В работе представлены данные по размерно-массовым, морфофизиологическим характеристикам черноморского ерша из пяти бухт г. Севастополя в период 2017–2019 гг. Установлено, что молодые экземпляры крупнее в бухтах Карантинной (TL 13,5 ± 0,19 см) и Севастопольской (TL 14,2 ± 0,23 см), а особи среднего возрастного класса ― в Балаклавской (TL 15,9 ± 0,35 см), Круглой (TL 16,9 ± 2,45 см) и Стрелецкой (TL 16,06 ± 0,5 см). В ответ на бóльший уровень комплексного загрязнения Стрелецкой бухты у самцов разного возраста индекс печени (ИП) повышен. Такой же адаптивный эффект ― индекс жабр имеет максимальные значения ― отмечен для особей из бухт Круглая и Стрелецкая. У самок скорпены из Балаклавской бухты в возрасте от трёх до восьми лет увеличен ИП, это является следствием более калорийного рациона (преобладание рыб), что подтверждается как анализом пищевого спектра ерша, так и величинами некоторых биохимических параметров жирового обмена (уровень холестерина, β-липопротеидов и липазы). Итак, в 2017–2019 гг. ёрш находился в более благоприятном физиологическом состоянии в бухтах Балаклавской и Карантинной и в менее благоприятном ― в акватории бухты Стрелецкой.