El chile manzano al igual que otros frutos, es afectado por patógenos postcosecha que afectan la calidad. En el 2016 se observaron lesiones hundidas con micelio blanquecino en frutos de chile manzano procedentes del Estado de México. El objetivo fue identificar al agente causal del síntoma descrito en frutos, mediante la caracterización morfológica, molecular y pruebas de patogenicidad. Las pruebas de patogenicidad se realizaron en frutos con herida y sin herida, así como la caracterización morfológica y molecular. Los resultados indican que el agente causal de los síntomas del hundimiento fue Fusarium sambucinum. Los aislados se sembraron en medios de cultivo PDA, ClavelAgar y SNA, en donde formaron esporodoquios de color naranja, macroconidias hialinas con la célula basal papilada y la célula terminal en forma de pie: 24.8-35.3 ?m de largo y 3.67-4.46 ?m de ancho, de tres a cinco septos, esto fue confirmado con el análisis de secuenciación del gen tef 1? (translation elongation factor 1?). La comparación entre medias (Tukey) detectó diferencias significativas en el método de inoculación, pero no entre aislamientos sobre el fruto. Es el primer reporte en México de Fusarium sambucinum como agente causal de lesiones hundidas con micelio blanquecino en frutos de chile manzano.