Os cursos de graduação de Engenharia de Software (ES) buscam realizar a formação de novos profissionais, visando estabelecer conhecimentos técnicos e científicos para auxiliar no processo de construção e desenvolvimento de projetos tecnológicos. No entanto, dificuldades são percebidas ao estruturar os cursos de graduação para atender as diferentes demandas da área, voltadas para o mercado de trabalho, ensino, pesquisa e extensão. Assim, este estudo busca identificar os desafios, as percepções e as limitações dos discentes que cursam uma graduação em ES, no formato de dois ciclos. Para isto, foi aplicado um Survey para coleta de dados e, em seguida, foi realizada uma análise quali-quantitativa das informações coletadas. Os resultados apontaram desafios no 1° ciclo relacionados à (i) pouca prática em conteúdos ministrados, (ii) desmotivação com o curso devido à dificuldade em programar e (iii) quantidade de conteúdos teóricos ministrados por docentes. Já no 2° ciclo, relacionados à (i) falta de recursos bibliográficos atuais, (ii) indisponibilidade de algumas ferramentas gratuitas e (iii) conteúdos ministrados ainda de forma muito teórica. Desta forma, os resultados deste estudo contribuirão para uma análise de melhores intervenções nas atividades desempenhadas no referido curso.