The Use of Polymerase Chain Reaction in Laboratory Diagnosis of Dermatophytosis

Abstract

* Bu çalışma, Adnan Menderes Üniversitesi Araştırma Fon Saymanlığı tarafından TPF-10010 sayılı proje olarak desteklenmiş ve XXXV. Türk Mikrobiyoloji Kongresi (3-7 Kasım 2011, Kuşadası)'nde sözel bildiri olarak sunulmuştur. ÖZDermatofi tler toplumda sık görülen enfeksiyonlara yol açan mantarlardır. Dermatofi tozların tanısında kullanılan klasik yöntemlerden direkt mikroskopik incelemenin tür ayrımını yapamaması, kültürün ise uzun süre gerektirmesi ve duyarlılığının düşük olması gibi dezavantajları bulunmaktadır. Bu çalışmada, klinik örneklerden dermatofi tlerin saptanmasında ve kültürden izole edilen suşların tanımlanmasında polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yönteminin performansının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, dermatofi toz ön tanısı konulan 110 hastaya (69 kadın, 41 erkek; yaş aralığı: 4-82 yıl) ait 63'ü deri ve 60'ı tırnak kazıntısı olmak üzere toplam 123 örnek alınmıştır. Örnekler, rutin direkt mikroskopi ve mantar kül-türünün yanı sıra iki turlu (nested) PCR (nPCR) yöntemine dayalı iki ayrı protokol ile incelenmiştir. Birinci protokolde dermatofi tlerin kitin sentaz genini (CHS-1) hedefl eyen pan-dermatofi t nPCR; ikinci protokolde ise Trichophyton rubrum ve T. mentagrophytes'e özgül ITS-1 genlerini hedefl eyen primerlerin kullanıldığı nPCR uygulanmıştır. Kültürde üreyen suşlara da aynı şekilde PCR uygulanmıştır. Pan-dermatofi t nPCR'da pozitif, T.rubrum/T.mentagrophytes'e özgül nPCR ile negatif sonuç veren örnekler ayrıca dizi analizine alınmıştır. Çalışmamızda, örneklerin 62'sinde (%50) direkt mikroskopik incelemede hif ve/veya spor yapıları görülmüş, 30'unun (%24) kültüründe dermatofi t üremiştir. T.rubrum/T.mentagrophytes'e özgül nPCR ile kültürde üreyen izolatların 28'i T.rubrum, ikisi T.mentagrophytes olarak tanımlanmıştır. Direkt uygulamada klinik örneklerin 67'si (%55) pan-dermatofi t nPCR ile, 65'i (%53) ise T. rubrum/T. mentagrophytes'e özgül nPCR ile pozitif bulunmuştur. Direkt mikroskopide mantar elemanı görülmeyen örneklerin kültüründe de üreme olmamış, bu örneklerin dokuzu pan-dermatofi t nPCR, sekizi T. rubrum/T. mentagrophytes'e özgül nPCR ile pozitif sonuç vermiştir. Kültüründe dermatofi t üremesi olan 30 örneğin ikisi, direkt olarak uygulanan pan-dermatofi t nPCR ile, biri T.rubrum/T.mentagrophytes'e özgül nPCR ile Geliş Tarihi (Received): 05.11.2014 • Kabul Ediliş Tarihi (Accepted): 02.12.2014