A etnoecologia busca compreender como diferentes grupos humanos se inter-relacionam com os recursos naturais e ecossistemas que manejam e como os compreendem. Os pescadores passam parte considerável de suas vidas em contato com o ambiente e espécies que manejam, portanto, são portadores de relevantes saberes sobre tais. De modo que compreender as interfaces entre os conhecimentos destas populações e o conhecimento científico, possibilita apontar lacunas a serem investigadas e orientar a conservação dos recursos pesqueiros. Desta forma, objetivou-se comparar os conhecimentos etnoictiológicos dos pescadores artesanais dos açudes públicos Araras e Edson Queiroz (bacia do médio rio Acaraú-CE) com a literatura científica. Para isso, foi selecionada uma população representativa para cada um destes açudes: Ilha de Esaú, para o açude Araras, e Vila São Cosme, para o Edson Queiroz. Foram empregadas estratégias de observação participante, entrevistas semiestruturadas, estímulo visual e turnês-guiadas com pescadores locais. As entrevistas abordaram aspectos etnoecológicos das principais espécies de peixes capturadas na região. Concluiu-se que os pescadores possuem maior conhecimento das espécies nativas, por manejarem-nas há mais tempo e/ou por mudança no comportamento das espécies exóticas ante um ecossistema com características marcadamente divergentes dos ecossistemas de origem destas espécies. Estes conhecimentos podem contribuir para futuros estudos científicos e ser incorporados na elaboração de planos de gerenciamento e manejo sustentável dos recursos hídricos e pesqueiros da região média do Acaraú.