Low molecular weight nuclear RNA from SV40-transformed WI38 cells; effect on transcription of WI38 chromatin in vitro

5' tritylated oligonucleotides binding hydrophobically to low trityl cellulose/sepharose (< 15 microMTr/ml) retain their hydrogen-bonding specificities for complementary sequences. This, constitutes a novel mode of attaching affinity ligands to solid supports, is more convenient than existing methods, and proceeds with 100% yield. The salt, dielectric constant and temperature dependence of these non-covalently anchored ligands permits the isolation of a variety of RNAs including fibroin mRNA. Medium trityl sepharose (15-40 microM Tr/ml) has a high binding specificity for poly A and poly A containing mRNA, equivalent to dT cellulose. Most proteins, including nucleic acid enzymes, bind to these columns and retain enzymatic activity, thus mimicking enzymes attached covalently to solid phases. A number of in vivo counterparts to this hydrophobically determined specificity are noted, as are homologies to nitro-cellulose filters.

show abstract

“…1. DMTr(Tp)16(l0)+poly A (20) 12 A260u poly A bound2 2. MTrpoly U (8)+poly A 65 A260u poly A bound2 3.…”

Section: Experiments Resultsunclassified

Hydrophobic affinity chromatography of nucleic acids and proteins

et al. 1980

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…These hypotheses were supported by the findings that small RNAs associated with chromatin could increase the number of binding sites for RNA polymerase to initiate transcription (7,8) and that a small RNA from chicken embryonic heart cells could induce the expression of tissue-specific functions when added to postnodal heart cells (9). In our laboratory, a small nuclear RNA purified from simian virus 40 (SV40)-transformed cells was found to stimulate transcription of normal cell chromatin (10). This small RNA was found to comigrate with 7S-K RNA (11) and was also found in nontransformed cell nuclei, acting in a tissue and species-specific manner (12).…”

mentioning

confidence: 99%

7S-K nuclear RNA from simian virus 40-transformed cells has sequence homology to the viral early promoter.

Sohn¹,

Szyszko²,

Coombs³

et al. 1983

Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.

View full text Add to dashboard Cite

Previous findings in our laboratory have identified a specific small nuclear RNA (7S-K) that promotes transcription initiation by RNA polymerase H in isolated mammalian nuclei. The present study was designed to investigate the homology between 7S-K RNAs and host and viral sequences in simian virus 40 (SV40)-transformed and in untransformed mouse 3T3 cells, with the object of testing the hypothesis that these RNAs take part in the transcription initiation complex by base pairing to promoter/enhancer regions of active genes. DNARNA hybridization experiments, using either Southern or RNA blotting techniques, indicated that both 7S-K and 7S-L RNAs hybridize to midrepetitive fractions of the mouse genome. However, only 7S-K RNA from transformed cells hybridized to SV40 DNA. Restriction mapping and nuclease SI treatment of the hybridized region of SV40 yielded a 45-nucleotide-long hybrid duplex. Partial sequence analysis of the 5' end of the DNA in this duplex revealed sequence homology with the 21-base-pair repeat sequence, identified as the SV40 early promoter. Because the viral early gene is expressed in transformed cells, we conclude that 7S-K RNAs in these cells contain a species that has sequence homology to a promoter of an active gene. Taking these results together with previous ones, we postulate that the observed stimulatory activity of 7S-K RNA on transcription initiation is due to its recognition of promoter sequences, either to facilitate the formation or as part of the transcription initiation complex.Understanding the mechanisms that govern gene expression in eukaryotic organisms has become a major goal in molecular biology, because such understanding is a prerequisite to dealing effectively with such problems as genetic diseases and cancer.Although the basic mechanisms operative in the regulation of bacterial gene expression are fairly well understood, the situation in higher organisms appears much more complex, requiring carefully regulated gene programs during tissue differentiation and organ development.By analogy with bacterial systems, transcription of proteinencoding genes is thought to be controlled primarily at the level of initiation, when RNA polymerase interacts with promoter or regulatory sequences. Recognition of these sequences by regulatory proteins is also postulated to modify promoter activity in a manner analogous to that established in bacteria. Yet the need for greater sophistication in the maintenance of stable differentiated phenotypes may require recognition of larger stretches of DNA than can be provided by proteins alone. RNA molecules could do this by specific base pairing and thus could lead regulatory proteins to appropriate sites in the promoter. This concept has led several authors to postulate the existence of regulatory .The existence of organ-specific regulatory small RNAs was first reported by Bonner and Widholm (1). Subsequently, several models have been proposed that involve small RNA molecules as gene derepressors in the selective control of DNA transcripti...

show abstract

“…Недавно были получены первые доказательства в пользу этих гипотез [9,10].Значительный интерес привлекает возможность участия низкомолекулярных РНК в регуляции транскрипции. При использовании системы изолированных ядер наблюдают в основном ингибирующий эффект нмРНК или же его отсутствие [И-13], а в живых клетках нмРНК стимулируют транскрипцию [14,15]. При этом активные фракции нмРНК, выявленные в опытах, способны стимулировать транскрипцию и в системе изолированных ядер [16].Ранее нами было показано, что после инъекции в оплодотворенные яйцеклетки вьюна 0,35 М NaCl экстракта ядер, полученного из зародышей вьюна на стадии гаструлы, включение меченых предшественников в РНК после активации транскрипции возрастает [17].…”

unclassified

“…Значительный интерес привлекает возможность участия низкомолекулярных РНК в регуляции транскрипции. При использовании системы изолированных ядер наблюдают в основном ингибирующий эффект нмРНК или же его отсутствие [И-13], а в живых клетках нмРНК стимулируют транскрипцию [14,15]. При этом активные фракции нмРНК, выявленные в опытах, способны стимулировать транскрипцию и в системе изолированных ядер [16].…”

unclassified

“…Эти наблюдения были подтверждены опытами на зародышах форели. Ранее Краузе и Рингетте [15] уже наблюдали активацию транскрипции в культуре фибробластов под действием нмРНК из опухолевых клеток. Связь периодов накопления нмРНК и периодов усиления активности генома была выявлена в оогенезе ксенопуса [24] и, наоборот, исчезновение нмРНК в эмбриогенезе форели из клеток сопровождается угнетением транскрипции [25].…”

unclassified

See 1 more Smart Citation

Enhancement of genetic apparatus of teleost fish embryos after snRNA microinjection

Korzh

Burakova

Mazin³

et al. 1985

Biopolym. Cell

View full text Add to dashboard Cite

Введение. Функции низкомолекулярных РНК <нмРНК> исследованы до сих пор недостаточно. В обзорах по нмРНК упоминается ряд внутриклеточных процессов, которые протекают с участием нмРНК [1, 2], однако надежные доказательства известны в единичных случаях. В частности установлено, что нмРНК участвуют в терминации трансляции секретируемых белков [3]. Появление нескольких гипотез, описывающих участие нмРНК в сплайсинге высокомолекулярных РНК [4][5][6][7][8], сыграли инициирующую роль в повышении интереса к исследованию нмРНК. Недавно были получены первые доказательства в пользу этих гипотез [9,10].Значительный интерес привлекает возможность участия низкомолекулярных РНК в регуляции транскрипции. При использовании системы изолированных ядер наблюдают в основном ингибирующий эффект нмРНК или же его отсутствие [И-13], а в живых клетках нмРНК стимулируют транскрипцию [14,15]. При этом активные фракции нмРНК, выявленные в опытах, способны стимулировать транскрипцию и в системе изолированных ядер [16].Ранее нами было показано, что после инъекции в оплодотворенные яйцеклетки вьюна 0,35 М NaCl экстракта ядер, полученного из зародышей вьюна на стадии гаструлы, включение меченых предшественников в РНК после активации транскрипции возрастает [17]. Далее мы показали, что фракция нмРНК обладает стимулирующим транскрипцию действием. Предварительное сообщение о результатах этой работы было опубликовано ранее [18].В данной работе мы описали эффект усиления синтеза основных макромолекул клетки на ранних стадиях развития зародышей костистых рыб-вьюна (Misguruus fossilis L.) и форели (Salmo gairdnerii) вследствие введения нмРНК, исследовали распределение инъецированных нмРНК между клеточными компартментами, связь распределения нмРНК с внутриклеточным перемещением негистоновых белков (НГБ). Появление в клетках зародыша гомо-и гетерологичных нмРНК приводит к значительному усилению включения радиоактивных предшественников в макромолекулы клетки (ДНК, РНК и белок). Инъецированные нмРНК накапливаются в ядрах клеток зародыша и это координирует с переходом НГБ из цитоплазмы в ядра клеток.Материалы и методы. Уридин-5-3 Н (1,03 ТБк/мМ = 28 Ки/мМ); тимидин-2-14 С (2,0 ГБк/мМ = 55,2 мКи/мМ); Д, Л-лейцин-2-3 Н (0,32 ТБк/мМ=8,7 Ки/мМ); Д, Лтриптофан-14 С (0,25 ГБк/мМ=7,1 мКи/мМ); Л-триптофан-3 Н 2 (1,65 ТБк/мМ = = 45 Ки/мМ)-фирмы «Изотоп», СССР; агароза («Sigma», США); протеиназа К {«Boehringer», ФРГ); сефароза 4В («Pharmacia», Швеция); диэтилпирокарбонат («Koch-14 БИОПОЛИМЕРЫ И КЛЕТКА, 1985, ,т.1 №1

show abstract

Low molecular weight nuclear RNA from SV40-transformed WI38 cells; effect on transcription of WI38 chromatin in vitro

Cited by 13 publications

References 20 publications

Hydrophobic affinity chromatography of nucleic acids and proteins

Hydrophobic affinity chromatography of nucleic acids and proteins

7S-K nuclear RNA from simian virus 40-transformed cells has sequence homology to the viral early promoter.

Enhancement of genetic apparatus of teleost fish embryos after snRNA microinjection

Contact Info

Product

Resources

About