O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito das diferentes fontes de matéria orgânica incorporadas ao substrato sobre os índices fisiológicos e metabólitos secundários. O experimento foi conduzido no IFES Campus Itapina em um delineamento de blocos casualizados, e os tratamentos consistiram de cinco fontes alternativas de matéria orgânica na proporção de 20% misturadas ao substrato de terra pura. Foram avaliados os teores de clorofilas a, b, total, carotenoides e suas relações através da extração de clorofila, a medida indireta de nitrogênio e clorofila pelo aparelho SPAD, além dos índices de fluorescências obtidos pelo aparelho Multiplex®, no qual mede os índices de flavonóides (FLAV), antocianina (ANT-RG e ANT-RB), clorofila total (SFR-G e SFR -R) e balanço de nitrogênio (NBI-G e NBI-R). Houve aumento nos teores de NBI-G e NBI-R e um decréscimo no FLAV, no substrato com resíduo de indústria de café. Os substratos que usaram como fonte alternativa o lodo de curtume apresentaram maiores valores de flavonóides, sendo inversamente proporcionais ao balanço de nitrogênio. Os índices determinados com o medidor SPAD correlacionaram-se positivamente com os teores de clorofila a, total e carotenóides, entretanto os índices obtidos pelo aparelho Multiplex® só foram significativos quando correlacionados com os valores SFR_R da planta inteira e SFR_G da parte adaxial.