First full-length genomic sequence of a hepatitis A virus isolated in Argentina shows recombination between subgenotypes IA and IB

Infección por el virus de la hepatitis A: epidemiología y diversidad genética

“…La NCR 3', de aproximadamente 60 nucleótidos, se encuentra unida a una señal de poliadenilación, y la NCR 5', de aproximadamente 750 nucleótidos, contiene un sitio interno de entrada al ribosoma (IRES, por la sigla en inglés de internal ribosome entry site) que direcciona el ribosoma hacia el codón de iniciación para la síntesis de la poliproteína (8,(20)(21)(22). La poliproteína generada puede organizarse en tres regiones principales (figura 1) (8,21), a saber: P1 que codifica para las cuatro proteínas de cápsi-de, VP1, VP2, VP3 y VP4.…”

“…En el 2002, Costa-Mattioli y colaboradores, con base en la secuencia completa de 900 nucleótidos de la proteína VP1, reportaron una nueva clasificación, de seis genotipos (I-VI) y seis subgenotipos (IA, IB, IIA, IIB, IIIA y IIIB), con un porcentaje de variabilidad nucleotídica de aproximadamente 15% entre los genotipos y 7% entre los subgenotipos (18,22,23,50). El antiguo genotipo VII representado por la cepa SFL88 aislada en Sierra Leona, se reclasificó como genotipo II, subgenotipo B (51).…”

“…Los genotipos I, II y III han sido aislados de muestras de origen humano (6,23,52). Los genotipos IV, V y VI, representados cada uno por una cepa única, han sido aislados de simios de los géneros Aotus, Macaca, Cercopithecus y Saguinus (10,18,22,53). Cabe aclarar que el genotipo III es el único grupo que incluye aislamientos de humanos y de primates.…”

“…Se ha estudiado la diversidad genética del VHA utilizando principalmente tres regiones del genoma: la C-terminal de VP3, la N-terminal de VP1 y la VP1-2A (22,23,57), aunque también se han usado las regiones VP1-2B (58), VP3-2B y VP1 (59). En 2008, Joshi y colaboradores (50) comprobaron mediante diferentes mé-todos filogenéticos que estas regiones tienen del 80% al 85% de identidad nucleotídica, por lo que no son candidatas para genotipificar y subgenotipificar.…”

“…El evento de recombinación para este caso fue en la secuencia que codifica para la proteína VP1 de la cápside. El VHA existe también in vivo en formas denominadas cuasiespecies, que son variantes genómicas relacionadas muy estrechamente con aproximadamente 1% de divergencia; poseen una dinámica característica, que consiste en la generación continua de estas variantes y la competencia y la selección de la mutante más apta para adaptarse finalmente a un medio dado (22,23,61). El entendimiento de la dinámica y la evolución de las cuasiespecies virales pueden llevar a modelar la progresión de la enfermedad, lo cual es de gran importancia como fundamento para planear y ejecutar estrategias de prevención y control del virus.…”