O Museu Nacional foi criado em 1818, por D. João VI. Em 200 anos passou pela estruturação de suas coleções, pela incorporação à Universidade do Brasil, em 1946, atual Universidade Federal do Rio de Janeiro, e tornou-se referência nacional e internacional nas áreas da História Natural e Antropologia por meio de suas coleções e excelência em ensino, pesquisa e extensão. O incêndio ocorrido em 2 de setembro de 2018 marcou mais um importante capítulo da sua história – a luta pela reconstrução. Parte desse esforço foi a composição de uma comissão de servidores que se debruçou sobre a revisão e construção de um novo regimento para a instituição. Assim, este trabalho traz à luz análises sobre a complexidade da estrutura do Museu Nacional e debate alguns problemas práticos que dificultam a sua plena realização como museu e parte integrante de uma estrutura universitária. Tal debate é extensível e imprescindível para os museus universitários, onde a estrutura museal pode ser passível de limitações por uma estrutura universitária voltada para unidades acadêmicas padrão ou órgãos suplementares não autônomos, e que não contempla as particularidades do funcionamento de um museu. Por fim, é proposta a criação de uma estrutura museal-acadêmica, onde todas as categorias de servidores públicos poderiam atuar de forma colaborativa, em prol de uma instituição diversa, dinâmica, plural, em diálogo aberto com a universidade e a sociedade, pronta para enfrentar os novos paradigmas do século XXI.