Jenis jeruk yang biasa digunakan petani sebagai batang bawah adalah jeruk JC (Japansche citroen), karena jenis ini lebih tahan penyakit dan tahan kekeringan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh jenis pupuk organik dan konsentrasi PGPR serta interaksinya terhadap pertumbuhan bibit jeruk JC. Pemberian pupuk organik seperti pupuk kascing, pupuk guano, pupuk kompos pada bibit jeruk JC mampu meningkatkan parameter pertumbuhan jumlah daun secara nyata (8, 12, 16, dan 20 WAP) dengan perlakuan terbaik adalah P₁ (pupuk kascing) dan P₃ (pupuk kompos) serta belum mampu meningkatkan pertumbuhan bibit jeruk JC secara nyata pada parameter pengamatan tinggi tanaman, diameter batang, bobot basah akar, bobot kering akar, panjang akar dan volume akar. Pemberian PGPR konsentrasi 0 ml/L, PGPR konsentrasi 30 ml/L, dan PGPR konsentrasi 60 ml/L pada bibit jeruk JC mampu meningkatkan parameter pertumbuhan volume akar secara nyata dengan perlakuan terbaik pada konsentrasi K₃ PGPR 60 ml /L dengan jumlah rata-rata 86,67 dan belum mampu meningkatkan pertumbuhan bibit jeruk JC secara nyata pada parameter tinggi tanaman, jumlah daun, diameter batang, berat basah akar, berat kering akar, dan panjang akar. Interaksi Pemberian pupuk organik dan berbagai konsentrasi PGPR belum mampu meningkatkan pertumbuhan bibit jeruk JC secara nyata.