Os trabalhadores da saúde estão submetidos, usualmente, a condições precárias de trabalho, estresse e riscos ocupacionais. Em adição, houve a introdução de novas exigências da gestão pública, mediante Organização Social (OS), acompanhadas da implementação dos padrões de certificação de qualidade, sendo mais frequente, a acreditação. Esse estudo objetivou avaliar as implicações da gestão de OS e da acreditação, na saúde dos trabalhadores de uma unidade do Sistema Único de Saúde (SUS), sob a percepção dos mesmos e dos gestores. Utilizou-se da abordagem qualitativa, com suporte da analise temática de conteúdo. O estudo foi desenvolvido em uma unidade de saúde mista, da rede SUS municipal, administrada por OS e certificada pela acreditação. Utilizou-se as técnicas de grupo focal e entrevista individual, por amostragem intencional. Os resultados demostraram concordâncias entre gestores e trabalhadores concernentes aos benefícios da acreditação, entretanto revelam contrapontos no tocante às implicações na saúde do trabalhador. Nessa perspectiva, os trabalhadores relatam um agravamento à sua saúde e bem-estar, sobrecarga de atribuições e elevadas exigências de metas/indicadores, e ainda excessivos registros documentais, aspectos estes não reconhecidas pelos gestores. Ademais, trabalhadores afirmam que a gestão de OS conduz a: insegurança, ao receio de desligamento laboral, à baixa perspectiva de valorização, insatisfação profissional e adoecimento. Por conseguinte, é premente minimizar os efeitos prejudiciais à saúde dos trabalhadores, mediante a promoção de espaços de negociação democráticos, essenciais para tomadas de decisão equânimes, coparticipativas e efetivas na aplicação de medidas práticas de promoção e proteção à saúde do trabalhador, concomitante ao processo de acreditação.