Multilocus Simple Sequence Repeat Markers for Differentiating Strains and Evaluating Genetic Diversity of Xylella fastidiosa

Abstract

A genome-wide search was performed to identify simple sequence repeat (SSR) loci among the available sequence databases from four strains of Xylella fastidiosa (strains causing Pierce's disease, citrus variegated chlorosis, almond leaf scorch, and oleander leaf scorch). Thirty-four SSR loci were selected for SSR primer design and were validated in PCR experiments. These multilocus SSR primers, distributed across the X. fastidiosa genome, clearly differentiated and clustered X. fastidiosa strains collected from grape, almond, citrus, and oleander. They are well suited for differentiating strains and studying X. fastidiosa epidemiology and population genetics.

Diversidade genética de Xylella fastidiosa em regiões produtoras de citros na Bahia

“…Dos iniciadores SSR utilizados, OSSR9 e ASSR20 mostraram padrão monomórfico, já referenciado para o iniciador OSSR9 em trabalhos anteriores (Lin et al, 2005). Os demais iniciadores, CSSR4, CSSR12, CSSR20 e OSSR17, amplificaram 3, 4, 9 e 6 loci, respectivamente, o que totalizou 22 loci analisados.…”

“…O iniciador CSSR20 (Figura 1 A) foi o que detectou o maior número de loci. Resultados semelhantes foram obtidos por Lin et al (2005) em X. fastidiosa caracterizada em diferentes hospedeiros, como espirradeira (Nerium oleander L.), amendoeira (Prunus amygdalus Batsch), citros (Citrus spp.) e videira (Vitis vinifera L.).…”

“…A comprovação da presença da bactéria nas amostras foi realizada por meio de PCR, com uso dos iniciadores diagnósticos, RST31 e RST33 (Minsavage et al, 1994). Para avaliar a diversidade genética, foram utilizados os iniciadores OSSR9, OSSR17, CSSR4, CSSR12, CSSR20 e ASSR20, já utilizados para a caracterização de polimorfismos em X. fastidiosa (Lin et al, 2005). A amplificação via PCR foi realizada conforme Lin et al (2005), com alterações na temperatura de anelamento, de acordo com o iniciador utilizado.…”

“…Para avaliar a diversidade genética, foram utilizados os iniciadores OSSR9, OSSR17, CSSR4, CSSR12, CSSR20 e ASSR20, já utilizados para a caracterização de polimorfismos em X. fastidiosa (Lin et al, 2005). A amplificação via PCR foi realizada conforme Lin et al (2005), com alterações na temperatura de anelamento, de acordo com o iniciador utilizado. O programa de amplificação consistiu em desnaturação a 95°C por 1 min, seguido de 40 ciclos de 95°C por 30 s, 55°C por 30 s (61°C na amplificação com os iniciadores OSSR17 e CSSR20, e 54°C com o iniciador CSSR12), 72°C por 45 s e extensão final de 72°C por 5 min.…”

Spatial Genetic Structure of Coffee-Associated Xylella fastidiosa Populations Indicates that Cross Infection Does Not Occur with Sympatric Citrus Orchards

“…Seven variable number of tandem repeat (VNTR) loci previously described by Lin et al (2005) and seven new ones developed for this study were used for genotyping strains (Supplementary Tables S1 and S2). Five new repeat regions on the genome of X. fastidiosa strain 3124 (based on the draft genome of a strain isolated from coffee plants) (unpublished data) and two from citrus reference strain 9a5c were identified with Tandem Repeat Finder, version 2.02 (Benson 1999).…”