Objetivo: Verificar a percepção de adolescentes de curso técnico integrado quanto ao ensino remoto emergencial durante a pandemia SARS-CoV-2 e a morbidade autorreferida neste período. Métodos: Este estudo foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa da Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto e do Instituto Federal de São Paulo. Estudo com abordagem quantitativa, descritiva e correlacional sobre o Ensino Remoto Emergencial ofertado a 223 estudantes (amostra) de curso técnico e tecnológico na pandemia. Para a análise dos dados utilizou-se o programa Microsoft Excel® e o programa Statistical Package for Social Science, versão 20.0. Resultados: Identificaram-se impactos negativos na organização do cotidiano de estudos dos estudantes; uma redução do poder econômico das famílias; 21,1% dos estudantes não participam das aulas síncronas; 20,6% não estavam satisfeitos com o curso. Houve aumento de uso de medicamentos. Houve aumento em problemas de saúde como dores no estômago, de cabeça, outras dores, dificuldade de dormir e de permanecer dormindo, problemas de concentração, esquecimento, ansiedade, estresse, frustração, tédio, desânimo e outros desconfortos e fragilidades. Conclusão: As relações entre professor e aluno precisam ser reconstruídas, renovadas e a reestruturação da trajetória curricular propicie melhores condições de aprendizagem.