The nuclear functions of long noncoding RNAs come into focus

Abstract

Long noncoding RNAs (lncRNAs), defined as untranslated and tightly-regulated transcripts with a length exceeding 200 nt, are common outputs of the eukaryotic genome. It is becoming increasingly apparent that many lncRNAs likely serve as important regulators in a variety of biological processes. In particular, some of them accumulate in the nucleus and function in diverse nuclear events, including chromatin remodeling, transcriptional regulation, RNA processing, DNA damage repair, etc. Here, we unite recent progresses on the functions of nuclear lncRNAs and provide insights into the future research directions of this field.

MALAT1-related signaling pathways in colorectal cancer

“…Pre-mature MALAT1 with a short poly(A) tail-like moiety is cleaved by tRNA endonucleases RNase Z in the nucleus, prior to addition of the CCA motif. After processing, mascRNA with CCA trinucleotide tail exported to the cytoplasm, while the stable MALAT1 transcript accumulates in the nucleus [ 48 ] (Fig. 1 ).…”

Circulating Long Non-Coding RNAs as Novel Potential Biomarkers for Osteogenic Sarcoma

“…LncRNAs are conventionally classified as transcripts longer than 200 nt with no or low coding potential [24][25][26]. Similar to protein-coding transcripts, the transcription of lncRNAs is dependent on histone-modification-mediated regulation, and lncRNA's transcripts are processed by the canonical spliceosome machinery.…”

Variety of Non-Coding RNAs in Eukaryotic Genomes

“…Хотя первичные последовательности большинства днРНК гораздо менее консервативны, чем гены белков, оказалось, что от 60 % до 70 % генов днРНК являются общими для человека и мыши. Авторы предположили, что ортологичные гены днРНК млекопитающих должны выполнять эквивалентные функции; соответственно, кажется вероятным, что тысячи эволюционно консервативных неизвестных функциональных ролей днРНК будут охарактеризованы [266].…”

“…В дополнение к технологии секвенирования РНК RNA-seq в последнее время было разработано множество высокопроизводительных методов секвенирования для идентификации интерактомa (полного графа взаимодействий) некодирующих РНК in vivo, такие, как CHIRP-seq, R-CHIP-seq, DRIP-seq, CLIP-seq, SHAPE-seq, Frag-seq (см. таблицу 2 в [266]). Эти инструменты способны помочь не только в деле обнаружения и каталогизации новых РНК, но и в решении более сложных и интересных проблем.…”