Heterologous primer transferability and access to microsatellite loci polymorphism in ‘somnus’ passion fruit tree (Passiflora setacea DC)

Abstract

ResumoTransferibilidade de primers heterólogos e acesso ao polimorismo de loci microssatélites em maracujazeiro-do-sono (Passilora setacea DC). Pares de primers que acessam loci microssatélites, inicialmente construídos a partir do genoma de Passilora edulis Sims lavicarpa e P. alata, foram testados quanto à sua capacidade de acessar loci microssatélites em indivíduos de maracujazeiro-do-sono (P. setacea). Sete dos trinta e um pares de primers testados foram capazes de acessar polimorismo de DNA no genoma dessa espécie silvestre de Passilora, ao avaliar seis populações naturais, localizadas em área de transição entre os biomas Caatinga e Cerrado, no estado da Bahia. O número de alelos/loci foi baixo, oscilando de um a quatro. A heterozigosidade média observada por locus em todas as populações variou de 0,13 a 0,40. Houve transferência dos pares de primers microssatélites heterólogos do gênero Passilora para maracujazeiro-do-sono, constituindo um novo conjunto de primers que acessam locus codominante aleatório nessa espécie, útil para ins de conservação e pré-melhoramento do maracujazeiro-do-sono. Palavras-chave: Diversidade genética; Maracujazeiro-do-sono; Simple sequence repeat; Transferibilidade AbstractPrimer pairs that access microsatellite loci, initially constructed through the genome of Passilora edulis Sims lavicarpa and P. alata, were tested concerning their ability to access microsatellite loci in "somnus" passion fruit tree (P. setacea) individuals. Seven out of the thirty one primer pairs tested were able to access DNA polymorphism in the genome of this wild Passilora species, by evaluating six natural populations, located in a transition area between the biomes Caatinga and Cerrado, in the state of Bahia, Brazil. The number of alleles/ loci was small, oscillating from 1 to 4. The average heterozygosity observed per locus in all populations ranged from 0.13 to 0.40. There was transference of heterologous microsatellite primer pairs from the Passilora genus to "somnus" passion fruit tree, constituting a new set of primers that access random co-dominant locus in this species, useful for conservationist purposes and pre-improvement of "somnus" passion fruit tree.

Transferability of microsatellite markers in Syagrus coronata (Mart.) Becc. (Arecaceae), an iconic palm tree from the Brazilian semiarid region

“…Similarly, the transferability of 31 SSR markers described for Passiflora edulis Sims and Passiflora alata Dryander (Passifloraceae) allowed evaluating the genetic diversity in Passiflora setacea D.C. with views to conservation and genetic improvement (Pereira et al, 2015). These authors also reported high values of H O with the significant deviation (P < 0.01) from HWE for all loci.…”

Transferibilidade de marcadores microssatélites para espécies silvestres de maracujazeiro

“…A taxa de transferibilidade variou de 14,28 a 33,33%, estudos anteriores relataram essa variação na taxa de transferibilidade de primers SSR em Passifloraceae (Oliveira et al, 2013;Paiva et al, 2014b;Pereira et al, 2015;Araya et al, 2017).…”

“…Alguns autores identificam que o sucesso da amplificação cruzada em espécies do mesmo táxon está relacionada com a preservação das sequências do DNA nas regiões limítrofes dos microssatélites (Pereira et al, 2015), desta forma pode-se inferir que esta preservação está relacionada com a relação evolutiva entre as espécies, para qual o marcador molecular é projetado e com a espécie silvestre na qual será aplicado o marcador. Os pares de primers testados neste estudo foram capazes de acessar regiões no DNA das espécies silvestres, assim permitese concluir que essas espécies possuem áreas preservadas no seu genoma semelhantes ao de P. edulis e P. alata.…”

“…Estudos como este que avaliam a transferibilidade de primers microssatélites em Passifloracea tornam-se extremamente úteis, pois são ferramentas que antecedem estudos na área da genética vegetal, possibilitando medir os efeitos evolutivos e de seleção natural das espécies, e realizar análises filogenéticas, construções de mapas gênicos, análise de diversidade genética, e estudos de preservação da população durante programas de melhoramento genético (Gonçalves-Vidigal & Rubiano, 2011;Pereira et al, 2015). Além de serem capazes de acompanhar relações intra e interespécies (Araya et al, 2017), e serem utilizados na confirmação de paternidade de híbridos (Belo et al, 2018), otimizando assim os estudos de caracterização molecular das espécies silvestres de maracujazeiro, uma vez que através da análise de transferibilidade é possível otimizar os custos onerosos e longos períodos de desenvolvimento de novos marcadores SSR.…”