Use of AFLP markers to estimate molecular diversity of Phakopsora pachyrhizi

Identification methods for root-knot nematode Meloidogyne

“…Por lo tanto, el análisis usando marcadores SCAR es simple, rápido y fácil de ejecutar (Yuakianti & Shiraishi, 2010). Otra técnica empleada es AFLP, Fragmentos Polimórficos Amplificados al Azar, en esta técnica se basa en la amplificación por PCR de fragmentos que originados por enzimas de restricción, de esta forma se combinan los fundamentos de las técnicas RFLP y PCR, al igual que RAPD es de herencia dominante y ha sido utilizada ampliamente para caracterizar la diversidad genética de fitopatógenos (Becerra & Paredes, 2000;Mayer et al, 2010;Dos Santos et al 2013;Casanovas et al 2013;Rocha et al 2015). como para analizar la diversidad genética de poblaciones de M. chitwoodi y M. fallax, donde se demostró la presencia de diversos grupos poblacionales de estos nematodos (Fargette et al, 2005), así mismo se ha utilizado esta técnica en combinación con marcadores RAPD, demostrando que la diversidad de poblaciones de M. incognita provenientes de cultivos de algodón en el estado de Bahía no se encuentra relacionada con la virulencia en relación a accesiones resistentes, lo que podría deberse a la presencia de 1 o 2 genes de resistencia en estos cultivares (Lopes et al, 2019) Existen otras técnicas para la identificación molecular de Meloidogyne como la técnica LAMP (Amplificación isotérmica de ADN mediada por asas), que puede amplificar grandes cantidades de ADN con gran precisión, en un tiempo corto y además como es isotérmica puede realizarse a una sola temperatura estable, lo que resulta en que no necesita del uso del termociclador y los productos que derivan de la reacción pueden ser observados a simple vista en tubos de reacción, empleando colorantes de ligación al ADN (Mori & Notomi, 2009).…”

Population genetic structure and evolutionary history of Psammochloa villosa (Trin.) Bor (Poaceae) revealed by AFLP marker

“…Subsequently, we recorded each band (monomorphic or polymorphic) in a dominant manner and transformed into either a 0 (absent) or 1 (present) matrix based on interpretations from GeneScan 3.1 (Applied Biosystems). Only bands scored unequivocally were included in the analysis (Rocha et al, 2015). In assessing the recovered fragments, we did not account for polyploidy because P. villosa was known to be diploid (2n = 40; Li et al, 2012).…”

Breeding soybeans with resistance to soybean rust (Phakopsora pachyrhizi)

“…Phakopsora pachyrhizi isolates can be characterized based on their DNA sequence variations, especially in the internal transcribed spacer (ITS) region and the gene encoding an ADP‐ribosylation factor (ARF) (Freire et al., ; Jorge et al., ; Zhang et al., ). In addition, AFLP and SSR markers have been used to characterize the molecular diversity of P. pachyrhizi across its genome (Rocha et al., ; Twizeyimana et al., ). Populations show relatively little variation between locations and more variation within a location (Jorge et al., ; Rocha et al., ; Twizeyimana et al., ).…”

“…In addition, AFLP and SSR markers have been used to characterize the molecular diversity of P. pachyrhizi across its genome (Rocha et al., ; Twizeyimana et al., ). Populations show relatively little variation between locations and more variation within a location (Jorge et al., ; Rocha et al., ; Twizeyimana et al., ). This may indicate that inoculum is widely dispersed between locations by wind currents, yet new variation is created over time in a particular location (Jorge et al., ).…”

“…This may indicate that inoculum is widely dispersed between locations by wind currents, yet new variation is created over time in a particular location (Jorge et al., ). The P. pachyrhizi diversity was seen to vary more by year than by location in a South American study, suggesting that new inoculum may be arriving in South America on east‐to‐west trade winds from the African continent in a yearly recurrent manner (Rocha et al., ). New pathogen diversity in the USA may also come from urediniospores blown north across the Gulf of Mexico from South America (Twizeyimana & Hartman, ).…”