Genetic basis of the variability of nitrate reduction trait in Yersinia pestis strains

Self Cite

Objective of this study was to investigate the areal of Yersinia pestis strains of antique biovar, main subspecies, phylogenetic line 4.ANT, as well as to establish the borders and spatial structure of mega-focus in the territory of Gorny Altai. Materials and methods. Complex comprehensive analysis of the properties in Yersinia pestis strains of the main subspecies, circulating in Gorny Altai has been conducted. 33 out of them, isolated predominantly in 2012-2017 have been sequenced. Whole genome SNP analysis and search of marker SNPs was performed using Wombac 2.0 software package. Tree diagram was built applying Maximum Likelihood algorithm, using PhyML 3.1 software on the basis of HKY85 model. Results and conclusions. Based on the results of whole genome SNPs analysis of 33 endemic strains and creation of the tree diagram of Y. pestis strains, the presence of natural mega-focus of Y. pestis belonging to the main subspecies, antique biovar, phylogenetic line 4.ANT has been substantiated. Epizootic manifestations on multiple local areas, characterized by persistent autonomous nature of plague manifestations, are registered on an annual basis. Within the boundaries of the areal of Yersinia pestis main subspecies, antique biovar, phylogenetic line 4.ANT, existence of joint natural foci of Yersinia pestis belonging to non-main subspecies ssp. altaica and ulegeica is established. Location of natural foci of the main and non-main subspecies of Yersinia pestis in different altitudinal belts of the Altai Mountains Range on the whole provides for observed multi-host and multi-vector feature of epizootic manifestations. For the first time ever, the data on the areal of the main subspecies of plague microbe are used for setting the boundaries of its natural focus.Key words: Gorny Altai, mega-focus of the main subspecies of Yersinia pestis, joint natural foci of the main and nonmain subspecies of Yersinia pestis, multi-host and multi-vector nature.

Section: Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems Of Particularly unclassified

Natural Mega-Focus of Yersinia pestis Main Subspecies, Antique Biovar, Phylogenetic Line 4.ANT in Gorny Altai

Eroshenko¹,

Попов²,

Краснов³

et al. 2018

Self Cite

“…ПЦР проводили по стандартной методике [9]. Для амплификации фрагментов генов применяли ранее описанные праймеры [2,4,5,10,14]. Полученные в ПЦР продукты анализировали методом электрофореза в 1 % агарозном геле при напряжении 10-15 В/ см.…”

Section: материалы и методыunclassified

“…в гене glpD глицерол-3фосфатдегидрогеназы) биоваров возбудителя чумы. Кроме того, определяли присутствие мутаций, общих для всех биоваров основного подвида возбудителя чумы, что позволяет дифференцировать штамммы основного и неосновных подвидов: замена единичного нуклеотида G→A в позиции 671 регуляторного гена rhaS, вставка двух нуклеотидов +СС в позиции 269-270 от начала регуляторного гена iclR, внедре-ние IS285 в ген melB галактозидпермеазы после 73 нуклеотида [2,4,5,14]. В таблице представлены результаты изучения забайкальских штаммов, а также изолятов различных биоваров, использованных в качестве контрольных образцов.…”

Section: результаты и обсуждениеunclassified

“…Между тем к настоящему времени накоплен большой фактический материал о фенотипических и молекулярно-генетических свойствах Y. pestis из природных очагов разного типа. Установлены генетические основы различного проявления дифференциально значимых биохимических признаков возбудителя чумы [2,4,5]. Разработана система молекулярного типирования, основанная на методах полимеразной цепной реакции, мультилокусного секвенирования и мультилокусного VNTR-анализа, которая обеспечи-вает определение подвидовой, биоварной и очаговой принадлежности штаммов возбудителя чумы [3].…”

unclassified

See 1 more Smart Citation

Phenotypic and Molecular-Genetic Peculiarities of Yersinia pestis Strains from Trans-Baikal Steppe Plague Focus

Куклева¹,

Шавина²,

Виноградова³

et al. 2013

Self Cite

В статье приведена комплексная фенотипическая и генетическая характеристика штаммов Yersinia pestis, выделенных в Забайкальском степном очаге чумы до и после смены основного носителя, произошедшей здесь в середине 60-х годов прошлого века. На основе ПЦР-анализа и мультилокусного секвенирования генов glpD, melB, napA, rhaS и iclR, кодирующих дифференциально значимые признаки-ферментацию глицерина, мелибиозы, рамнозы, продукцию изоцитратлиазы и денитрифицирующую активность, получены доказательства принадлежности изученных штаммов к античному биовару основного подвида возбудителя чумы. Для определения генетического родства этих штаммов использован мультилокусный VNTR-анализ по семи локусам вариабельных тандемных повторов: ms01, ms04, ms06, ms07, ms46, ms62. На основании полученных результатов установлено, что штаммы возбудителя чумы, изолированные в Забайкальском степном очаге в разные периоды его существования, составляют единую ветвь на филогенетическом дереве эволюции Y. pestis.

“…Следующим У выделенных штаммов Y. pestis 517 и 1530 относительно штамма 1313 выявлены отличия в генах, кодирующих другие фенотипические отличия (ферментация мелибиозы, редукция нитратов, питательная потребность в аминокислоте метионине) (табл. 1) [3,8].…”

unclassified

Infection of an Individual with Plague in the Gorno-Altaisk High-Mountain Natural Focus in 2014. Communication 2. Peculiarities of Laboratory Diagnostics and Molecular-Genetic Characterization of the Isolated Strains

Кутырев¹,

Попова²,

Ежлова³

et al. 2014

Self Cite

Лабораторную диагностику чумы осуществляли в соответствии с действующими нормативно-методическими документами. Особенностью стало проведение диагностических исследований на фоне лечения антибактериальными препаратами, обладающими выраженной активностью в отношении грамотрицательных бактерий, в том числе возбудителя чумы (цефтриаксон, ципролет, амикацин). Исследования показали, что в условиях антибиотикотерапии на ранних этапах заболевания наиболее эффективным методом лабораторной диагностики чумы является ПЦР, что позволяет на основании результатов этого метода осуществлять постановку не только предварительного, но и окончательного диагноза у больного. С помощью методов молекулярно-генетического анализа (ПЦР, мультилокусный VNTR-анализ, мультилокусное и полногеномное секвенирование) получена генетическая характеристика штаммов, выделенных от больного и сурка, изъятого на дому у больного, которые отнесены к античному биовару основного подвида возбудителя чумы. На основе филогенетического анализа установлено их близкое родство штамму Y. pestis основного подвида, изолированному в этом же очаге в 2012 г., а также штаммам из Монгольского Алтая и Тувинского горного очага. Ключевые слова: чума, возбудитель чумы, основной и неосновные подвиды Y. pestis, лабораторная диагностика, молекулярно-генетический анализ.