Os povos indígenas são alvo de preocupação global em relação a Covid-19. O objetivo neste estudo foi analisar os dados epidemiológicos da Covid-19 nos Distritos Sanitários Especiais Indígenas (DSEI) do estado de Mato Grosso e avaliar a importância da educação em saúde no combate a pandemia nas comunidades indígenas. Trata-se de um estudo observacional, ecológico, de caráter quantitativo realizado no mês de novembro de 2020 no estado de Mato Grosso. Foram coletados dados sobre a Covid-19 disponíveis nos sistemas públicos da Secretaria de Saúde Indígena (SESAI) notificados nos Distritos Sanitários Especiais Indígenas (DSEI), bem como do número de Unidades Básicas de Saúde Indígenas localizadas nos distritos do estado. Em relação ao número de Unidades Básicas de Saúde Indígena, o estado conta com 176 unidades e 51 delas apenas no Distrito de Cuiabá. A taxa de incidência do DSEI Cuiabá foi de 17.412,5 por 100.000 habitantes. Quanto a taxa de mortalidade, o DSEI Cuiabá apresentou 310,9 por 100.000 habitantes. Em relação ao Brasil, a taxa de mortalidade estava em 80,2 por 100.000 habitantes e taxa de incidência de 2934/100.000habitantes. O número de Unidades Básicas de Saúde Indígena (UBSI) em Mato Grosso está de acordo com o recomendado pelo ministério da saúde do Brasil, entretanto, as taxas de mortalidade e incidência da Covid-19 nos Distritos Sanitários Especiais Indígenas se encontram elevadas quando comparadas com as taxas de mortalidade e incidência do Brasil. Medidas de prevenção e educação em saúde são determinantes no combate á patologias respiratórias em comunidades indígenas no Brasil.