RAPD and morphological diversity among four populations of the tropical tree species Paramichelia baillonii (Pierre) Hu in China

Li, Fagen; Shen, Gan; Weng, Qijie; Xia, Zhao; Huang, Shineng; Mei, Li; Chen, Shaoyu; Wang, Qinghua; Fu-qiang, Shi

doi:10.1016/j.foreco.2007.12.002

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“…Fato interessante foi a elevada divergência genética apresentada pelo acesso BGMC 436, que é a cultivar de mandioca IAC 12 que apresenta elevado potencial produtivo na região do Cerrado Brasileiro (VIEIRA et al, 2008a;OTSUBO et al, 2009) Dentre as matrizes de distância/dissimilaridade estimadas, apenas apresentaram correlações significativas MD QT+QL+RAPD com MD QL (r = 0,52) e MD QT+QL+RAPD com MD RAPD (r = 0,75), enquanto que as demais matrizes de distância/dissimilaridade apresentaram correlações reduzidas ou nulas (Tabela 4). Esta ausência de associação entre as estimativas não deve ser considerada como uma limitação dessas ferramentas de acesso à variabilidade genética, mas sim como um indicativo da complementaridade entre as mesmas (LEFEBVRE et al, 2001;RANA;SINGH;BHAT, 2005;LI et al, 2008;, podendo ser explicada pelas diferentes propriedades dos marcadores moleculares e dos caracteres qualitativos e quantitativos. Normalmente, a maior parte da variação detectada por marcadores moleculares é do tipo não adaptativa e, portanto, não sujeita à seleção natural e/ou artificial, ao contrário dos caracteres fenotípicos que na sua maioria são sujeitos a seleção natural e/ ou artificial, em especial os caracteres quantitativos e qualitativos de interesse agronômico e/ou adaptativo (VIEIRA et al, 2007).…”

Section: Resultsunclassified

“…Entretanto, cabe ressaltar que provavelmente esta elevada associação seja decorrência do fato dos autores terem avaliado acessos pertencentes a pool gênicos muito dissimilares, mandiocas açucaradas e não açucaradas o que favoreceu a ocorrência de elevada associação. Por outro lado, em estudos com diversas espécies vem sendo relatada baixas correlações entre estimativas de distâncias genéticas estimadas por meio de marcadores moleculares e caracteres fenotípicos (RANA; SINGH; BHAT, 2005;GELETA;VILJOEN, 2006;LI et al, 2008 Gower (1971), obtido a partir da análise conjunta de caracteres quantitativos, qualitativos e marcadores RAPD, como medida de distância genética. O valor do coefi ciente de correlação cofenética (r) é de 0,81.…”

Section: Resultsunclassified

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Caracterização fenotípica e molecular de acessos de mandioca de indústria com potencial de adaptação às condições do Cerrado do Brasil Central

et al. 2013

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ResumoO objetivo do trabalho foi caracterizar e estimar a variabilidade genética entre acessos de mandioca de indústria, com potencial de adaptação às condições do Cerrado do Brasil Central, por meio de caracteres quantitativos, qualitativos e marcadores moleculares de forma isolada e conjunta, bem como estimar a correlação entre as estimativas obtidas com base em cada grupo de caracteres. Dezesseis acessos de mandioca de indústria com potencial de adaptação às condições do Cerrado do Brasil Central foram avaliados a campo quanto a 11 caracteres quantitativos e 33 caracteres qualitativos, em experimento conduzido na Embrapa Cerrados. Os acessos foram também avaliados quanto a marcadores RAPD em laboratório. Posteriormente, foram estimadas as matrizes de dissimilaridade/distância genética entre os acessos por meio dos caracteres qualitativos, quantitativos e marcadores moleculares e pela análise conjunta dos dados. Além disso, foi estimada a correlação entre as matrizes. No grupo de acessos de indústria avaliados existe ampla variabilidade quanto aos caracteres quantitativos, qualitativos e moleculares aferidos. As únicas correlações significativas encontradas foram entre (i) a matriz de dissimilaridade estimada por meio da análise conjunta e a matriz de dissimilaridade estimada por meio de dados qualitativos (r = 0,52) e; (ii) a matriz de dissimilaridade estimada por meio da análise conjunta e a matriz de dissimilaridade estimada por meio de marcadores moleculares (r= 0,75). A fraca associação entre essas medidas indicou que a melhor estratégia para orientar ações de conservação e uso de germoplasma de mandioca de indústria é por meio de estudos de divergência genética com o emprego de marcadores moleculares, caracteres qualitativos e caracteres quantitativos de forma conjunta e complementar.

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Section: Resultsunclassified

Caracterização fenotípica e molecular de acessos de mandioca de indústria com potencial de adaptação às condições do Cerrado do Brasil Central

et al. 2013

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“…In a study of DNA polymorphism of R. idaeus from different sites in the region of Tayside (UK), 58-87% of RAPD bands were determined to be polymorphic [37]. The polymorphism of red raspberry populations from Lithuania is similar to the polymorphism in perennial outcrossing plant populations whose seeds are dispersed by animals [38][39][40]. Nei's gene diversity is also similar to the average values reported by Nybom and Bartish for outcrossers (0.260) and long-lived perennials (0.242) [28].…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 98%

The genetic structure of red raspberry (Rubus idaeus L.) populations in Lithuania

et al. 2010

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Abstract:The red raspberry (Rubus idaeus L.) is widely distributed in Lithuania and occupies a range of habitats. The presence of coadapted gene pools in local populations of R. idaeus is a question of interest not only to plant scientists, but also to plant breeders. In this study, we investigated the genetic structure of R. idaeus and the influence of local habitats on the genetic diversity within and among populations. Nineteen populations of R. idaeus were sampled from different habitats in various agroclimatic subregions of Lithuania, and analyzed using RAPD markers. 113 RAPD bands were identified among 315 individuals; 84.31% of these were polymorphic. The mean values of Shannon's information index for different populations ranged from 0.341 to 0.455. Nei's gene diversity established within populations averaged 0.266. An AMOVA revealed 74% of genetic variation among individuals within populations of R. idaeus, and 23% among populations. The remaining genetic variation was distributed among populations from different agroclimatic subregions (3%). The results of this study suggest that the genetic structure of R. idaeus populations in Lithuania may be influenced partially by isolation by distance as well as by local environmental conditions. © Versita Sp. z o.o.

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“…The low correlation between locations is shown in many terrestrial pants such as tropical evergreen tree (Li et al 2008), barley (Lund 2002), and potato (Veteläinen et al 2005) and may be explained by the different molecular markers and morphological characteristics (Collignon et al 2002, Navarro et al 2005. Molecular markers are usually considered selectively neutral (Strauss et al 1992) been observed to vary, likely in response to seawater temperature (see reviews in Serisawa et al 2002a).…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Morphological and genetic variability among Ecklonia cava (Laminariales, Phaeophyceae) populations in Korea

Choi¹,

Ko²,

Kang³

et al. 2015

ALGAE

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Ecklonia cava Kjellman is a common kelp found in shallow subtidal in warm-temperate waters in the northwest Pacific Ocean. This species has shown substantial morphological variation along with subsistence in different locations and local environments. We quantified the magnitude of morphological variation of E. cava from six populations along ~700 km of coastline from Jeju Island to Dokdo in Korea. In addition, we examined genetic distance among the populations using random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. Most morphological characteristics investigated were significantly different among locations. Multivariate analyses indicated two phenetically distinct groups (nearshore, sheltered vs. offshore, exposed), indicating wave exposure with turbidity are presumably major factors for the separation. With RAPD data, results of Nei's diversity (H) and AMOVA showed considerable variations in within-and between-populations. Pairwise Φ ST and N m values indicated moderate gene flow between the six locations. Results of Nei's analysis revealed three genetically distinct groups, not consistent with the morphological groupings, indicating that a time gap may exist between morphological and genetic variations. This study also suggests dispersal distance of this kelp may be longer than what is commonly thought and genetic similarity in the populations was largely reflected by the direction of ocean current rather than just geographical distance.

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RAPD and morphological diversity among four populations of the tropical tree species Paramichelia baillonii (Pierre) Hu in China

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Caracterização fenotípica e molecular de acessos de mandioca de indústria com potencial de adaptação às condições do Cerrado do Brasil Central

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The genetic structure of red raspberry (Rubus idaeus L.) populations in Lithuania

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