik jauh akan memaksimalkan kesempatan dalam memperoleh segregan transgresif di antara progeni persilangan (Rubiyo 2013;Sutoro et al 2017).…”

Section: Analisis Filogenetikunclassified

Genetic Diversity Analysis and Development of DNA Fingerprints of 20 Indonesian Local Chili Pepper Varieties Based on SSR Markers

Terryana¹,

Ningrum²,

Nugroho³

et al. 2020

J. AgroBiogen

View full text Add to dashboard Cite

Chili pepper is one of the most valuable horticultural crops, widely cultivated in Indonesia. Analysis of its genetic diversity is needed to develop successful breeding programs of local varieties. Simple sequence repeat (SSR), a robust molecular marker used for genetic diversity analysis in plant species, offers potential, reliable DNA fingerprinting method to assess genetic variation and varietal identification of chili pepper. Fifteen SSR markers were used in this study to analyze the genetic diversity and develop profiling identification of DNA fingerprint of local chili pepper varieties. Twenty local and two improved varieties of three chili pepper species, consisting of 3, 1, and 18 varieties of Capsicum frutescens, C. chinense, and C. annuum, respectively, were assessed for their SSR polymorphism. A total of 87 alleles was obtained from the polymorphism analysis with high alleles variation (2–16 alleles) with average total allele of 5.8 and average polymorphism information content (PIC) of 0.59 (0.34–0.83). Clustering and Principle Coordinate Analyses (PCoA) classified the varieties into two groups with coefficient of similarity of 0.65 indicating their high genetic variability. Most local varieties belonged to the same cluster and separated from the two improved varieties. Based on PIC values and dendrogram with selected markers, five SSR markers, i.e. EPMS441, EPMS331, EPMS335, GPMS194, and CaSSRBio1.1, were identified as SSR marker set for DNA fingerprinting purposes. SSR marker set used in this study was successful in developing the varietal identity of local chili pepper varieties, as indicated by unique code of each variety.

show abstract

“…Keuntungan lainnya dalam penggunaan isozim adalah bahwa alel yang berbeda akan diwariskan secara kodominan sehingga individu homozigot dapat dibedakan dengan individu heterozigot berdasarkan atas penampilan pola pita yang dihasilkan. Selain itu, secara teknis peralatan dan bahan yang diperlukan relatif tidak terlalu mahal dan percobaan dapat dilakukan dengan mudah di laboratorium (Brar dalam Hadiati et al, 2002).…”

Section: Pendahuluanunclassified

Variasi Biokimia Genetik Populasi Ikan Betutu (Oxyeleotris marmorata, BLKr.) di Waduk Penjalin Brebes

Susanto¹,

Suryaningsih²

2019

Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati

View full text Add to dashboard Cite

Penjalin water reservoir in Brebes Regency, Central Java, is one of the habitats of the sand goby. A study on its genetic diversity using approaches of isozyme analysis was needed to support domestication of the fish in this area. This study was aimed at the biochemical-genetic variation of sand goby population in Penjalin water reservoir based on esterase (EST), peroxidase (PER), malate dehydrogenase (MDH), aspartate amino-transferase (AAT), and acid phosphatase (ACP) polymorphisms. Visualization of the isozymes was carried out employing horizontal electrophoretic technique with potato starch gel and buffer system of L-histidin monohydrate. Of the five isozymes, ACP was not well-visualized in all samples tested while the remaining four showed no polymorphisms. It could be concluded that there is no biochemical-genetic variation of sand goby population in Penjalin water reservoir based on isozymes of EST, PER, MDH, and AAT.

show abstract

Variasi Pola Pita dHubungan Kekerabatan Nanas Berdasarkan Analisis Isozim

Cited by 3 publications

References 0 publications

ANALISIS FILOGENI KURA-KURA BATOK (Cuora Amboinensis) WILAYAH INDONESIA TIMUR (AMBON, LUWU, DAN GORONTALO) BERBASIS SEKUEN GEN CYTOCHROME B

ANALISIS FILOGENI KURA-KURA BATOK (Cuora Amboinensis) WILAYAH INDONESIA TIMUR (AMBON, LUWU, DAN GORONTALO) BERBASIS SEKUEN GEN CYTOCHROME B

Genetic Diversity Analysis and Development of DNA Fingerprints of 20 Indonesian Local Chili Pepper Varieties Based on SSR Markers

Variasi Biokimia Genetik Populasi Ikan Betutu (Oxyeleotris marmorata, BLKr.) di Waduk Penjalin Brebes

Contact Info

Product

Resources

About